从心底里而言，沈有容并不赞成此时对中华公司开战。一则他对尹峰其人有好感，并不认为他一心要造反，只是出生海外不晓得朝廷威仪，需要**和安抚;二则，他虽然认为中华公司不应该对吕宋夷人妄动刀兵，但是尹峰出兵吕宋，却是受到沿海各家出海商人所支持的行动，官兵此时去给尹峰背后插上一刀，会使福建的老百姓与官府离心离德。
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无奈巡抚、总兵等上司严令他出战，作为有着标准军人作风的沈有容没有办法，只好听从命令领兵出战。
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这几年间，他早就通过渔民、暗探打听过澎湖的守备情况;事实上每年的官兵汛兵驻防澎湖时，和中华公司的人一向相安无事，甚至这两年铜山水寨汛兵都是走过场，去澎湖待几天就回家了。但也因为这样，中华公司在澎湖岛上的防御情况，官兵这一方也是比较了解的。
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中华公司在泉州方面的暗探也打听到了官兵的动向，澎湖和台湾都已经有所准备，但是并没有打听到官兵出兵的确切日子。沈有容抢在主将罗一闻之前，擅自出兵，再次发挥了他的指挥能力，硬是让本部水师连夜赶路，由熟悉澎湖水道的郭家兄弟带路，在深夜里袭击了澎湖岛。
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沈有容就是这样的军人，虽然不赞成此次行动，但是一旦动起手来，就力争要做到最好。
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虽然中华联合公司驻防队在西屿的南部海角设置了观察哨，但是在漆黑的夜晚，沈有容冒险只让领路船点上一盏灯笼，其余战船都跟着这盏灯走。结果，西屿的中华公司哨兵因为疏忽没有及时报警，让沈有容的40条战船冲进了马公港内海。
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港内测天岛上有一木制临时灯塔，是中华公司所建，也有哨兵把守。总算测天岛的哨兵及时作出了报警，用三磅炮及时发炮告警，顿时整个海湾滚雷般响彻了炮声。
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原先中华军的驻守地在娘妈宫，就是几年前和荷兰人激战的地方。现在，中华公司护卫队驻守的商馆要塞在马公港南线的风柜尾。这里面对陆地的一面地势较高，面对着一片丘陵和砂石地;另一面靠近海湾，海岸线完全处在商馆要塞的大炮射程之内，海滩狭长，不利于敌人登陆攻击，第十二战船队的船就停泊在那里。
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战船队统领是崖州疍民的麦家子弟，年仅二十岁的麦芽子。他们虽然也接到了泉州方面的告警，但无论如何没想到官兵水师敢于夜间偷袭，大多数水手还在堡寨内睡觉。在当时的技术条件下，海上偷袭的难度可想而知，他们这么想也情有可原。虽然水手们听到炮声赶紧起*，但是只有两艘双桅船上有值班水手值夜，及时地升帆起锚，其余的战船都遭到了浯屿水寨官兵的火船攻击，转瞬间被烧得一塌糊涂。所幸水手们伤亡不大，大多数人还没来得及上船，自己的战船就已经着火了。
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麦芽子自己倒是在一艘战船上值夜，带着另一艘船及时冲出停泊地，用火炮、火药桶、火箭开路，依仗自己熟悉水道，沿着海岸线冲出了官兵包围，前往台湾告急去了。不过，另一艘战船的弟兄为了掩护麦芽子，主动掉头冲向官兵战船，结果被几十艘水师战船围殴，沉没在了澎湖湾。
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丢掉了战船的200多名水手及时撤退到了商馆堡寨内，协助驻防队步兵弟兄用大炮和火箭击退了沈有容的水师。
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沈有容的密探从来没能进入到堡寨内侦查，所以沈有容没有料到小小的堡寨内竟然有大炮和火箭，而且数量不少。
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这一要塞堡寨是个四方形带石头围墙的建筑，长宽都是70步左右，四角有望楼，石墙高约一人，每一面都有两个突出的炮座和敌台，使得墙角根本没有射击死角。堡寨四周挖有一圈一人宽一人深的壕沟，四边有门，用活动的吊桥来进出。
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石墙不高，但是里面沿着墙搭有木制平台走廊，刚好可以让守卫者探出脑袋用火*向墙外射击。这种借鉴了所谓意大利式多棱堡体系而建立的小型防御工事，可以充分发挥火器的作用。而且，堡寨拥有三门二十四磅铸铁炮，全在面对大海这一面，是一个月前刚刚运来的中华公司自己生产的最新式火炮;另外还有十二门轻型野战炮。驻防队全部换上了带刺刀卡座的燧发火*，水手们有一半拥有火绳*。其余水手也大半拥有弩箭和刀剑等战船上的肉搏武器。
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按照明朝官兵的配置，堡寨内的560人中百分之八十拥有的火器，这还不包括大炮火箭，那配置实在是太豪华奢侈了。
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沈有容的40艘战船上，除