教士在山东的各种劣迹都被捅了出来。明恩牧师的另外一个身份是泰士报的通讯员，他在进行实地调查之后，将自己的所见所闻写成了一篇篇通信稿件，在谭延闿不惜本钱的支持下免费发往伦敦。
这些报道尽管有些失真，但不可否认的是这在某种程度上极大的败坏了德国的国际形象，尤其是在谭延闿新建陆军的枪口下的“保护”，使得八成以上的德国传教士不得不乖乖的听从了谭延闿地“好言相劝”，跟着考察团聚集到天津。
至于山东的基督教徒可就没有他们主子那么良好的优待了，在威海卫、旅顺、天津大沽炮台和芦汉铁路的建设基地，将会有干不完的重劳力活等待着他们去挥洒汗水甚至是生命……而山东以各种名义的存在的梅花拳等义和拳组织也在这次清理行动中遭到了极大的破坏，最重要地借口便是义和拳和白莲教之间扯不断理还乱的关系。
谭延闿是不会花心思帮他们理顺关系的。白莲教进行过多次反清起义，是朝廷中的眼中钉肉中刺，做为从白莲教中演化出地一个重要分支，义和拳现在显然要温和的多，但这种关系是这个组织致命的内伤。谭钟麟的上书让义和拳陷入了极大地麻烦，大批的拳民被押送到东北，首领人物视其做为定罪，只有很少一部分人被斩首。大多数和基督教民一样充实到急需重劳力工作的地方去了。
山东直隶经过谭延闿这么一次折腾，无论是外国传教士势力还是义和拳组织都受到了极大的破坏，更重要地是这次清理也给地方官吏一个典范。回到天津后，在谭延闿和美国公理会明恩牧师的倡议下。各国公使团决定成立一个基督教会联合机构，专门来处理基督教在华传播过程中与当地百姓发生冲突的案例。
这个基督教会联合机构地大多数成员都是在华传教数年，对中国极为了解地外国基督教徒，还有谭延闿、李秉衡这样地朝廷官吏。在地方上一旦发生教民冲突。地方上官衙将会将案件之间转送到这个基督教联合处理机构，由此来判定孰是孰非。
朝廷对这个建议自然是欢迎的，因为各地地方官对教民冲突地抱怨历来就不少，无论是朝廷还是地方官吏都是风箱里的老鼠两端受气。有了这样一个裁决机构，虽然与朝廷法令不符，但却可以解决不少困难至少在判定案件上。可以最大限度的做到公平——按照与各国驻华公使团最终达成的协议。这个裁决机构的判案过程必须要得到舆论界的监督。每一件案件的审理过程到结果都必须是要在中外报纸上见报的。
谭延闿这次行动使得他在政治上获得了极大的好处，当然也有人指责这个解决教民冲突的裁决机构是有失国权。但不能不否认在现在国家贫弱，各地督抚一听到教案就头痛不已，解决时候又是束手束脚的情况下，这个裁决机构对地方大员和朝廷来说是再好不过的解决方案。
而迅速评判威县和冠县的叛乱，也使得朝廷对新建陆军充满了更高的期待。这次叛乱的解决使得山东巡抚李秉衡如愿以偿的获得了升迁，得到了云贵总督的位子，虽然地方是偏远了些，但好歹也是真正的封疆大吏。至于谭延闿也得到了进一步的升迁，接替李秉衡成为山东巡抚，而新建陆军也将要随即迁往山东。
谭延闿将会在署理山东政务的同时，继续训练新建陆军——第一批新建陆军虽然也是迁往山东，但已经正式成军。原来李鸿章时代的北洋陆军主体随着中日甲午战争在朝鲜数次战斗，几乎泯灭于朝鲜，幸得刘铭传出山坐镇鸭绿江整合残军誓死抵抗。
北洋陆军到了谭钟麟接任直隶总督兼北洋大臣之后，连受总督直辖的督标都是谭延闿重新组建的
新建陆军，可以说北洋陆军几乎是重建一遍。不过北洋陆军并没有全军覆灭，聂士成的“武毅军”和董祥福的“甘军”基本上还是留存实力还在刘铭传的节制之下，留在关外来稳定当地局势。
兵部尚书荣禄接受了谭延闿的建议，将聂士成的武毅军和董祥福的甘军连同谭延闿的新建陆军整合起来编成“武卫军”，分前后左右中五军。荣禄以兵部尚书统领武卫军兼统武卫中军，聂士成统武卫左军，马玉昆统武卫前军，董祥福统武卫后军，而谭延闿统领武卫右军。
武卫军除了荣禄要建立的以满族人为主干的中军将会留在京师之外，谭延闿的武卫右军将会驻防山东，董祥福、聂士成和马玉昆继续留在东北，也许会在适当时机，由聂士成或是马玉昆撤回一军进入关内。在谭延闿的眼中，除了一万人编制的武卫右军之外。其余聂士成或是马玉昆这些在朝鲜曾经和日本陆军硬拼交过手的老式陆军并不在他的眼中。
这些老北洋所有的骄傲已经在甲午战争中都随着《上海条约》一起葬送了，若不是刘铭传以严厉的军法来镇压地话，老北洋早就被日军所击溃。如果刘铭传身体还像十年前那么健康的话，以他的眼光采用新建陆军的训练方法来训练武毅军和甘军，就算战斗力差一些，但两军合力以五六万之数和新建陆军硬拼，谭延闿未必会如此放松。
可惜刘铭传据传已经病入膏肓，董祥福和聂士成对军队掌握不利。战争结束之后在刘铭传的约