就在朝廷积极的整合市舶司的时候，福建巡抚熊文灿和福建水师副都督郑芝龙联名上疏朝廷，说现在占据台湾南部的荷兰人与占据台湾的北部的西班牙人为了台湾控制权开战了，朝廷应该趁此机会驱除荷兰人与西班人，收回台湾岛。WwwneT
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朝廷在接到熊文灿和郑芝龙的联名奏疏后，召开紧急会议，讨论是否立刻出兵的事宜。因为当时朝廷也没有开发台湾，所以在世人眼里台湾那里是不毛之地。不过由于前次皇帝陛下已经表示过，要驱除外国人，收回台湾，所以大家也就遵从皇帝的意思，同意了熊文灿和郑芝龙的请求。
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而此刻的福建厦门、泉州等地，早就集结了大批的军甲物资，郑芝龙、傅有成等水师将领早就整装待发，只等朝廷的指令。
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崇祯三年九月末，朝廷开战的旨意终于由行人司传达到福建。福建巡抚熊文灿在接到朝廷的命令之后，立即传谕郑芝龙、傅有成等水师将领，即刻出兵，收复台湾。
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郑芝龙、傅有成在接到朝廷的命令之后，从锚地扬帆远航，直奔台湾岛而去。虽然说台湾此刻被荷兰人与西班牙人占领，但是他们并没有控制住台湾岛，荷兰人只是在台湾南部修建了兰遮城（台湾城），普罗文查城堡（赤嵌楼）。
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荷兰人想要垄断对中国的贸易，所以荷兰人在占据台湾以后，以台湾为基地，派出战船，在南中国海四处游荡，抢掠商船。而荷兰人的这种做法大大的侵害了西班牙政府的利益。
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于是西班牙人从吕宋北上，占据了台湾北部，并在基隆和淡水修建了城堡设防。荷兰人与西班牙人为了要垄断对中国的贸易，开始在台湾大打出手。而荷兰与西班牙的这种行为又大大的侵害了中国的利益。
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因为荷兰与西班牙在中国海的这种战争行为，使得水道不仅不畅，而且还很危险。面对着这种情况，江南的一些富户大族是无可奈何.neT当他们得知朝廷大军要出兵台湾是，他们可是欢欣鼓舞，于是他们纷纷向朝廷的大军提供荷兰人与西班牙人在台湾的详细情况，他们甚至还将兰遮城，普罗文查城堡的布防图献给了朝廷大军。
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因为朝廷的大军得到了这么多详细的资料，所以郑芝龙、傅有成对这次收复台湾的战斗充满了信心。郑芝龙、傅有成率领近三百艘战船与一万两千人组成的远征军在澎湖稍作休整后，继续向台湾进发，并于十月初在台湾鹿耳门登陆。
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明军在台湾登陆之后，并没有急于发动攻击。大军在稍作休整之后，才防守相对普罗文查城堡进发，由于荷兰人此刻正在和西班牙人作战，所以普罗文查城堡防守相当薄弱，当明军出现在普罗文查城堡周围是，很烂人才发现明军已经在台湾登陆了。
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普罗文查城堡立刻向兰遮城求援，并紧闭普罗文查城堡大门，准备凭城据守。可是因为明军掌握着普罗文查城堡的详细资料以及城堡里的大部分荷兰人都去前线与西班牙人作战的缘故，所以明军与荷兰人激战四个时辰后，就收复普罗文查城堡，也就是赤嵌楼。
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在兰遮城的荷兰人在听说明军登陆台湾以及普罗文查城被保卫的消息后，十分的恼怒。哈劳节对宋克说：这些该死的中国人，竟然在这个时候出兵，真是太可恶了。阁下，请允许我率领两百名士兵前去普罗文查城堡，我要好好教训一下中国人。
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面对哈劳节的请战要求，宋克显得十分的犹豫。宋克在1622年与明军交过手，当时宋克率领数千荷兰军人，趁着明军换防的空档，抢占了澎湖。对于荷兰的挑衅，朝廷在1623年八月任命主战派官员南居易为福建巡抚，次年正月，命令两千明军登陆澎湖列岛，与荷兰人展开激战。
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最终，南居易先后调集两百艘战船，近万明军，强攻澎湖，迫使荷兰人灰溜溜的“扬帆而去”所以宋克比较了解明军的战斗力。眼下布雷佐恩正率领这六百名荷兰军人在与西班牙人作战，兰遮城守备空虚。宋克担心明军会趁虚而进攻兰遮城。