是对全国6个情报研究机构获得的情报进行汇总和分析。
总部组织由5个部门构成。总本部和计划部是管理部门，即后方支援部门。实施部门有3个，即图像部、电波部和分析部。2000年度新增设紧急动态部。
电波部设10个课，是情报本部最大的一个部门。其收集的通信情报是情报本部的核心业务；分析部的主要职能是把驻外防卫官员发回的报告、美国等盟国提供的情报和由合作者收集的情报汇总起来进行评估；紧急动态部专门负责迅速收集和处理可疑船只入侵日本领海的情报。
情报总部在组织上是参谋长联席会议的下属机构，由事务次官、防卫局长、幕僚长联席会议主席、陆海空幕僚长组成的“防卫情报委员会”领导。
日本的6个情报研究机构包括内阁情报调查室、公安调查厅、警察厅外事课、外务省国际情报局、防卫厅调查课、日本贸易振兴会。
内阁情报调查室负责谍报、电子和人物的情报和公开的情报搜集，24小时运作，向首相及官房长官提供消息。公安调查厅属法务省，主要是对付国内的左右翼极端分子和早期的共产党活动，也监视驻日本外交人员。警察厅外事课对付外国的间谍活动及恐怖分子，并配备反恐怖特种部队。外务省国际情报局配备了高科技的电子数码机及完善的保密设施。防卫厅调查课负责搜集邻国的军事战略情报。日本贸易振兴会负责对外情况调查，日本政府对外贷款、对外援助的意见书，基本都由其提出。该会同时搜集各国的政治、经济、贸易情报。