皇帝十分的缺钱，而这个皇商系统十分的**，根本就带不来什么利润。所以崇祯皇帝决意整顿、重组皇商系统。崇祯皇帝在整理期间还真在皇商里头找着一个能干的。
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周崇明原先只是皇商系统里面的一个普通掌柜的，不过这个人很有才华，崇祯发现这个人才以后，就提拔他主持皇商系统。皇商系统在周崇明的整顿之下，成为了崇祯皇帝赚钱的主要途径。
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周崇明代表华润商行与五大商会谈判，谈判的结果十分令崇祯皇帝开心。周崇明与五大商行达成协议，由华润商行提供玻璃制品，五大商行负责销售，每卖出一块玻璃制品的利润五大商行与华润商行三七开。
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崇祯皇帝看到这个周崇明怎么能干，就将商行的一切事务都交给了周崇明，并且拿出一座皇庄拨给了华润商行。而崇祯皇帝也不担心别人会偷学到制作玻璃的秘密，因为玻璃作坊在崇祯皇帝的一座皇庄里，里面的工人不是被裁撤的太监，就是一些重刑犯，而看守皇庄的都是三厂的得力番子。
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崇祯皇帝解决完代理问题后，就接到了袁崇焕的密报。崇祯皇帝还是认可袁崇焕的方法的，不过朝廷的大部分大臣们反对与后金任何形式的和谈，这让崇祯皇帝很苦恼。所以崇祯皇帝没有立即的表态，冷眼旁观朝臣们的态度。
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果然不出崇祯皇帝的预料，袁崇焕的发往内阁的奏折果然在朝廷引发极大的议论，而大部分的朝臣持否定的态度。当崇祯皇帝看到一些人竟然利用袁崇焕的奏折而大肆兴风作浪的时候，崇祯皇帝出来干预了。
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崇祯皇帝在接到奏章的三天以后，在例行的朝会上，表了态，崇祯皇帝的意思是，袁崇焕身在前线，那他对前线的情况比我们都了解，我们身在庙堂之上，对前线的情况不熟悉，就不要对前线的将领指手画脚了。
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崇祯皇帝的态度很明显，就是谅解、支持袁崇焕。朝臣们看到皇上如此的态度，有些大臣就对皇上开始劝谏，说坚决不能与后金议和，也就是后金“款”。
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这些大臣认为坚决不能与后金“款”，而是应该大加讨伐以示天朝威严，并且拿出宋朝于金议和，反而被金灭掉的史实，劝说皇上坚决不能与后金“款”，不然大明皇朝有灭亡的危险，顺带着还把袁崇焕比作石敬瑭、秦桧一流。
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崇祯皇帝在心里对这种说法嗤之以鼻，心说这纯粹是死要面子活受罪，既然以前朝廷能和蒙古和谈，怎么就不能与后金和谈啊。再说了，无论是明朝方面还是后金方面，都没有诚意进行和谈，这只不过是争取时间的一种方法而已。
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崇祯皇帝没有理会那些所谓的理学家，但是崇祯皇帝却对温体仁、周延儒一派的人马打压了一番，以表示对他们的不满，崇祯皇帝以贪污的罪名将山东道御史史范下锦衣卫大狱。温体仁、周延儒等人看到皇上将山东道御史史范下狱以后，他们顿时明白了，皇上这是对他们不满了，于是温体仁、周延儒等人开始装聋作哑，不再对袁崇焕进行攻击了。
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在一些朝臣的反对之下，一份给袁崇焕的圣旨经过行人司发往辽东。在这份圣旨里，崇祯皇帝既没有反对与后金和谈，也没有赞成与后金和谈的意思，只是说明袁崇焕你既然是蓟辽督师，朝廷又给你专断之权，你自己决定辽东前线的事宜，朝廷不多做干涉。