中华联合公司或者说尹峰对于南洋开发的目的很明确，就是要控制和发展广大的南洋各地。{p)这是中国人首次有组织地在武装力量保护下移民开发这一地区。
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中国人不再是以前那样零零散散地以单独的个人前往南洋，也不再是受了委屈忍辱负重的好脾气的中国商人。现在的中华公司是打败了老牌殖民者西班牙人的新兴力量，公司上下自信心正在高涨。
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针对小土邦的挑衅，中华公司也不客气，立刻出动了三百名护卫队战士，在友好的土著部落协助下，跋山涉水深入热带丛林，联手附近几个部落的土著友军一举将惹事的土邦灭国。
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戴雅克人在1608年年初袭击了中华公司的一队金矿勘察人员，其中有一名充任工程师的多明我会传教士被杀死。麦小六此时已经从菲律宾返回南洋，重新担任了中华公司军情部南洋总管；同时，他也是中华公司安全部南洋地区总管。他闻讯立刻出动了南崖州的护卫队，两个哨队五百名战士，外带三门小型青铜炮，在招募来的一千多名土著辅助兵的协同下，对戴雅克人居住的原始森林地区发起了一次围剿。
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不晓得火器厉害的戴雅克猎头族集中了几十个村子的战士，在一处河谷地带正面挑战中国人和土著的联军。结果可想而知，戴雅克人遭到了重大损失，有多个村子的男丁几乎死绝。
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如今，西婆罗洲（西加里曼丹）的南崖州已经是中华联合公司在婆罗洲的重要军事据点。在海岸边建立起了三座炮台和方圆五里见方的土木结构的栅栏墙。这里也是西婆罗洲各处华人定居点和婆罗洲内地马来人土邦的贸易中心，也是中华公司最大的黄金生产中心。
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福建人多地少的社会经济状况使中华公司很容易就组织了大批移民出海。相比马来群岛、印度尼西亚群岛的其他地区，西加里曼丹地区的自然条件是比较恶劣的。但是中国人是最勤劳的民族，在短短两年之内，因为有中华公司以雄厚财力、物力、武力为后盾，大约有两万华人有组织地移民来到了西婆罗洲。另外，还有一万多自发来到这里的沿海地区的中国百姓。两年之内，这里的黄金就很快成为了中华联合公司的重要收入之一。黄金矿的开采权大多是中华公司所有，不过中华公司也把部分地区的金矿开采权以许可证形式卖给其他商家。
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在南洋的其他地区，由于荷兰人和葡萄牙人比中华公司先到，占据了一些关键的地点，因此在这样的地方中国人倾向于和荷兰人合作。在亚齐地区，荷兰人很早就占据了港口，中华公司的海盗原先占据的亚齐东南部海港据点由于力量薄弱，后来被土著人夺回去了，荷兰人实际只能控制一个港口。在马尼拉战役后，加强了武装力量的中国人重返亚齐，和一支荷兰舰队合作，再次攻克了亚齐周边地区；中华公司和荷兰人瓜分了亚齐的土地；港口归荷兰人，周围土地归中国人。
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荷兰人来到亚洲，最先夺取马鲁古群岛的德那第、苏门答腊岛的亚齐等，1605年，荷兰东印度公司把葡萄牙人驱逐出安波岛并建立了要塞和商馆，此后荷兰东印度公司一心要专征服爪哇岛，雅加达是他们的最主要目标。
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早先居住在雅加达的华人有上千人，荷兰人和中华公司签订合作协议后，用优厚的条件招揽中国商人来亚齐、爪哇做生意。华人和雅加达当地土邦的土著也有着良好的关系。在中华公司第一次澎湖战役后，尹峰和荷兰人合作愉快，进入了一段“蜜月期”。由于荷兰人对于华人比较优待，因此，爪哇岛上的华人移民主动帮助荷兰人攻打雅加达。
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其中，居住在雅加达的华人海盗曾二蛟主动组织了华人辅助部队，加入荷兰军队参加了进攻雅加达土邦的战斗。中华公司打着牌子进入爪哇地区还是前年的事情，尹峰号召福建沿海海盗帮南下之后，中华公司才在此建立了商馆。
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1608年六月，在当地华人协助下，荷兰人比另一历史时空提前了十年占领了雅加达，并将之改名为巴达维亚作为总督府正式驻地。
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雅加达的占领，很大一部分功劳得归属华人辅助军。这些部队有些是中华公司从护卫队挑选出来的部队，以哨队为单位参加荷兰军队；尹峰这样做是为了锻炼自己部队海外作战能力，也是为了让自己的武装力量熟悉巴达维亚的地理环境。
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总督府正式成立的仪式上，荷兰人任命的华人移民头目“甲必旦”李锦、中华公司的商馆代表等人就坐在了巴达维亚总督的身边，几千名华人移民在周围欢呼着，舞龙灯、舞狮子等庆祝活动热热闹闹