一教团组织和明确的传法世系,元代以后道教基本被划为正一与全真两大派.从此也就结束了前代道教散乱芜杂的存在方式.
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宋辽金元时期，四百余年间，道教进入了一个发展变革的新阶段。这一时期，各种社会矛盾相当尖锐，民族矛盾尤为突出。道教的兴盛，发达，与贯穿这一时代的民族矛盾关系至深。
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继唐以后，宋代是中国道教的又一个繁荣时期。宋代又是中国历史上外患内忧的时期，农民起义高达113次之多，在这种社会背景下，宋代道教不仅没有爆发过宗教性的社会骚乱，而且稳步走向繁荣，这与宋代皇帝对道教的态度和宋政府道教管理有密切的关系。此外这一时期新的神被大量引进。妈祖由福州走向海外，文昌帝君等，新的教派林立，如茅山，合皂山，大虎山的三山符录，是宋朝规定授录地点，成为符录派三大宗派。总体来说，宋朝各代对道教是信而不疑的，这对道教的发展起到了积极的推动作用。在中央集权的政府内设立中央道录院，地方道正司，加强对道教的管理，设立宫观内部管理的一系列规章制度，加强了对宫观设立的审批与限制。设置了道冠职官制度。宋代是道冠职官体制最复杂，最完整的时期。规定入道的要求：第一是符合年龄，第二是家长同意，第三是不违法背俗，第四是必须礼师。又规定了道教的等级即紫衣师号等级制度。规定真人只用于封神，金门羽客，高士是指志行高尚之士，炼师是指一般道士。师号是政府代表皇帝赐给僧道的称号，它具有赐的政治特征，道号是为学道或好道之人的别称，自行随意而取的称号。综上所知，宋王朝采取是既利用又限制的政策，限制宫观数量，防止社会直接生产者减少。构成了中国封建社会道教管理制度的基本框架。
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外丹经过了数百年的实验，至唐末，终于使人们认识了外丹成仙说的荒唐，在此条件下，内丹成仙说乘时而起，以一套具有玄深哲理依据的内容成为了道教炼养术中的显学，并形成了以修炼内丹为主的教派－主要流传于南宋的金丹派及兴起于金朝的全真道。
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内丹的传承第一代为钟离权，如＜＜混元仙派图＞＞，以下第四代是两宋内丹方面最重要的人物系出于刘海蟾门下：李练，张仲范，蓝元道（养素先生），马自然，张伯端，张继先，王庭扬，刘列，陈仲虚，小郑真人，麻衣道者，陈抟等。其中陈抟为五代末北宋初道士，通三教之学，多所师法。张伯端为金丹派南宗之祖。代表作为＜＜悟真篇＞＞，张伯端，石泰，薛道光，陈楠，白玉蟾被后人尊称为南宗五祖，一述张伯端一系，主张一已清修。内丹的盛行，使传统的丹鼎道教改变了其贵族专利品的性质，成为社会各阶层人士要吧普遍接受的东西，从而产生了内丹派前所未有的群众性教团南宗，全真道，这是丹鼎道教的一大改革，也是宋元道教改革的一个重要方面。
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概观张伯端内丹学，大略以禅道结合，先命后性为特征，主张从传统内丹修命之门入手，修命时强调须用先天精气为药物，炼精气须用元神所主生真意为主人。