黑衣组织东京秘密分部内。
此时，一间房间内，身穿一身白衣的宫野志保正被关在这里，她的心中是一片愤恨与绝望。
半个月前，就在半个月前，自己的姐姐被杀了，是组织杀的，自己唯一的亲人，就这么离自己而去了！
志保登时感觉到了无比的绝望，她发疯似得向组织的上级询问着原因，但是上峰不但不跟她解释，还恶言告诉志保她姐姐是活该被杀。
在这种情况下，志保终于忍耐不住，选择了反抗，她停止了对APTX4869的研究，结果导致了组织震怒，她被关了起来，等待组织的处分。
而此时，志保被拘禁在这里，一只手被铐住了，手铐的另一端是铐在旁边的水管上，怎么说她也逃不掉了。
志保此时心中无疑是绝望的，她想到了，组织估计不会放过自己，自己有可能被处死，与其到时候受些凌辱，死得惨不堪言，她终于下定决心，从白大褂的内袋里取出了一颗红白相衬的胶囊，一咬牙，放入口中吞了下去。
“我来了……姐姐……”
这是志保此时的想法。
※※※监控室内。
柯南看着监控之上，志保服下了APTX4869，不禁眼中浮现出了强烈的笑意。
※※※工藤新一家此时，志保慢慢睁开了眼睛，看着自己躺在床上，不禁茫然地想道：“我……我还活着吗……”
志保只记得，自己吃下了APTX4869之后，身体居然就缩小了，于是她在吃惊之余，就借着小小的身体，从垃圾处理洞中逃了出来。
当时天正下着雨，自己也不知道该去哪里好，仿佛天下之大，已经没了她的容身之地。
走到一处小巷的时候，由于身子太累、又淋了雨，志保终于支持不住，晕了过去，而醒来之时，就是现在了。
志保慢慢坐起身来，她看到这是一间很大的卧室，自己的身体还是那么小，身上穿着一件红色的小小睡衣，外面却是已经天亮了，房间门是打开的，走廊和屋里都没人。
看来自己被人给救了！这是志保心中的第一个想法。
当下，志保只觉得身子十分乏力，肚子也很饿，忍不住下了床，想去外面找些吃的。
就在此时，一阵脚步声传来，志保吃了一惊，接着，就看见两个人走了进来。
其中一人是个金发碧眼的绝色外国女人，另一人却是个戴着眼镜的小鬼头。
当志保看着那个外国女人的时候，忽然身子一抖，眼中出现了恐慌之色，她从这个女人身上，感受到了组织的气息。
“你终于醒了啊！”
那男孩儿正是柯南，外国女人自然就是贝尔摩德了，此时柯南其实已经把自己是组织老大的身份告诉了贝尔摩德，贝尔摩德从一开始的惊讶之后，便没做什么反应了，毕竟她此时是真心爱着柯南的，也不会计较他的身份。当然，柯南也让贝尔摩德保密，不能把这事儿说出去。
而见柯南将雪莉给救了回来，贝尔摩德心中颇有些不高兴，毕竟贝尔摩德不喜欢宫野一家人。
柯南看着志保醒了过来，不禁大喜过望，不过看着她惊慌地看着贝姐，知道她是感受到了贝姐身上的那股黑衣组织的气息，于是当下挥挥手，对贝尔摩德笑道：“好了，莎朗姐姐，你先出去吧！”
贝尔摩德点了点头，转身走了出去。
柯南看着此时颇有些惊慌地志保，微笑道：“你就是宫野志保小姐吧？你好！”
志保眼见贝尔摩德走了，神色缓和一点儿，看着柯南，问道：“你是谁？我为什么会在这里？”
柯南呵呵一笑，说道：“是我把你救回来的！你都昏迷一天一夜了，宫野志保小姐！”
此言一出，志保是大惊失色，她忍不住倒退一步，说道：“你到底是谁？”
“我？我叫江户川柯南，真名叫做工藤新一！我就是吃了和你一样的药物，才导致身体变小的！”
柯南微笑道。
“什么？你就是日本首富工藤新一？而且你也吃了APTX4869？”
志保惊讶地说道。
“不错！我现在一直都在追查你们的组织！”
柯南微笑道。
“你怎么知道我是药物的发明者？”
志保问道，“又怎么知道我吃了这种药？又为什么要救我？”
“头两个问题我有权力保密，只能告诉你我有知道的渠道，第三个我只想说，你既然背叛了组织，那就跟我是同一个阵线，我希望你能跟我住在一起，当我的伙伴，让我们一起对抗组织！”
柯南微笑着继续编道。
“你……你为什么想要我当你的伙伴？”
志保轻轻一笑说道。
“因为你是APTX4869的发明人，这个理由足够吗？”
柯南微笑着问道。
“嗯……这个理由还算不错！我可以留下，不过吃住得由你负责！”