淞沪会战后期，日军从杭州湾登陆以后，致使中国军队背腹受敌，被迫撤退。蒋介石想把部队向原阵地后方稍撤，即把右翼的原中央兵团撤到青浦和白鹤港一线，结果也站不稳脚跟。于是，左翼兵团又不能不连带一起向苏州和福山一线既设阵地转进。
这时，日军用机动性较强的海陆空军追击，中国军队不能不尽量疏散，部队本来就够混乱了，现在更不好掌握。何况，既设阵地线上既没有留守部队和向导，也没有工事位置图。部队到来后找不到工事，找到了工事又没有开启工事的钥匙。日军的跟踪追击非常紧迫，中国军队没有足够的时间占领阵地。
中国军队无法在苏州和福山一线站稳脚跟，也没有在无锡、澄山和江阴县城一线既设阵地稳住阵脚，这样一来，南京防守的问题，出乎意料地提前出现在蒋介石的议事日程上。1937年11月9日，上海陷落，距离上海三百多公里的首都南京，直接处在日军威胁之下。
日军认为攻占中国的首都指日可待，侵华气焰更为嚣张。17日，日军成立最高统帅部——大本营，直接受命于日本天皇。随后，设立了大本营与政府首脑的联席会议。24日，日军大本营召开第一次御前会议，陆军参谋长等人在上奏作战计划中提出，利用在上海周围的胜利，不失时机地果敢追击，进攻南京。
日军果然乘着淞沪会战中国军队撤退的机会，用八个师团的兵力，分三路水陆并进，进逼南京。日本上海派遣军山室师团、荻洲立兵第十三师团和中岛第十六师团，沿京沪铁路及其以北向南京推进；第十军末松茂治的第一一四师团沿宜兴、溧阳和溧水公路前进；谷寿夫师团和中岛贞雄第十八师团沿宁国和芜湖公路推进，以切断中国军队沿江向西的退路；国崎支队从广德经郎溪和太平渡江，攻占浦口，以截断中国军队的后路。日军企图从东南北三面合围南京，占领中国的政治中心，迫使中国政府屈服。
战局的演变，使蒋介石筹建了多年的吴福线和锡澄线国防工事，丝毫没有起到阻止日军前进的作用，迫使他急于解决南京防守的问题。蒋介石在上海失陷两天后，连续在他的陵园官邸召开了三次高级幕僚会议。
第一次会议只有何应钦、白崇禧、徐永昌和刘斐等几个人参加。
湖南人刘斐时任大本营作战组长，首先发言。他说，日军利用淞沪会战后的有利形势，以优势的海陆空军和重装备，沿长江和沪宁、宁杭国道等有利的水陆交通线前进，机动性大，后方联络非常便利。南京处在长江弯曲部内，地形背水，日本海军可从江面封锁和炮击南京，日本陆军也可在芜湖截断中国军队的后方交通线，日本海陆空军协同攻击，南京将处在立体包围的形势下，想守也守不住。为贯彻持久抗战方针，应避免在初期被日军强迫决战。应该以机动灵活的运动战，争取时间，掩护后方部队的整补，进一步实行全国总动员，争取在有利时机，集中优势兵力，给日军以有力的打击。
刘斐又说，毫无抵抗地放弃首都是不行的，应该作象征性的防守，但不应投入过多兵力去争一城一地的得失，适当抵抗之后，就可以主动撤退。兵力不要超过十二个团，顶多十八个团就够了，部队太多，不便于机动。
大本营副参谋总长白崇禧首先表示支持刘斐的意见，何应钦和徐永昌也表赞同。他们说，上海到南京，一路都是平原，无险可守，而且军队主力在淞沪会战中消耗太大，恢复战斗力需要假以时日。蒋介石的德国军事顾问也主张不作“无谓的牺牲”。蒋介石在总结时说，刘斐的看法很对，但南京是国际观瞻所系，守是应该守一下的，至于如何守法，值得再加考虑。对上海作战中损失严重的部队，应该一律调到后方整补。
蒋介石的态度虽然是模棱两可，但他决定把在上海作战中受损严重的部队调到后方整补，与象征性防守南京的方案是吻合的。
过了两天，蒋介石又召集第二次高级幕僚会议。参加的人比上次稍多，除了何应钦等人，还有唐生智和谷正伦。湖南人唐生智情绪激动，主张南京非固守不可。他说，南京是首都，为国际观瞻所系，又是孙总理陵墓所在，如果放弃南京，将何以对总理在天之灵？
但是，刘斐坚持上次的意见。这两个湖南人发表了迥然不同的观点。而实际上，主力部队已经奉命向广德、安吉和宁国一带退却，陈诚和顾祝同都到皖南一带部署部队的整补工作去了。蒋介石在这次会上仍然没下定论，只说：“孟潇的意见很对，值得考虑，我们再研究研究罢！”
又过了一天，晚上接着开第三次幕僚会议。唐生智仍然坚持要固守南京，蒋介石明确表示同意。他问道：“谁负责固守南京为好？”没有一个人作声。唐生智最终打破沉寂，信誓旦旦地说：“委员长，我愿与南京城共存亡！”蒋介石说：“很好，就由孟潇负责。”他又望着何应钦说：“就这么办，有什么要准备的，马上办，可让孟潇先行视事，命令随即发表。”
第二天，唐生智走马上任，卫戍司令部设在鼓楼百子亭附近的一幢两层楼房内。他委任罗卓英和刘兴为副司令长