虽然说主要官员选拔完毕，但是朝廷改组市舶司还是面临很多问题的。明朝在东南沿海设立了浙江、福建与广东三司，东南沿海这三司设提举一人，从五品；副提举两人，从六品；属下吏目一人，从九品。而提举，或者是特派，或者由该省的按察使和盐课提举司提举兼任。
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所以，按照现行体制的话，浙江、福建与广东的市舶司是隶属于该省的布政使管辖，所以税收大权完全掌握在该省的布政使等地方高级长官的手里。虽然在万历皇帝时期，朝廷对浙江、福建与广东的市舶司进行了一些改革，采取了定额包税制，才由提举负责收税，但是，浙江、福建与广东的市舶司还是由地方掌控。
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在明代想要当官，是要历经一条艰难曲折的道路的；想要当官，首先就要通过“童试”也叫小考、小试。通过“童试”之后，成绩合格的取得“生员”资格的，也就是俗称的秀才，就分别前往府、州、县学学习。这是踏入仕途的起点。
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进入府、州、县学学习后，再由各省的提学官进行岁考和科考两级考试，按成绩分为六等，名列一、二等，才取得“乡试”的资格，称科举生员。通过“乡试”、“会试”、“殿试”三级考试之后，才能踏入仕途，光耀门楣。
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俗话说“十年寒窗”，这一路走来，只怕是不止十年啊。好不容易踏入仕途了，光宗耀祖了，可是官员的俸禄极低，只能勉强够养家糊口的。
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虽然官员们读了多年的圣贤书，但是他们终归不是圣人，官员们也是人，官员们也要生活，也要排场。但是俸禄不够，怎么办，只能通过合法的、半合法的和不合法的手段来增加自己的收入。
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江南的官员，尤其是江浙、闽粤的官员的日子比其它地方官员的日子好过，不光因为江南的民富，也是因为这些地方的官员能从海贸中分一杯羹。WwwNet所以他们的生活很滋润。
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而其他地方的官员只能通过合法的、半合法的、不合法的增派与勒索来增加收入。所致很多北方的官员是想尽了办法要往南方去，而更多的外方的官员是通过许多手段要去江南。
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虽然在崇祯初年，朝廷派遣冯铨与阮大铖到江南，收回了市舶司的一些权利。但是现在朝廷要完全收回市舶司的权利，变地方管辖为中央管辖。这样的话，就侵犯那些既得利益的官员，那些官员他能干吗？他们还不德想尽办法保住既得利益。
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再说了，朝中的那些东林东林可是出身江南的，而这些东林比较喜欢空谈，结党，把事情交给东林，崇祯还真不放心。
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在磕磕绊绊当中，管理市舶司的衙门在京成立。不过因为当时何如宠已经是礼部尚书，按照品级，所以市舶司的五品提举官是不合适，所以只能新成立一个适于何如宠品级的衙门。
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最后众人商定，成立海关署理衙门，何如宠任海关署理衙门的主推举官，品级是二品。冯铨和阮大铖为副推举官。按照其资历，也被提升到从二品。当然，为了加强对浙江、福建与广东三个市舶司的监管，也避免冯铨和阮大铖在京里与东林发生冲突，于是海关署理衙门在南京和广洲设立监管司，冯铨和阮大铖一个在南京，一个在广洲，他两就不用进京了，就近办差。
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不过为了加强监管，也为了制约冯铨和阮大铖，朝廷规定：每年，浙江、福建与广东的市舶司主官，带着账目，在冯铨和阮大铖的率领下，到京城述职，其账目交由海关署理衙门和户部审核。
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礼部尚书虽然说也是六部尚书之一，听起来很威风，不过职权比起吏部和兵部、刑部来说，还是差上那么一点。所以何如宠从礼部尚书出任海关署理衙门这么一个很有实权，皇上又这么重视的一个衙门的主官，在众人眼里，何如宠升官了。
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既然何如宠高升了，那礼部尚书这个位置就空出来，于是众人开始推举礼部尚书的人选，就