赶，避难克雷塔，却又被克雷塔的士兵给杀死，茱莉亚和她的哥哥不得不回到谷底加入了反抗组织‘黑蝙蝠’，为了重建属于他们的米洛斯而努力。
而茱莉亚兄妹依靠的就是她父母的研究，旧米洛斯的传奇——神圣之石。也就是贤者之石，能够让炼金术师突破等价交换的规则，获得无穷力量的石头。
勇浩南和伊娃有意无意靠近爱德华，知道了很多事情，也知道了爱德华的手臂和脚是被所谓的‘禁忌炼成’给毁掉的，他的弟弟更是失去了整个身体。反正听了很多，大部分也不明白，什么‘真理之门’‘地脉能量’，总之是虽然不明白可是很厉害的感觉。
身为主角的爱德华也终于了解了黑蝙蝠组织的目的，炼成贤者之石，打败克雷塔，重建米洛斯国。可是爱德华反对这个行动，因为战争是要死人的，牺牲生命而换取的国家，在他看来不值得。可是受尽压迫的旧米洛斯人不这么想，与其过着朝不保夕低人一等的生活，不如舍命一搏。最后爱德华两兄弟眼看阻止不了他们，所以决定先离开谷底，去米洛斯城内寻找炼成贤者之石的线索。
勇浩南却非常同情这些就旧米洛斯人，准备帮助他们，用他的话说，这是无产阶级推翻剥削阶级的伟大斗争，被他遇上了他当然要帮忙。他是恨没有出身在自己爷爷那个年代啊，抗日，解放，抗美援朝，为了无产阶级而战斗，现在他终于能实现梦想了。异世界的无产阶级也是无产阶级，也是同胞。
伊娃眼看勇浩南这个战争狂魔的本质终于暴露出来了，立刻想要和爱德华两兄弟一起回去。
冰魔法动，伊娃一下子就从谷底追上了爱德华兄弟。没有任何炼成阵，也没有圆，伊娃却能使用比两兄弟还要强大的力量。
“贤者之石？”爱德华怀疑道。
“哥哥，确实没有任何理解，分解，重组的过程，真的是贤者之石！”阿尔冯斯也觉得是。
伊娃回到悬崖上，就见两个孩子直勾勾地看着自己，“怎么了？”
“伊娃阿姨，你难道有贤者之石？”爱德华问道。
伊娃不介意被孩子叫做阿姨，“贤者之石？”很耳熟，可是之前听了太多自己不明白的名词，所以她已经把贤者之石忘了，“什么是贤者之石？”
爱德华又手脚并用地解释了一遍，伊娃了解了七八分，说道，“我可没有那种东西，而且我这不是炼金术师，而是魔法师。”
“额，魔法？”爱德华可是笃信炼金术这门科学的，从来不信魔法，他觉得是伊娃在骗他。
“真的是魔法？”见爱德华这个可爱的小朋友不信，伊娃把魔石从手腕中取出，“呐，这个就是魔法水晶，也叫魔石，我就是用这个动魔法的。不过阿姨我现在只有这两个，还有加，召唤，甚至还有复活魔石，我都还用不了。”
“复活？”这不就是贤者之石的力量么？不过，先等等，爱德华突然想到了什么，“伊娃阿姨，你是说每一个魔石只能对应一种力量？”
“当然，这两个就是，一个冰，一个火。冰魔石不能放火，火魔石也不能成冰。”伊娃解释道，终于拿回了做长辈的尊严了。
这么说确实不像是贤者之石，因为贤者之石也称为万能之石，只要一颗就什么都能做。
对话之后，知道伊娃有个名为杜兰的朋友，他知道更多魔石的事情，爱德华和阿尔冯斯就决定在寻找米洛斯城的秘密之前，先见见杜兰，一行人就去旅馆找杜兰来了。