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起初，蒋介石准备安排蒋经国到新疆担任主席。当时的背景是，军阀盛世才长期依仗苏联的支持，割据新疆，与蒋介石对着干。苏联卫国战争开始后，无暇顾及新疆。蒋介石趁机，调集重兵到河西走廊，迫使盛世才臣服。为了进一步解决新疆问题，蒋介石要派一名封疆大臣坐镇，他认为蒋经国将是最合适的人选。
为此，蒋经国到西北进行了长时间的考察，做到心中有数，正准备启程赴任时，蒋介石改变了主意，不是因为他要用别人顶替“太子”，而是这一安排与他对地方军阀的统驭术相悖，他担心蒋经国去新疆，会引起盛世才的猜疑与对抗，因此，还是采用了安抚政策，多给了几顶官帽戴在他的头上，以达到以盛治疆的目的。就这样一变，雄心勃勃的准备走马上任的蒋经国，未能成行。他想在新疆“为人所不为，做出点惊天动地的事业”的大志泡汤了。
不过，此路不通，另辟他径。蒋介石改派他到三民主义青年团中央部门任职。１９４４年元月，蒋经国结束了赣南这一仕途第一站历程，开始驶进新的一站。他风尘仆仆地到团中央干部学校教育长的岗位上就任。此行尽管意味着赣南“新政”人去政息，但是他带走了在这里积累的最宝贵的政治资本，即他造就的干部队伍。他们成为蒋经国占领新的阵地的得力干将。
按照蒋介石的设计，蒋经国在赣南任职，只是一个过场，调回中央，从训练干部着手，为儿子在政坛崛起作更大的政治投资，以获得更大的回报。
一般地讲，在国民党政坛角逐，权力的大小与阻力的大小是成正比的，即想获得更大的权力必将遇到更大的阻力，获得的权力越大所遇到的新的阻力就会与之俱增，这是必然的。
１９４４年５月，团中央干校开学。干校的校长由蒋介石兼任，它的前身是“中央青干班”，主任由康泽兼任，实际上，由他的心腹李维果主持日常工作。李维果这个人与主子康泽一样会揣摩蒋介石的心思。看到蒋介石有把自己安插到团中央的意向，便顺水推舟，提议由蒋经国来任要职。蒋介石顺势而作，立即任命。
蒋经国有办江西“青干班”的成功经验，虽然，在团中央干校任职是一个新环境，但就工作性质而言，完全可以说是驾轻就熟。他很快确立了中央干校的办学大政方针和教学体系。
在办学方针上，确立了办学目标和指导思想，他明确地提出：“干校是革命的学校”，“干校应该实施革命的教育，培养革命的干部”，自辛亥革命以来，“革命”二字一直是最时髦的词语，蒋介石尽管早已背叛革命，然而，“革命”二字使用的频率不减当年，何况蒋经国在红色革命之乡生活了十多年，“革命”二字业已成为习惯用语，此时所言“革命”的内涵，与他过去苦苦追求的信仰，为之奋斗的“革命”大相径庭。如果把他所说的上述目标用更简明的话语表述，那就是“培训一批高层的‘嫡系的嫡系”。关于干校的指导思想，提出：“中央干校的学生，必须以校长的意志为意志，以校长的行动为行动”。“中央干校的学生必须以团作家，以校作家”。
围绕这样的培训目标和指导思想，他规定了教学重点，简称为“两高三能三大”，即，以高深的政治素质为中心，培养高层的领导才能，包含识大局、担大任、办大事等内涵；训练“三能”，即“能文”、“能武”、“能开汽车”。在这一岗位上刚刚理出头绪，准备大干一场时，蒋介石对蒋经国有新的召唤。
１９４４年，由于蒋介石继续奉行消极抗日、积极反共的方针，庞大的“国军”战斗力大伤，在日本侵略者发动的豫湘桂战役中，国民党军队溃不成军，南国国土大片丢失。为了挽回一点面子，蒋介石一方面作迁都西康的准备，另一方面搞战争总动员，发出“一寸山河一寸血，十万青年十万军”的号召。这只不过是虚张声势。但是他要趁机帮助蒋经国培植势力那倒是真的。
蒋介石下令成立“青年军政工人员训练班”，委派蒋经国为该班中将主任。他不仅让自己的儿子抓党团组织，还要他“抓枪杆子”。
政工班第一期毕业后，成立了“青年军总政治部”，由蒋经国任主任。军政部按照国民党军队序列，编为八个师，各师设立政治部，这些政工部门的大小头目为清一色的“干校”研究部学生，蒋介石组建的生力军“青年军”为自己的儿子所掌握。
抗战胜利后，蒋介石采纳ＣＣ系的建议，将中央干校与中央政校合并，成立“国立政治大学”，仍由蒋介石兼任校长。ＣＣ系的打算是想通过合并改掉小蒋的“中央干校”。１９４６年政治大学挂牌办校，小蒋的嫡系与ＣＣ系派争权夺利闹得不可开交。最终因寡不敌众，作为小弟弟的小蒋嫡系在这场权力角逐中没有占到多大便宜。
对于蒋介石而言，这两支队伍都是他的看家队伍。就亲情而言，那当然他的权力的天平肯定会向小蒋倾向。于是他搞了一个平衡，要求教育部签呈举荐蒋经国为“国立政治大学”（简称“政大”）教育长。
如果这一任命成为事实的话，小蒋将如同他的父亲一样逐