在秋决前举行大赦，但是张居正坚持以为不可，太后也只能被迫放弃原来的意图。在这些事例中，张居正的主张无疑都很正确，但是这种铁面无私的态度，在以后也并不是不需要付出代价的。
在平日，皇帝一天要批阅二十至三十件本章。这些本章都写在一张长纸上，由左向右折为四叶、八叶、十二叶不等，因而也简称为“折”。本章的种类很多，式样、字体大小、每叶字数以及行文口气等都因之而各不相同。但概括说来则可分为两种：其一，各衙门以本衙门名义呈送的称为“题本”。题本由通政司送达宫中，其副本则送给给事中办事处，即六科廊房。题本中的内容大都属于例行公事，很少会引起争执。其二，京官以个人名义呈送的称为“奏本”。奏本所呈奏的事项十九在呈奏者的本职之外，例如礼部官员议论军政，军政官员批评礼仪。因为属于个人的批评或建议，所以事先不必通知自己的上级，也不必另备副本。奏本由呈奏者自己送到会极门，由管门太监接受。由于这样，奏本的内容，在皇帝批示并送交六科廊房抄写公布以前，别人是无从知悉的。在全体臣僚中引起震动的本章，往往属于这一类奏本。
万历登极之初批阅本章，只是按照大伴冯保的指导，把张先生或其他大学士的“票拟”改用朱笔批写就算完成了职责。其中有些本章的批示极为简易，例如“如拟”、“知道了”，简直和练习书法一样。而且按照惯例，皇帝仅仅亲自批写几本，其他的批写，就由司礼监秉笔太监用朱笔代劳。这朱笔所代表的是皇帝的权威，如果没有皇帝的许可而擅用朱笔，就是“矫诏”，依律应判处死刑。