所躲过了我军首轮打击，但是台军的空防、海防等防御圈，被有“坦克”“大壮”配合的特种兵小队打的暂时瘫痪，失去了初步的应对能力，潜入台岛的特种兵小队的主要任务从打击敌指挥机关转到搜集情报、打击台军机动目标的任务上来。
对于颇有争议的桃园机场，总前指并没有派任何一支特种兵小队前去争夺。这个决定至少让潜入台岛的特种兵部队少损失五个小队，之所以这样说，是因为如果前去夺取机场，至少需要十个小队，100人左右的兵力，夺取机场还要坚守到第一波空降兵来到。这样100人需要对抗台军一个机场警卫营、一个高炮营及一部驻在机场的台军特种兵兵力。但是，台军并没有愚蠢到全力争夺机场控制权的地步。在我军开始演习的时候，台军西线所有军用机场上的战斗机，只留下小部分战机担任监视、拦阻任务，其余的全部转场至台东的“佳山”、“志航”基地躲避我军的突袭。就在我特种兵小队对台军重点目标进行连续打击的同时，担心我空降部队利用桃园机场空降重装备的台军，命令距离桃园机场直线距离只有17。4公里，驻林口542旅旅属的一个“雷霆2000火箭炮连”对桃园机场主跑道进行了火力覆盖，使桃园机场暂时失去了利用价值。
总以为这次我军还是“雷声大，雨点小”的台军被我军打了个措手不及，匆忙启动布置台岛东部独立自主的防空战管系统“天网”，指挥大批战机利用“佳山”、“建安”洞库内跑道紧急升空，布置防空阻击圈。但是此时已经为时过晚，我军战机已经突破海峡中线飞临台岛，并且掩护空降15军131、132团完成空降。
匆忙升空的台军战机只好突出台岛空域，飞到岛东太平洋上空完成编队，在飞回台岛上空与我军战机交战，掩护洞库内的战机持续升空。虽然在我军特种兵小队的指挥下，二炮部队发射的巡航导弹连续命中台军洞库内跑道出口，但是早有准备台军，连续打开多个备用跑道洞口（台湾“佳山”基地由50多个山洞组成，并且洞洞相通，共有洞内跑道11条）最终将大部分战机送到空中。
第二波升空的台军战机在部分机动地面雷达和“天网”的指挥下，疯狂的向我军反扑争夺制空权。台军明白在现代战争中，如果没有制空权就等于把自己送到老虎嘴边上一样。第二波次的空军完全显示出实力，立刻缠住我军战机并且夺回部分制空权。致使我空军无法全力对像海绵一样把台陆军机动兵力吸过来的空降131、132团进行支援，造成巨大的损失，并且没有完成抢占阳明山控制台北地区交通要道的任务
海航六个师，在空军战斗机群升空后，在地面远程雷达的指挥下倾巢而出飞临台湾海峡中线，准备对迎击我渡海登陆群台军舰艇进行打击并担任空中力量预备队。歼轰第18、28师主力在强大战斗机群的掩护下，对台岛北部的基隆军港南部的左营、高雄军港的台军舰艇锚地进行了顽强突击。共击沉、击伤各式舰艇32艘其中包括四艘“拉斐特”级、三艘“成功”级，六艘“诺斯克”级和九艘“阳”字号，基本上达到了我军战前的战役目的打瘫了台湾海军的反及能力。虽然我歼轰机对台军舰艇的打击主要使用超视距的“鹰击81、82（C－801、C-802）”空舰导弹进行打击，但是由于台军防空导弹的密集度太大，仍然给歼轰机部队造成了巨大的损失，共被击落3架击伤8架。
战役前期损失最大的是空降兵部队，为了达到总前指交给的“策应渡海登陆部队，吸引台军机动兵力，开辟渡海登陆场”的任务，空降15军不计血本把自己两个拳头部队131、132团拿了出来。这两个团不愧是打过上甘岭的英雄部队，面对台军三个旅的轮番冲击，在只有三个120毫米迫榴炮连、两个105毫米榴炮连的支援下，一直坚持到我登陆部队的到达。在接近四个小时的战斗中，131、132两团官兵共减员3200人（包括空降时损失兵员），接近总兵力的50％战斗力一直到解放台湾也没有完全恢复。
空15军军部明白总前指“依靠空降兵部队，扰乱台军部署减少登陆重装备部队的损失”的意图，在空降131、132团建立稳固阵地挡住台军第一波冲击的时候，为减轻空降131、132团的压力，在台北侧翼关西一线成功空降45师、44师一部完成对台北的初步包围。
此举把台军六军团在台北周边的机动兵力，装甲542旅、装步351旅、摩步269旅三个旅的兵力全部吸引过来。虽然空降兵不计损失在台北地区连续开辟出两个登陆场，但是由于失去阳明山这个战略要点的策应作战形式非常被动，完全处于无险可守只能依靠全部兵力防守无力进攻的局面。被逼急了眼的台军疯狂的向台北地区调集部队，准备把对侧翼威胁巨大的空降兵部队消灭，封闭登陆场。空降兵部队一面顽强抗击台军部队正面的疯狂冲击，一面派出相应兵力对台军在预定登陆场位置上短期内无法恢复的永备工事进行勇猛突击，为登陆部队扫清障碍。虽然空降兵在突击台军永备防守工事中付出了近千人的伤亡，但是在总前指看来这一千条勇士的生命至少