徐鸿基提议将这些日本天主教徒作为劳动力，分派到台湾、吕宋各屯田农庄利用起来，但是曾棋等人对倭人深恶痛绝，主张将倭人教徒集中送到南洋去开矿。他们还没作出决定，流亡到吕宋的日本天主教徒和吕宋的土著天主教徒联合起来，在几名潜伏深山的耶稣会传教士领导下，在吕宋北部山区举旗造反了。因此，台湾驻守部队不得不派人支援吕宋，中华军南线部队也不得不调动兵力回访台湾。
此时，明朝国内局势也越来越乱，特别是山东方面局势大乱。“闻香教”（白莲教的支派）教首徐鸿儒与王森、王好贤父子联手，趁着山东官军全部调往京师和登莱方向，各地防卫空虚，发动巨野教众起事。这位教主是巨野县城里徐街人，已经在巨野一带组织白莲教教众，秘密活动了十八年。现在他终于找到了机会，率众在巨野西部、郸城南部和范县、催阳起事，用红巾为标志，迅速聚集教众10万多人，先后攻占郸城、邹县、膝县，掠运河漕船，袭击曲阜。山东总兵李亮在德州与中华军对峙，山东副总兵杨肇基等集结了10000多兵前去镇压。
同一时期，四川各地的民众**终于变成了暴动。重庆、成都各地都发生了抄掠王府、官绅地主庄园、攻占县城的农民暴动。
陕西、山西、河南、湖广等地都骚动不已，各地官府焦头烂额，手忙脚乱。
京东一战后，中华军分兵四处，将京师四周的府县全部抄掠了一遍，不过都是战而不守，将官府府库掠光后就走了。到了十一月，北方已经是冰天雪地，战争行动被大雪所阻。陈衷纪的北线大军占据了京津一带、辽东半岛南部的金州、旅顺，山东半岛的蓬莱、渤海口的岛屿等地，暂时停止了作战行动。明军北方部队遭到重创后，已经没有战略机动部队可用，只能寄希望于各地勤王兵了。
南线的局势很微妙。在京师东郊战役后，明军在湖州、广德一线集结的兵力也达到了十万。由于京师方面的中华军压力很大，朝廷已经连番向南方各地催发大兵北上援京。迫于朝廷的压力，南京经略、兵部尚书张鹤鸣不得不下令出兵，试探性地向北发起了进攻。
中华军如今在江南已经部署了严密的情报网。官军才出湖州城，中华军南京老营就知道了。于是，颜思齐所部第五旅连夜由句容南下，在太湖边苏州城西与水手火枪队汇合，以9000人的兵力向拥有十万人的明军进攻。在太湖以东，中华军利用湖面上战船火力的支援，对官军行进中的纵队发起突然袭击。在随后展开的大战中，中华军以宽大正面的步兵阵线挡住官军乱哄哄的进攻，然后颜思齐亲率一支突击部队直扑明军中央阵地，以轻型火炮的霰弹开路，步兵以十排深度的方阵不断射击，压制住官军的任何远程火力。最后，颜思齐带队在官军阵前50步处发起刺刀冲锋，一战击溃了明军中央阵线，引起了明军全体溃败。此战是以火力抵挡明军攻击，最后解决战斗时靠了肉搏，证明中华军不但火器厉害，肉搏战也是不输与官军的。
官军方面损失惨重，好不容易集结起来的大军战死一万余人，失踪、被俘三万余人，其余人马的都崩溃了，能回到湖州的只有30000余人。南京六营都司姚国辅、原任副总兵江万化、浏阳守备徐九思、浙兵营备御周翼明等皆在苏州战役中阵亡。
不过，江南的中华军占领区内，局势却异常和谐。
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