所以像徐光启等官员感觉独木难支，但是徐光启等官员又不甘心眼看着朝廷下令驱除这些来华传教的西方人，所以徐光启趁着讲筵以及一些其他俄什么时间，在崇祯皇帝面前为西方传教士说了不少的好话。
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当然还有一些大臣，不比如说向温体仁之流，他们看到崇祯皇帝虽然不喜西方的传教士，但是他们又通过一些渠道了解到崇祯皇帝又不想对西方传教士赶尽杀绝，再有就是他们还想拉拢向徐光启等一些大臣，于是他们又想出来一些其他的办法。
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温体仁等大臣联名上奏朝廷，如果不分青红皂白的，就将全部的西方化传教士驱除出去，那就显得朝廷有些小家子气了，但是放任这些宵小肆意刺探我军虚实也是不行的，于是微臣等就想了一些办法，那就是成立一个专门的衙门来监管这些西方传教士。
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温体仁等大臣的政策在朝廷之中掀起了一丝波澜，众多大臣，连东林之中的钱谦益等人也不得不赞叹他们的所谓所谓“政敌”太圆滑了，这些政策谁也不得罪，既照顾了徐光启等大臣，有顺了皇上的意思。
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再说成立新的衙门，是很多朝臣巴不得事情，城里新衙门，就意味着官僚队伍要扩充了，扩充官僚队伍就意味着可以使用一些手段，将自己的学生、亲朋拉入到官场之中；也可以将自己乡党拉到高位，成为自己的依仗。
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所以众多的朝臣都非常赞同温体仁等朝臣的建议，当然了，也不是没有反对的声音，钱谦益等一些东林大臣就比较反对这项政策，他们说，为了西方的传教士而专门成立一个衙门，这真是旷古未有，根本就是不合时宜。
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但是支持温体仁等人大臣说道：成立这样一个衙门，不仅可以监管西方传教士，也可以对其他的一些宗教进行监管，要知道，朝廷对一些邪教是深恶痛绝的，但是这些邪教就像野草一样，野火烧不尽，春风吹又生。弄得朝廷不厌其烦。
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成立一个专门管理宗教的衙门，这是一个很诱人的想法，但是如果要是成立这样一个衙门，会不会与其他的一些衙门发生职权冲突，这是朝臣们要考虑的一个问题，毕竟朝臣们可不想失去权利。
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权利是多么好的一件东西，有的人想方设法的想要得到权利，但是一旦别人想要剥夺他的权力的时候，他更是会拼尽了全力要维护自己的权利，当初成立海关署理衙门的时候，剥夺了沿海各省布政使的部分权利。
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这让沿海各省布政使大为光火，说不上仇视，但是这些布政使们从来不给海关署理衙门的人好脸色看，而双方之间的暗斗一天也没有平息，所以朝臣们对新成立一个衙门，虽然很赞同，但也有很多的担心。
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崇祯皇帝很赞同这项措施，这样做的话能在很大程度上管理那些西方的传教士，而这样一个衙门，还能很有效的管理宗教，这为以后朝廷是否能十分有效的管理蒙古以及青藏地区有十分积极的作用。
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于是崇祯皇帝表示，朝臣们可以对这项政策进行可行性的探讨，朝臣们看到崇祯皇帝这是有些动心了，所以一个个都十分的积极开始了讨论，而内阁也是十分倾向于这项建议的，所以可以说新部门的成立这件事，是十有**的，所以很多朝臣的心思开始活络起来了。