大明朝廷接到天津卫失陷的消息时，征讨海寇军队的统帅还没确定下来。天津卫有6000守军，有坚城大炮，却这么快就失陷了，连天津卫指挥守备刘毅也战死了，这使得朝廷群臣都吃惊不小。
自称“中华军”的台湾海寇已经攻占天津卫，随后乘着明军溃散，又占领了武清县；同时，中华军夺占了天津卫明军骑兵的大量马匹，海寇骑兵的游骑已经出现在了京师郊外了。在东北方向，沿海各盐场的防海兵丁全部溃散，由大沽口边白河口一直到大辛店已经完全空虚了，中华军水手火枪队的小股侦查部队出现在了大辛店。
在西南方向，中华军几支小部队已经在静海县外围活动，漕运船只大批地在山东、天津卫交界处拥堵起来。而中华军由于得到了天津卫存储的大量粮食，减缓了后勤压力，还能分出余粮赈济灾民、收买人心。明军的火药库也没来得及破坏，虽然明军火药质量差，不过用来做手雷还是可以的。
在这种危机情况下，朝廷上下总算暂时抛开了党争内讧，将时任左侍郎兼右佥都御史、总督蓟辽、保定的汪可受任命为主帅、天津经略，统领全部京军和勤王边兵反击中华军。
王恪守，字以虚，号静峰、三盘居士，是湖北黄梅独山汪革人。师从石昆玉、李贽。万历八年，中庚辰科进士三甲第五十六名。他后任兵部右侍郎，升左侍郎兼右佥都御史、蓟辽总督。
在天津卫陷落后第十天，在朝廷终于定下心要对付中华军北线部队时，南方传来的一则消息差一点使群臣不相信自己的耳朵。
“台湾海寇千余战船沿长江逆流而上，占领崇明、镇江，已经包围了南京。”
南北两京同时遭到中华军“海寇”的威胁，这是历朝历代从来没有过的事。
万历四十五年的战争，是有史以来旷古未有的战争形势：由大海上向内陆进攻、由东往西攻击，战争的一方有着水上便利的交通条件，机动能力超群；而另一方空守着广大内陆，却在沿海一带处处被动。
……
李星第三师全部、麦德第二师的一个团，炮兵旅的两个团，台湾土著辅助部队，还有吕宋邦邦牙土著营、海南黎民营，总计25000多名步军战士以及他们的武器装备，所搭乘的运输船足足有三百多艘。再包括军火粮草运输船队，水军护航舰船，浩浩荡荡的南线中华军船队足足有500多艘大型帆船，在半个月时间内从台湾到达了浙江沿海。这个时代，可以说也只有中华军有这个能力能够聚集齐500多艘大型帆船，统筹安排去执行一次作战行动。尹峰虽然算是南线总管，但是主要日常事务都是徐鸿基、曾山、李星、叶华等几人在负责。
现在在台湾、吕宋、琉球、南洋殖民地以及关岛，只有各地守备队、庄丁队在防守，步军机动部队只有赵宣明的南洋旅以及海南岛上的海南旅，即使加上留守台湾的麦德第二师两个团，也不到20000人，很多还是新兵。还好，水军第三舰队的主力全部都在南洋游弋，没有一艘船被抽调出来。
浙江沿海舟山群岛定海中左所，如今已经是中华联合公司定海港所在地了。大批各式帆船聚集在此，为南北两线作战部队转运物资。舟山群岛以南的钱昌所、爵溪所、石浦前所、石浦后所、昌国卫等明军所属的海岛卫所基地，已经全部被中华军控制；浙江沿海成千上万的渔民、前海盗、走私商群起而动，在舟山群岛形成了一处繁荣茂盛的交易市场。同时，中华军水军也在昌国卫、定海树旗招兵，为水军招到了不少熟练的水手。
在北线陈衷纪部队登陆蓬莱城的第三天，中华军水军舰队在最新的远字号主力战舰“威远”号带领下，以四艘飞字号压阵，三十五艘三桅炮舰、数百艘快船、巡逻船等蜂拥进入长江口，突然袭击并且一举攻占了崇明卫城和崇明县。随即在第二天，崇明岛对岸的吴淞所明军官兵弃城而走，中华军台湾舰队-第二舰队的一哨水手火枪队毫不费力占据了吴淞所。
虽然这个时代崇明岛还是个小岛，长江泥沙冲积情况也不太严重，但是长江水道只有中心航道适宜中华军的巨舰行驶，沿岸的水道不适合远字号、飞字号主力舰的行动。因此占据崇明岛后，中华军以缴获和临时改建的平底沙船型帆船为运输船队，以三桅福船为炮击舰队主力。
逆流而上的中华军击破沿江各路明军水师的阻击，将长江沿岸的明军水师战船几乎全数击沉、击毁或缴获。明军在长江沿线只有用单桅渔船改装的战船，配置的火器最多是小型佛郎机铳，在中华军水军炮舰的舰载加农炮和霹雳火箭密集的轰击下，明军水师根本连还手之力都没有。中华军主力部队十天后在镇江的长江沿岸登陆，水手火枪队十个哨队1000人排列出五列轮射阵型，用连绵的燧发火枪火力硬是将镇江卫5000名明朝官军的冲击阻止在滩头阵地上。
5000明军得到太仓、镇海赶来的4000名明军士兵增援，再次对1000名水手在镇江桥头的阵地发起攻击。已经成功登陆的李魁奇炮兵团五十门开花榴弹炮，以及长江上几十艘炮舰的上百门大炮一齐来了一次炮火