方腊是一方豪杰，摩尼教又势力庞大，觉得方腊或许可以得天下，才变卖家产换成钱粮献给方腊，又费心费力，成了摩尼教的重要头目。
至于摩尼教的教义他是完全不信的，看到方腊称帝后的表现，他就更加不信了。
摩尼教的教义：人是黑暗魔王的产物，沉迷在、争斗中，只有光明使者才能拯救人脱离苦海。
但是圣公称帝后，都沉迷女sè，更不用说什么光明使者了。可见这世间根就没什么光明使者，教义只是用来愚弄蠢人的东西。这一点和佛教说的人生八苦、七情六yù差不多，都是说人间有多苦，信了他们就能摆脱这些苦难。但是这世间多的就是yín僧，可见是人就有，不是随便能禁绝的。
对摩尼教教徒破城后，虐杀所有官吏的做法，吕师囊更是觉得不可取。没有了官吏，他们打下州府后，让谁治理，一群完全没有接触过政事的人当官，只怕会更加荒唐。再者也不是所有的官吏都是坏人。
但是虐杀所有官吏，这是圣公方腊当初允许的，而他现在麾下又以摩尼教教徒为主，他也不好明令禁止。