位易储，依阿从谀，内外朋奸，紊乱朝政，擅夺兵权，罪恶深重。众官早自醒悟，朕自追究首恶，不罪其余云云。
诏令一出，天下大哗，士以东林党人为首的举子士人纷起指责桓震要君干政，厚自矜伐。温体仁借天子之名，目桓震为叛逆，发宣府、大同兵讨之。四月五日，桓震亲领兵二万余，奉崇祯迫山海关，蓟抚赵率教开关相迎，登莱徐光启、河南范景文先后上表应和。温体仁伪诏调巡抚延绥副都御史洪承畴东向御之，承畴既去，秦晋流贼无人可制，一发而不可收拾，原本在年初就已经流入陕西的王嘉胤等部，如滚雪球一般愈滚愈大，被贪官暴吏敲骨剥髓、无以聊生的贫民纷纷涌入，农民军的前锋直抵晋东南沁水、阳城一带，几有破晋而入河南之势。在晋北，老回回马守应越过大同府，辗转移至桑乾河西。
四月二十三日，辽兵前锋张正朝部与洪承畴部下游击左光先遇于通州，左部本不愿战，正朝示以崇祯手诏，晓以利害，饵以官禄，光先遂下马伏拜。越数日，桓震中军抵通，与左光先语，因其致书洪承畴，并附各地督、抚表文。
三十日，大军抵京城广渠门，洪承畴射书出城，相约半夜启门相迎，桓震兵不血刃而入京师。京营欲战而不能，束手待降而已。温体仁挟慈烺及官员、宫人、眷属若干出西城广安门仓皇而走，为洪承畴所部截获。温体仁自知不免，吞金而死，余人尽为洪部遣送回城。
桓震将几个温党骨干如张捷之流扣留下来，余人尽皆放还回家，官职俸禄尽皆不改。温体仁已死，遗属未与其行，尽免株连。他记着周延儒，一心只想找他，可是搜遍全城也没丝毫下落，不知去了何处。小慈烺迷迷糊糊的不知道怎么回事，就给一群大人抬着东奔西跑，又饿又累又怕，给送回钟粹宫不多久，便大哭起来，怎么哄也不肯收声。桓震恰好送崇祯还宫，走到钟粹宫外，便听见震天的哭声，当下指着宫门道：“陛下请。”崇祯急不可待地奔了进去，一眼便瞧见慈烺给一个奶娘抱在手中，扎手扎脚地不住哭喊，时隔一年之后，终于父子重逢，却是在这种情形之下，一时间悲喜交集，眼泪止不住地流了下来。
三步并作两步地奔了过去，从奶娘手中接过慈烺。说也奇怪，大约是父子天性，小慈烺一到了父亲手中，哭声立刻戛然而止，伸出胖乎乎的小手来，抚弄崇祯颔下的短须。崇祯带着眼泪笑了起来，高高举起慈烺，转了两个***。
桓震在身后道：“离散的宫人都已经召回，往后陛下可在宫中安心居住，一应饮食薪柴，诸般用度自有供给。”想了一想，道：“温逆挟幼帝践位之时，以皇后为太后，居于慈宁宫，方才臣已经令人迁还承乾宫。陛下得闲，不妨前去看望一番。臣还有事务，这就告辞了。”深深一躬，转身便走。崇祯忽然叫道：“你以朕为傀儡土偶，与夺我朱家天下无异，此怨此恨，子孙永志不忘。但因你之故，让朕父子夫妻得以重逢，我却要衷心谢一谢你。”桓震回头一笑，扬长而去。
此时的朝廷，相当于刚刚经历了一次和平政变，上下官员大都恐惧不已。中书省的架子，是临时从各部抽调官员搭起来的。桓震知道与其选择名高望重、难以驾驭的宿耆，还不如引用那些原本万年不得出头的低级官吏，一来他们才是真正办理具体政务之人，熟悉政事的运作流程，二来自己把他们提拔上来，他们也必有感恩之心，不至于处处同自己为难。
阁臣五去其四，孑余的一个郑以伟又上了表告老还乡，桓震心想这却是一个去内阁的天赐良机，只是废除内阁之后，要以甚么机构来取代内阁，担负起预议政事的职能，却叫人颇费思量，头痛得很。何况此刻不知道有多少官员在觊觎阁臣的位子，一旦裁撤内阁，势必触犯他们的利益，说不定会演变成戊戌变法一般的局面，那又是自己所不愿见的。原本打算趁着中书省复设的机会，给这个死气沉沉的朝廷注入一些新鲜血液，若是因为可裁可不裁的内阁耽误了事，那就大大的划不来了。而且左右丞相之位一直虚悬，桓震不过任了平章事，已经快要给东林党的唾沫淹死，自然不肯主动去当靶子。这就须要一个德高望重，堵得住东林攸攸之口，而又不会对自己想做的事情横加阻挠之人出来担当此任，想来想去，灵机一动，想到了徐光启身上。
一面准备开恩科事宜，一面递牒召徐光启进京，却从都察院拣了一个御史谢琏继任登莱。这一年正是会试之年，二月份已经试毕，榜发之后，几家欢喜几家愁，许多举子名落孙山，有的已经束装还乡，有的却还奄留京中，听说将开恩科，不由得大喜，虽说这恩科是由士林公敌桓大奸臣而开，可是倘若能够借此高中，自己的功名前程终究比虚妄的声名道德值钱多了。一时间阙下济济，都是赶来应考的举人。何况此次恩科，言明了只要曾经入过学的，不论有无经过乡试，只要向中书省递交请愿书一份，皆可来京会试，许多落榜的生员更加高兴，争先恐后地报名应试。
洪承畴惦记着陕西军情，一心想要回去重掌大权。桓震知道此人不论军事才能还是治政的本事都非同一般，虽然明知道他是往后投降了满清的人物，仍是用之不疑，