.a.r.s.成员吉尔开始其最终逃脱，，并与在逃亡途中遇到u.b.c.s.delta小队a分队成员卡洛斯·奥利维拉协力逃生；
9月29日晚，新人警察里昂·s·肯尼迪到达raccoon市区，同一时刻，原s.t.a.r.s.成员克里斯的妹妹克莱尔·雷德菲尔德也进入该市。不久，umbrella为抹杀所有证据和知情者，将六只tyrant-002投入市内。
在寻找逃生路线途中，里昂初遇前来回收g病毒的间谍ada，而克莱尔则遇到威廉的女儿雪莉。hunk成功回收了里昂丢弃的g病毒样本，威斯克救回ada；
9月30日上午，里昂、克莱尔以及雪莉成功逃脱。同日，威斯克从威廉的尸体上回收了g病毒。美军开始介入其中；
同日晚，吉尔遭受追踪者攻击，并感染了t病毒，昏迷不醒；
10月1日凌晨，在卡洛斯的帮助下，吉尔被成功治愈。另一方面，经美国议会及总统共同商议，决定将对raccoon市进行灭菌作战；
10月1日近6时，吉尔与卡洛斯乘坐赶来救援的原s.t.a.r.s.成员巴瑞驾驶的直升机成功逃脱。几乎与此同时，美军的核弹夷平了整个raccoon市…
补充一点维罗尼卡的剧情（因资料相对较少，且不详细，只知道剧情全部发生在1998年12月，所以只简单罗列一下主要事件）：
1998年：
12月，克莱尔潜入umbrella巴黎研究所调查未遂结果被俘，之后被押送至洛克福特岛刑务所监禁；
此后不久，威斯克率领部队对洛克福特岛展开攻击，并人为散布病毒引发生化危机事件；
克莱尔脱离监狱后初遇史蒂夫·巴恩塞德，后来得知史蒂夫的父亲身为umbrella员工却暗地倒卖公司机密，事发后，史蒂夫与其父一同被抓获并监禁，其母则在抓捕中当场死亡；
克莱尔发送email向已开始为国家效力的里昂求救，希望他能通知克里斯，里昂随即于第一时间将此消息转告克里斯；
克莱尔初遇亚西福特家族第七代当主阿尔弗雷德；
吉尔抵达克里斯在欧洲的住所，但此时克里斯已前往洛克福特岛；
当克里斯赶到洛克福特岛时，克莱尔与史蒂夫已经乘坐飞机去了南极，扑了个空的克里斯却意外与威斯克再度相遇；
在南极研究所中，阿尔弗雷德解除冬眠装置后死亡。同时，阿莱克西亚从长达15年的冬眠中苏醒，并对克莱尔与史蒂夫发动了袭击；
克莱尔与随后赶来的克里斯重逢。另一方面，史蒂夫被阿莱克西亚注t-维罗尼卡病毒；
变异后的史蒂夫为救克莱尔被阿莱克西亚攻击后死亡；
克里斯成功消灭阿莱克西亚，并驾驶战斗机与克莱尔一同逃离。南极基地被彻底毁灭；
威斯克带走史蒂夫的尸体，并从其体内回收了t-维罗尼卡病毒…