中华军的军事行动非常迅速，从崇明岛南京城，只不过半个月时间。应天府周围的明军根本还没来得及集结起来。没有人想到中华军会以这样大的规模从海上打进长江，而且兵锋如此锐利，直取南京城。当下，南京城周边的官兵部队不是已经被中华军打败打散，就是还没有来得及集结。因此，南京城周围虽然还有四万朝廷军队，但是却无人总管，处在各自为战的状态。
漕运已经被切断、驿路也已经不通，向朝廷报急的奏章得绕道河南送去北京。金陵城内的高官勋贵、官绅士子一片恐慌。南都镇守太监就是曾经的福建税使太监高寀，因为为万历帝搜刮金银有功，被任命为南京镇守太监。他可是直到中华公司的厉害的，因此拼命要求周边各部队进城协防。因此，中华军登陆燕子矶的行动，只在一开始遭到了明军金山卫、苏州部队的阻击。明军向滩头发起攻击被打退后，就再没有行动了，大队人马撤退进了金陵城。
南京周边各个山头，明军也没有派人把守，很快就都被中华军控制了。燕子矶登陆的第二天，紫金山上中华军竖起了蓝底中字旗。金陵城西面、北面的长江上密布着中华军水军舰只，把江面完全封锁了；东面、东南面，钟山一带也被中华军控制；南面牛首山也已经被颜思齐第五旅占据，金陵城外郭范围内已经全部在中华军活动范围内，水手队甚至已经在城北太平、神策、钟阜门外活动了。整个金陵城，只剩下南面可以和外界发生联系了。当然，这么大的金陵城，中华军也没想要把它完全围起来。
燕子矶登陆的第三天晚上，紫金山上临时炮台的大炮开火了，轰隆隆的炮声震动了大地，一颗30斤重实心铁弹落在了金陵皇城的城墙下。
幕府山上的北固山营地，现在成了中华军的临时老营。尹峰并没有在此地指挥作战，出发前他事先声明不参与具体作战指挥，因此他现在就在燕子矶岸边的新兴号上。老营内是南线行军副总管叶华、第三师师长李星、水手火枪队总管林水生、曾山等几个人在商议。
“……官军都没长脑子，城外这些重要山头不守，全都收缩到城内，这不是太便宜我们了吗？”李星啃着台湾出产的玉米棒子，笑着说。
美洲来的玉米，现在已经在中华公司统治区大规模引种了。
叶华摇摇头，看着地上的地图叹气道：“这样反而麻烦。这金陵城墙绵延七十里，我们不可能全面包围攻击。要想吸引周边明军前来，我们必须选择一个地方重点攻击，把明军打痛，周边明军才可能赶来增援。可是，必须打哪里才能最有威胁？”
大家都蹲在地上，举着蜡烛看着地图。
……
金陵城内，应天府府衙大堂上，一干明朝重臣正在发愁。在上首的是南京镇守太监高寀-没错，就是原福建税监高寀，因为万历帝搜刮银子有功，转任南京镇守太监。和他一起坐着的是南京守备、南京兵部尚书吴工亮。
南京六部向来被视为闲职衙门，地位与北京六部一样，职权却几乎没有，唯一有权的是南京兵部尚书。这与北京六部以吏部为尊又不一样。在南京，地位、权力与南京兵部尚书一样的是南京守备太监和南京协同守备。
南京协同守备以侯、伯、都督充任，也称守备勋臣。南京兵部尚书是代表政府，南京守备太监是代表皇帝，南京勋臣是代表勋贵。
协同守备宋候宋章陵正在城北巡察防务，并未参加会商。下首一大群朝廷高官中，包括了南京六部官员和应天府知府在内的政府官员，还有一大群指挥使、参将、副将等军官。最为众人瞩目的，是曾经奉旨督学于南直隶的南直隶督学御史熊廷弼。
熊廷弼字飞百，号芝冈，湖广江夏(湖北武昌)人，是朝野闻名的能臣，任辽东巡按期间，努力实现“实内固外”，“以夷制夷”的战略方针，修建了自海州卫、盖州卫、三岔河起，经辽阳、沈阳到开原、铁岭、北关止七百余里的边墙；增修了清河、叆阳、宽奠、大奠、长奠、草河、熊岳等七座城池，并修墩台一百余座。还建粮仓十七所，每所三五十间，三年之内积谷三十万石。整顿了军队，革去贪污、隐占等弊端，改变了风气，充实了营伍。他与北关叶赫部、蒙族各部搞好关系，使努尔哈赤深感不利，不得不采取退缩方针，还故地，革车价，以求和好。
他在党争中失利后，来到南京督学，万历四十一年因杖死生员芮永缙被劾听勘，回归故里。今年年初，因为朝廷禁海引起台湾海寇起事，千里海疆告急，朝廷紧急征调他到南京以监察御史身份参赞军务，实际上没有人听他的主意。
在场朝廷大臣中还有一位从北京被贬谪到南京的高官：已经六十岁的张鹤鸣，字元平，号风皋，颍州人。此人二十六岁中举人，万历年间丙戍科（公元一五八六年）进士，授官山东省历城县知县，升任贵州巡抚，兵部右侍郎、兵部左侍郎，因朝廷党争失势，转任南京工部尚书。
除此之外，南京城内外来援军中的最高阶军官是浙江副总兵罗庆，他坐在下首一群军官中间低头不语。刚刚在一个月前，他带着3000浙江兵