虽然察哈尔蒙古退兵了，但是后续影响还在。有句古话，就是“非我族类，其心必异”所以大明朝廷本来不太信任蒙古各部。到了天启时期，由于朝廷在战场上被后金打的丢盔弃甲，所以在迫不得已的情况下，才抚赏蒙古，期望蒙古能和朝廷一起对抗后金。
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而这个察哈尔林丹汗在接受朝廷抚赏的情况下，还在明朝和后金之间摇摆不定，一会儿兴兵打后金；一会儿兴兵骚扰明朝边境地区。这就使得不论是明朝方面还是后金方面，对察哈尔林丹汗都十分的不满。
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林丹汗虽然还控制这广大的草原地区，但是因为林丹汗的骄横，部众离心，其势力日渐萎缩。内喀尔喀大部分都投靠皇太极了；右翼三万户的大部分部落，不是投靠皇太极就是归附明朝，其余的部众要么与皇太极眉来眼去，要么与明朝暗通款曲。右翼三万户名存实亡。
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而喀尔喀三部中，除了喀尔喀却图台吉(土谢图汗部)外，因为宗教问题，与林丹汗貌合神离。蒙古察哈尔部激素的速的衰落，给后金带来立刻机遇。因为在与明朝的战争中，皇太极吃了大亏，不仅损兵折将，还将重镇广宁给丢了。
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在与明朝的争风中，皇太极认识到，明朝好比一棵大树，虽然现在有些腐朽了，但是这棵树依然根深蒂固；而后金实力弱小，于明朝相比，后金就像站在大象身边的兔子一样，所以眼下后金还撼不动明朝这棵大树。
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既然实力不如人，就只能想办法争强自身的实力，削弱对手的实力。对于后金来说，增强自身的实力，最好的办法就是将蒙古绑在自己的战车上。而后金恰好具有先天的优势，后金与蒙古无论是语言还是生活习俗都十分的相近，所以后金很容易得到蒙古诸部的好感，进而得到蒙古诸部的效忠。
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皇太极在即位之初就开始加大笼络蒙古诸部的步伐，科尔沁、札鲁特、巴林、奈曼、敖汉等蒙古诸部相继向皇太极效忠。皇太极并不甘心只有这几个蒙古部落来向他效忠，于是皇太极又将眼光投向了林丹汗。
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在崇祯元年的时候，皇太极就曾经率军和察哈尔部大战一场，结果林丹汗不敌，败走大兴安岭，而皇太极也是损失惨重，饮恨回兵。这次皇太极看到林丹汗与明朝起了纷争，皇太极的心思活络了起来。
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皇太极这样的人物当然不会放过这样的天赐良机，这正是打击察哈尔的好机会。不过想要打击察哈尔部还是又不小得困难。因为上次林丹汗被皇太极击退之后，就率部西迁，皇太极要打击林丹汗，就要向西，穿越热河。
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而现在热河是由终于明朝政府的蒙古部落控制，在热河的这些蒙古部落部分是右翼三万户分离过去的，而向皇太极效忠的蒙古各部与在热河喀嘛沁、哈喇慎等蒙古诸部有千丝万缕的联系。
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皇太极要穿越热河，势必要与驻守在热河的明军和效忠明王朝的蒙古部落交锋，到时候科尔沁、札鲁特、巴林、奈曼、敖汉等蒙古诸部落出于往日的情面，很有可能出工不出力。
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这是很有可能的，当初皇太极初征察哈尔时，科尔沁部长奥巴就这么干过。而现在要对付以往关系不错的喀嘛沁、哈喇慎等蒙古诸部，这些个台吉很有可能这么干。再说大军出征，袁崇焕很有可能趁沈阳空虚，兴兵来犯。所以皇太极左思右想，决定按兵不动，等待时机。
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而在大明朝廷，虽然说对林丹汗十分不满，不过朝廷实在是没有时间也没有力量来对付林丹汗，朝廷里面还有一大堆的事情亟待处理首先就是市舶司的改组问题。以为改组市舶司涉及到太多的利益，谁都想插上一手，所以迟迟没有定论。
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朝廷迟迟没有定论，那各省的市舶提举司各行其道，海外贸易陷入了混乱之中。内阁看到这种情况之后，都很着急啊，对外贸易给朝廷带来了巨大的经济利润，海贸已经成为朝廷收入的一大来源，所以内阁加快了改组的步伐。
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