峡，通过日本海到达本州西海岸。在那里的训练受到B－29所布水雷的妨碍，美国潜艇在该海域的活动也非常活跃，因为缺乏汽油，艇载机的训练受到很大影响，只设法出动艇载机对巴拿马运河的模型进行了模拟攻击。
当这些潜水母舰终于准备出发前，战况已进一步恶化。超过3000艘战舰和运输舰组成的盟军舰队开始执行为进攻日本本土做准备的“奥林匹克”行动。这迫使东京的将军们重新考虑攻击巴拿马的计划，因为攻击遥远的巴拿马已经成为一次无关紧要的牵制行动。经过激烈的争论，攻击目标被改为在乌利提环礁的美国舰队。
7月4日，伊－13号奉命前往本州北部的大凑海军基地，装上两架新型“彩云”式远程侦察机，接着该艇将前往南方已经孤立的要塞特鲁克。伊－14号于7月14日出发；23日，日本海军的宝贝蛋——伊－400号和伊－401号离开大凑，他们将在三周内分别前往乌利提环礁东南海域的集合地点汇合。
7月16日，伊－13号在本州以东海域被美国护卫驱逐舰“劳伦斯·泰勒”号（LawrenceC.Taylor(DE－415)）和护航航空母舰“安齐奥”号（U.S.S.Anzio(CVE－57)）上起飞的飞机击沉。另外三艘也不是一帆风顺。伊－401号遇到了强烈的风暴，伊－400号则发生了一次电子设备引起的火灾。
8月4日，伊－14号在特鲁克进港，卸下了两架中岛“彩云”。这种海军最先进的侦察机航程可达2400英里，他们将为伊－400和伊－401号预订于8月17日进行的空袭作预先侦察。其间，在东京的第六舰队长官正计划着将同时进行的自杀性鱼雷攻击。
此时，曾经是联合舰队最重要的堡垒的特鲁克要塞，已经成为美国训练新飞行员的实战基地，新飞行员们驾驶B－29战略轰炸机从关岛起飞，几乎每天都来轰炸这个小岛。不断的轰炸早已消灭了该岛上所有的远程侦察机，但仍然有一小部分攻击机可用。
8月15日，裕仁天皇广播了投降诏书，已经到达攻击位置的三艘潜艇对这个消息很震惊，也引发了激烈的讨论。最后战队司令决定遵从东京的命令：将潜艇升至海面，挂起黑旗，销毁了所有资料，发射了所有的鱼雷，把全部的艇载机也抛进了大海。
8月28日，在本州以东海面，美国海军接受了伊－400号潜艇的投降。此后，该艇被拖往美国本土进行进一步研究，其中伊－400号被拖至瓦胡岛外海自沉。
伊４００
１９４３年１月１８日呉工厂开工
１９４４年１月１８日下水
１２月３０日竣工
１９４５年８月２９日作战行动中迎接战争结束、在金华山海域遭美军驱逐舰俘虏
９月１５日除籍。由美军接收
１９４６年１月夏威夷回航接受调查。
６月４日在夏威夷近海海没处分
伊４０１
１９４３年４月２６日在佐世保工厂开工
１９４４年３月１１日下水
１９４５年１月８日竣工
８月２９日作战行动中迎接战争结束、在三陆海域遭美军潜水舰俘虏
９月１５日除籍。被美军接收
１９４６年１月返航夏威夷接受调查。
５月３１日在夏威夷近海海没处分
伊４０２
１９４３年１０月２０日在佐世保工厂开工
１９４４年９月５日下水
１９４５年７月２４日竣工
８月１５日在呉港迎接战争结束
１１月１５日除籍
１９４６年４月１日在五岛海域海没处分
伊４０４
１９４３年８月１１日在呉工厂开工
１９４４年７月７日下水
１９４５年６月４日９５％完成时工事中止。
７月２４日在仓桥岛海域以航空鱼雷自沉处分
１９４６年１２月９日打捞作业。翌年解体处分
伊４０５
１９４４年９月２７日在川崎重工泉州工场开工，开工不久工事中止被解体