在和朝廷代表团进行漫长的马拉松式的毫无意义的谈判的时候，杨夙枫的工作重点落在了蓝羽军的整顿上。这次对于蓝羽军的整顿涉及了方方面面的内容，可以说是对之前总结出来的问题的一次大规模的解决，同时也是全面梳理蓝羽军各级指挥机构的过程，达到实现部队正规化、思想化的目的。整军工作其实从年初就已经逐渐的开始，在四五月份达到了最高潮。
从后世而来的杨夙枫当然做梦的时候都谨记枪杆子里面出政权的道理，对于蓝羽军不敢有丝毫的放松，在这种战乱的年头，只有雄厚的武力才是生命和权力的保障，没有武力作为基础，其他的都是废话。然而，从蓝羽军部队开始建立的那一天开始，存在的各种问题和缺陷就很多，编制上的、指挥上的、训练上的、作战上的，不一而足，杨夙枫自己在笔记本里面就记录了各种问题和缺陷足足三百多项。虽然很多缺陷要具体问题具体分析，有客观因素的影响，但是主要的，还是主观上的问题，必须通过一次全面的系统的整顿才能够达到目的。
这次整军首要的问题就是合理的重新调整部队的编制，相应的扩大部队的规模，以适应将来战争的需要。从蓝羽军建立的那一天开始，蓝羽军就基本处于持续不断的战斗状态中，东南西北的战斗不断。为了满足战斗地需要。部队不断的断断续续的扩编，没有考虑到一个持续的系统性的问题；兵员的构成也越来越复杂，战败势力地俘虏也越来越多，这些人，在战斗素质上没有问题，但是思想上还没有经受严格的教育。必须将他们错开编制，才能防微杜渐的防止问题的发生；蓝羽军的各级指挥官也是因为战斗的需要而临时配备的，没有考虑的太多，很多都是上一级领导直接任命的，没有经过组织的讨论，容易因为个人地倾向性而产生山头主义，尤其是那些收编的土匪武装。
即使到1728年年底的时候，蓝羽军的编制也是相当混乱的，甚至部队地名称都不统一，例如格莱美国防军；装备就更加不用说了。没有形成合理的配备，没有科学的考虑到各种武器的搭配问题；各部队之间的军官指挥水平也是参差不齐，有地部队指挥官大都来自军事学院，有的部队指挥官大都来自土匪武装；至于不同部队之间战斗作风和战斗力就更加是天渊之别了，例如凤采依的部队在正规作战方向非常娴熟。而蓝楚燕地部队则还是喜欢各自为战。而且有的部队在思想上、作风上都和杨夙枫的期望有很大的差距，尤其是蓝楚燕麾下的部队，存在的问题特别多，不加以最严肃的整改，恐怕会处于失控的状态。
而蓝羽军的海军。扩编地速度也非常快，随着造船工业的开足马力生产，龙牙战舰源源不断地补充到海军之中。使得每个海军舰队的龙牙战舰数量都大大地增加。但是，龙牙战舰的数量的增加，并不意味着海军战斗力的增强，在军舰数目达到一定数量的情况下，制定合理的训练和作战方案乃是非常必要的，要不然的，人多乱事，船多也会乱事。同时，对于100毫米口径的舰炮。也总结了一些基本的射击原则和经验，需要通过培训和训练尽快地传授给每个海军官兵。
经过蓝羽军军部长达半年时间的仔细的研究和讨论，参考各方的意见终于形成决议。1729年3月20日，杨夙枫签署命令，颁布了蓝羽军最新的编制序列表。蓝羽军目前主要包含有三大兵种：陆军、海军、海军陆战队。
蓝羽军的武装力量包括两大组成部队，一个是野战部队，一个是人民警卫队。野战部队就是通称的蓝羽军，负责跨境作战，对外作战，是蓝羽军陆地上最主要的组成部分；人民警卫队负责协助地方政府维持地方治安和处理境内的零星战斗。野战部队只有军事委员会才可以指挥，人民警卫队由军事委员会和各级政府双重指挥。
蓝羽军陆军野战部队的军制，采用了现代发达国家的陆军的三三制的基本编制，只是根据美罗地区的具体情况作了稍微的调整。陆军部队中，3个士兵为一个战斗小组，3个小组为一个步兵班，另外有一个班长、一个副班长和一个文化教员(相当于政委)，全班12人，其中班长和文化教员配备自动步枪，3个战斗小组中2个完全配备毛瑟，一个小组除了一人使用毛瑟，剩下两人分别用轻机枪和狙击步枪。
3个步兵班组成一个步兵排，配正副排长，共36人。3个步兵排为一个步兵连，另外附设通讯班1个，配备三个电台；重机枪班1个，配备2挺重机枪；迫击炮班1个，配备1门迫击炮；连部警卫班一个，全采用自动步枪；炊事班1个。正副连长各一人，全连标准编制共180人，可以根据实际情况加强编制，最大编制可以达到300人左右。必要的情况下，可以连为单位单独作战。
3个步兵连组成一个步兵营。另外附设骑兵排1个，负责应急处突，是初级的快速反应部队；辎重排1个，编制内的辎重兵，除了使用驮马运输后勤物资，还有就是铺路搭桥，有点工程兵的意思；野战炮排1个，配备75毫米野战炮4门，全。骡马化以保证行军速度；侦察排1个，也全采用自动步枪；医疗和宣传排1个，主要是女兵；营部含警卫班一个，通讯班一个，还有若干参谋