权执行的合并村社、掠夺土著土地等政策不满的他加禄土著，也陆陆续续加入叛乱。
原先驻守马尼拉的中华军部队此时被抽调到南线作战，只有庄丁队和第二师一个团在镇守吕宋。土著、倭人叛乱大军足足有三万人包围了马尼拉。
幸好，此时外籍雇佣兵团正在马尼拉。在西班牙人反攻马尼拉战役中被俘的三百多名德意志老雇佣兵们，大多数都加入了中华军外籍雇佣军兵团。驻扎在宿务的外籍雇用兵团及时赶回马尼拉，以两千人的兵力击溃了叛乱军队，给马尼拉解了围。此后大半年里，得到吕宋北部乙娥罗-华族山民支持的中华军收复了马尼拉周围地区，并将邦邦牙和日本叛军围困在原邦邦牙省范围内。
曾景山向赵宣明南洋旅求援，但是此刻南洋也开始大乱，各方势力再次混战成一团，因此南洋率也无法抽调兵力支援吕宋。
一直到大明朝廷与中华公司讲和，中华军才抽调部队支援马尼拉。
邦邦牙人和日本天主教徒拼死抵抗，把邦邦牙河流域的山林全变成了游击战的战场。七月间，李星第三师一边整编一边登陆吕宋，开始全面围剿土著叛军。
现在，阿拉雅特是邦邦牙人与日本人最后的据点了。
李星笑着对安得烈说：“现在，我们再放一把火，然后我们就等着那些倭寇、土人冲出来送死吧！”
第三师的四个团从四个方向包围了阿拉雅特，外籍雇佣兵和吕宋北部山区部落联盟军正在准备进攻。
邦邦牙河西岸，师直属炮兵团的另外五门榴弹炮和霹雳火箭开始轰击阿拉雅特。
不久，遍布着竹木高脚屋的阿拉雅特上空浓烟滚滚，火焰冲天。
邦邦牙武士和倭人武士的最后力量终于呆不住了，他们鼓噪着挥舞刀剑冲出了阿拉雅特，向严阵以待的中华军阵地冲来。他们在阵地前毫无悬念被中华军用燧发火枪、野战炮、手雷屠杀，然后被外籍雇佣兵中的德意志大汉用斧头砍成碎片。在北杀死近一半人后，土著、倭人联军最后不得不退回烈火熊熊的阿拉雅特。
外籍雇佣兵随即发起攻击，攻入阿拉雅特尚未着火的东部，烧杀一番之后，整个阿拉雅特已经全部笼罩在火海之下了，到处是屠杀的场面。
第二天黎明时分，阿拉雅特的大火才熄灭。邦邦牙土著被杀三万余人，倭人天主教徒三千人全数被屠杀，邦邦牙河水为之变成殷红色。无数具浮尸漂流到下游，沿岸他加禄村社纷纷派出使者向中华军表示臣服。
大屠杀在邦邦牙全境展开，最终只有为数两万不到的邦邦牙土著妇孺老幼活了下来，基本上所有邦邦牙男子都被屠杀了。中华公司对于总是在造反的邦邦牙人早就失去耐心了，因此下手毫不留情，打算毕其功于一役，彻底解决邦邦牙人问题。特别是这次叛乱有日本人参与，对日本人最为反感的尹峰因此也对这次大屠杀视而不见。在吕宋登陆的日本天主教流亡者基本上全部被中国人杀死了。
在尹峰登陆马尼拉港的时候，阿拉雅特的大火刚刚熄灭。此刻的马尼拉，已经恢复了繁荣的景象。大批新移民的到来，使得这里的人口更加密集。围绕在原先的西班牙人马尼拉王城周围，已经出现了成片成片的居住区，并且向摊面饼一样向周边地区扩展。
茶叶、丝绸、瓷器、粮食、五金、珠宝等各种商号店铺密密麻麻分布在城市街道两边。炼铜厂、炼钢厂、榨糖厂、棉纺工场、丝织厂、茶叶加工、铁器作坊、甘蔗酒坊以及直属中华军的兵器作坊、火药作坊分布在马尼拉城各处。原先的马尼拉大教堂前的广场，现在是外来移民招工找工作的地方，常年聚集着来自内地各布政使辖区的移民。
尹峰虽然对吕宋岛经济繁荣感到欣慰，但是根本没时间去详细了解。他一到马尼拉，就把曾景山、李星、麦小六、李么哥等人都找了过来。
两个师的中华军齐聚吕宋岛，并非仅仅是来镇压本地土人叛乱，他们的目标是南洋。
(:)