更重要的当然是他在黑暗中的思考。他最为大家熟悉的思考成果是把人生境界划分为三个阶段，一为审美阶段，二为道德阶段，三为宗教阶段。由浅入深，层层否定，而终点便是第三阶段。
其实他所说的审美阶段，更准确的说法应该是感性阶段，即追求感官满足的阶段。很多人终其一生都停留在这个阶段，但也有一些人领悟到其间的无聊和寡德，便上升到道德阶段。人在道德阶段是非分明、行为完美、无瑕可击，但更多地出自于一种外在规范，一种自我克制，因此必然因压抑天性而陷入痛苦。能够意识到这种痛苦并愿意从更高层面上获得解脱的人，就有可能进入宗教阶段。克尔恺郭尔认为在那个阶段一个人就会不受物质诱惑，不怕舆论压力，挣脱尘世网络，漠然道德评判，只是单独站在旷野上与上帝对话，在偿还人生债务的剧痛中感受极乐。
在我看来，克尔恺郭尔在理论上最精彩的地方不是对于他认为最高境界的第三阶段的描绘，而在于他对第一、第二阶段所存在的问题的揭露。其实所谓审美阶段和道德阶段，很接近于西方哲学家反复论述过的感性阶段和理性阶段，只不过他把它们引伸到了人生，成为一种人生哲学。西方哲学家早就指出过的感性的片面性和理性的片面性，由他贴合到人生过程中来具体阐述，有力地说明了那两种人生状态的致命弊病。因此，他所说的宗教阶段，实际上只是为从那两种人生状态中奔逃出来的人指出的一块空地。这块空地上应该没有原先的弊病了，但它究竟是什么，却又只能是抒情性、憧憬性的描述。能腾出这么一块空地就很不容易，我们不能苛求他在那里建造什么样的神学楼宇或哲学楼宇。
比这一点更值得我们珍视的，是克尔恺郭尔指出了人们在这三个阶段面前的“可选择状态”。三个阶段不是对每个人都依次排列、循序渐进，它只供选择。而且这种选择时时存在，处处存在。一个人因选择的差异而跳跃性地进入不同的人生境界，其间距离，可以判若天壤。不难看出，他的这种主张，已经有了存在主义哲学的萌芽，因此后世的存在主义哲学家们总要把克尔恺郭尔尊为前辈，甚至称他为“精神上的父亲”。
可惜，当他还活在哥本哈根的时候，一切都非常糟糕。这位伟大的哲学家只活到四十二岁，在他生命的最后、也最重要的几年里，真可谓心力交瘁。他是虔诚的基督徒，但越虔诚越厌倦丹麦教会的诸多弊端，因此终于与教会决裂。一般市民只相信教会就是信仰所在，于是也就随之引起了亲朋好友、包括唯一的哥哥与他的决裂，使他空前孤独。
另一件事情是，这位大哲学家不幸与哥本哈根一家谁也惹不起的攻陷性小报发生了磨擦。哲学家当然寸步不让，小报则恨不得有这么一个学者与他们纠缠，于是一片混战。遗憾的是，一般市民只相信小报起哄式的谣言和诽谤，于是反倒是他，成了市民们心目中的“第一流恶棍”。
我对着窗下黑黝黝的哥本哈根想，克尔恺郭尔具体遇到的对手是两个，一是教会，二是小报，但最后真正成为对手的却是广大市民。市民们总也不会站在大师一边，因此我要说，这座城市对自己的大师实在不公。
一八五五年十月二日身心疲惫的哲学大师散步时跌倒，下肢瘫痪，却拒绝治疗，拒绝探望，也拒绝领圣餐，十一月十一日去世。
十九世纪最耀眼的哲学星座，熄灭于哥本哈根这过于漫长的黑夜。