，经过若干年月之后，河床就会愈积愈高。他主张，应该选择重要的地段把河道收紧，同时把附近的清水河流用人工疏凿引入黄河，以增加黄河的流速，照这样的办法，可以不需要经常疏浚而可以“自浚”。“建堤束水，以水攻沙”，就是他归纳上述方针而概括成的八字箴言。他又建议，河堤不能几十里、几百里相连不绝，应该预先在河水汹涌的地方留出缺口，而在缺口之后筑成第二、第三道的“遥堤”，和第一线的河堤之间构成“含水湖”。大量河水在缺处突破第一线，流至遥堤，流速已经降低而储蓄在这些人工含水湖中，就不致扩大其危害。
在河堤合龙和迫使河水改道的工程中，潘季驯使用“柳辊”作为有力的工具。这种柳辊通常长150尺，圆周20尺，制作的方法是先用植物和泥土像织地毯一样构成长块，再用大树和绳索造成中心卷架，然后把这块“地毯”卷在架上，用大树枝和大绳索四周捆紧。这一用泥土、树枝制造的大圆柱体遇水可以膨胀，因而不致被急流冲走。每一柳辊由成百上千的民工拖运到选定的地点，当地尚有上装大石块的舢板，早已准备停当。柳辊就位，舢板凿沉。随着一声号令，大批的民工，把他们已经摆在肩上的泥土以最快的速度堆放在这仓猝抢护而成的土堤上。待到决口堵塞，再逐步把堤坝加固。很多地段日后还加砌花岗石，远望一线白色，颇为美观。
对这样规模洽大的工程，中央政府无力支付所有的费用。通常发给的款项，仅能在初步设计时作筹组全局的办公费。兹后总理河道的御史被派为当地的总督，有的还带有尚书、侍郎的头衔，以便于他在许多府县征用人力物力。所有的民夫、工具、粮食、医药和交通、通讯等等都要就地通盘筹措。所以，这一位总理河工的大臣除了工程经验之外，还必须要具有操行无可疵议的记录，这才能深孚众望，动员这许多府县的地方官，指挥如意。
潘季驯过去治河多年，无论经验或者声望都符合上述条件。他在1584年已官至刑部尚书，当时为了代张居正的家属求情，触犯圣怒，因而被革职为民。1587年黄河几处决堤，开始的时候委派了一个没有多大声名的官员采取了若干紧急处置。1588年，在讨论总理河道大臣一职人选的时候，潘季驯的名字有人提到，但没有人敢向皇帝作坚决请求。正好这时候皇帝自己提出这一职务应当由“老成才望”的人充任，所以申时行才示意给事中荐举起复潘季驯，事情得以顺利通过。申时行还怕有人议论，又正好万历召见他面询其他政务，他就在谈话中插进了“皇上留意河道，拔用旧人，一时在任，皆称谙练”这些话。这谈话纪录一经给事中办公室抄写公布，潘季驯之出任“总督河道兼理军务”一职，也就等于出自皇帝自己的主意，反对他的就不能随便议论了。自此在申时行任首辅的年月中，潘季驯一直负责治河，成绩卓著。而到申时行离开文渊阁以后不久，他也被参劾而再度罢官。
在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡。北京的文官大部分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下露面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学士讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取强硬态度，然而申时行则持有不同见解。
申时行的看法是这样的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570—1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各部不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为交换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他部落首领也分别给予不同的名义。
俺答对这修好的条约忠实履行不渝。他去世以后，儿子黄吉台尚能维持现状，到了孙子撦力克，就已经没有约束各部落的能力，全蒙同盟名存实亡。在甘肃、青海间活动的卜失兔和火落赤两部，尤其不受节制，经常向西南方向骚扰。一旦被质问他们就声称是“抢番”，即抢劫这一带的回、藏诸部，而并非侵犯天朝。这种做法使他们既保持了赏赐和互市的利益，又保持了行动的自由。
1590年，本朝的一个被称为“方大醉”的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。蒙古人准备答话，此人乃一介武夫，一言不发，举刀就砍。蒙古人在退走时拔箭射中了这位莽汉，致使他第二天创发身死。于是军中群情激愤，坚决要为他报仇。洮泯副总兵李联芳追逐敌军，遇伏阵亡。报告送到北京，议论就哄然而起，大都主张停止互市，出兵作战。顺义王挎力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洮河，入临巩。情势如箭在弦上，一触即发。
然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信撦力克已经下定了全面