说纷纭。
一种说法是黑子可能是太阳的核废料（如人类核反应堆的核废料），约11年出现一次可能是黑子在太阳里面和表面的上下翻动一次造成的（如元宵在锅里被煮得上下翻动），黑子温度较低应该也是废料的一个证明（如煤炉中的炭灰在一般情况下不能再产生高温）。
第二种说法是：由于太阳的聚变作用，热核反应区周边的物质向内补充，在半径为0.75r处物质补充速度较其周围更快，由于角动量守恒，此处运动速度比周围快，产生摩擦。由于质子与电子所受摩擦不同，所以运动的相对速度不同，产生电流，进而产生管状磁场，管内气压+磁压=管外压强，所以管内气压《管外压强。根据克拉伯龙方程（pvt）管内温度《管外温度。因为此结构密度小于周围物质，所以漂浮到对流层表面，形成黑子。
另外还有一种观点。
太阳黑子的形成，跟太阳磁场有密切的关系。根据科学家推测，极有可能是强烈的磁场改变了某片区域的物质结构，从而使太阳内部的光和热不能有效地到达表面，形成了这样的“低温区”。
黑子越多可能说明太阳越老，可能也是所有恒星寿命的一般特征。