在萨摩藩兵的夜袭中，岛津军平田部武士赖田右卫门（赖田平八之子）率本部100人为先锋，来到商馆寨墙下后率先登城。
虽然尹峰“发明”的压发式转轮起火地雷已经撤走，但是守城经验丰富的张海、麦阳天两人还是布下了一道警戒机关。他们事先从琉球国的渔民手中搞来了不少渔网，夜里在墙头张上了网，悬挂在寨墙上，并系上了铃铛。
结果，赖田和当先登城的武士们的身体触上了网，铃铛哐啷哐啷响了起来。
商馆内值夜的一名中华军战士闻声从墙头翻身爬起，将火把扔下寨墙。火光一闪，下边墙角处密密麻麻的人影一晃而过，这名战士惊呼一声：“倭寇！敌袭！”
“嗖！”一支长箭不知从何处飞来，插在了这名战士的咽喉上，他不甘心地晃晃身子，翻下了寨墙。他以自己的生命为代价发出了警告，惊动了墙头的值夜士兵。
于是，一阵火枪射击声之后，全馆的人都被警醒了。中华公司护卫队的战士纷纷冲出来加入保卫战。但是，岛津军毕竟已经抢得先机，片刻后已经有武士抢上了墙头，挥舞着倭刀砍翻了数名守卫者，在商馆东面墙头上夺得一块区域。纷纷冲上去围攻的中国战士在近战肉搏中，在这几名岛津军武士面前几乎无一合之敌。他们的上好刺刀的精铁制作的燧发枪往往被倭刀一削为二。不少战士刚刚冲上墙头，就被黑暗中射来的箭击中。几名悍不畏死的中国战士不顾一切抱着刚刚冲上墙头的岛津军士兵跳下高墙，同归于尽。岛津军还是把眼前的中华公司军队和明朝军队混为一谈，以为只要打开一个缺口，贴身肉搏，就能掌握先机。但是中华军不是那些不喜欢近战肉搏的明朝政府军，他们使用火器但是并不惧怕近战，而且不少海盗出身的战士悍勇善战、拼死一搏的精神绝不比岛津军武士差。在连番恶战后，岛津军登城的武士怎么也打不开局面，只能困守在十几尺长的一段狭窄寨墙上。
特种营的罗阿泉在南门值夜，被惊动后第一时间就带人往下扔手雷。南门的局势稍好一点，因为门楼比较高大，这里的岛津军动作也较慢，在被手雷轰炸之后，一时之间无法登城。陈衷纪这时正好在南门附近巡视，立刻登上南门接过罗阿泉的指挥，率领大家往墙下扔手雷。罗阿泉刚好可以抽空支援东面寨墙的战斗，他的方法就是在100米之外用自己的特制火枪，一一狙杀掉登上墙头的岛津军武士。个人的武勇毕竟不能抵抗火枪子弹，抢占了墙头的岛津军武士-包括率先登城的平田增宗的亲信赖田都被罗阿泉击毙，中华军战士一涌而上，收复了这片墙头，刀砍刺刀挑，将爬到半路的几名岛津军士兵打下墙去。然后，手雷又是开始雨点般地不要钱一般往下扔。颜思齐指挥炮兵装好了弹药，在城墙下炮窗内开火，也不管外头黑漆漆的有没有人，只管对着前方射击。最后，轰天炮也开火了，两发爆炸开花弹落在了东门外第二波冲击的岛津军人群中，轰然一声，有50多名岛津军士兵被炸飞，伊集院久元派出的夜袭队指挥官肝付兼久也受了重伤。
聚集在墙下的岛津军在手雷轰炸下，在各种火力铺天盖地轰击下，再次遭到重大伤亡，加上指挥官受伤，岛津军不久后就支撑不住了，不得不撤军。
经过此次夜袭，岛津军再次战死120余人，受伤者200多人。
而中华商馆内守卫者们也战死40多人，受伤者50余人，是商馆守卫战开始以来最大的一次伤亡了。
最麻烦的事情是：防守利器手雷再次被消耗掉400多颗，仓库中只剩下十来颗手雷了。
幸好，第二天晚间，海魂号奇迹般借助涨潮时分，居然把船开到了商馆北面的寨墙附近。
100名水手火枪队员和大量的弹药被小艇和竹筏送到岸边，进入寨墙内。特别是五百多颗手雷简直是陈衷纪的及时雨。
水手火枪队现在已经发展成为尹峰手头的机动兵力了。他们的编制虽然也是和步兵一样的营—哨—队—什的体制，但是编制内人数要少很多，一哨人马是100名战士，正副哨长一名，一般是船上的帆缆水手长兼任；武器配备有火枪、弓弩、短刀、短矛，冷热兵器搭配，不象步兵那样是全火器装备。这和水手们在海上作战时，经常需要靠船跳帮肉搏有关。所以，这批水手的近战技能相当不错，正好弥补了商馆守卫者在近战方面的不足之处。
对于商馆守卫者而言，最鼓舞人心的消息就是：“尹船主已经出兵，十天前一万大军已经到达宫古岛，五天后援军就可到达那霸港。”
陈衷纪长出一口气；在琉球岛上足足待了有十个月了，商馆守卫战也快打了两个月了，苦日子总算快熬到头了。
海魂号黎明时分冲出那霸港，在几十艘岛津军水军所谓正船、斥候船的追击下，扬长而去。岛津军的那种单桅的日本式船，船体上部建筑高大，行驶起来拐弯都很麻烦，根本不可能追上海魂号这样的快速帆船。而且打从岛津军来到那霸港，海魂号已经来回那霸多次了，日本人对它已经没了脾气，无论如何是追不上它的，也就装模作样一番收兵回港了。