吕宋岛的基层政权在省以下，虽然也有镇、村之分，当地土著可以出任副镇长（Zuez)或村长eza)。但是，传教士在村、镇权势很大，镇长，村长等远不是地方行政的主持人，事实上他们仅是奴仆，首先是教区牧师的，其次则是本省各级行政，军政和司法首长。
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土著镇长、村长地位不高，他们受着书记官(一般是传教士的私人亲随)的制约。如未经传教士的许可执行上级行政首长(包括总督、省长)的指令，将会被传教士处以鞭挞藤的惩罚。收缴赋税贵任之重大与他们薪奉之菲薄，形成了鲜明的对照。然而，镇长、村长作为西班牙传教士操纵菲律宾地方基层政权的工具，他们催税迫赋，作威作福，构成了西班牙地区基层统治的基础。
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因此，尹峰的中国人文官每到达一地，废除当地村镇长官的职务，由公司派遣和指定的合作者担任，这项措施的实行，一般土著百姓并没有什么抵触情绪;西班牙人手下的那帮官员确实都不是好东西。中华公司对吕宋岛基层政权的统治是一竿子通到底的，直接由公司派出的人员下到村镇收税，不再假手土著中间人。同时，中国人推行并村计划，把分散的土著村庄迁居，集中居住在一些大村镇内;一方面便于管理，一方面打乱了各村寨的凝聚力，同时空出大片的土地可以供给中国人分地用。
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日侨聚居的迪劳、圣米格尔等地的日本町，迪劳已经被外籍雇佣兵彻底抢空烧毁了，尹峰允许那些躲避国内宗教迫害而逃亡的日本人居住在圣米格尔。日本人对于强者一向是很顺服的，很快日本町就安稳下来了。他加禄人聚居的马拉特等地，由于本来就和中国人关系较好，也很快安定下来。
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中国人对吕宋实施统治管理的最大阻力来自天主教会。因此，这些天中华公司军队四处搜捕，把吕宋各地几乎所有的传教士都被抓到了马尼拉。
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“吕宋范围之内，现在大约还有名各个天主教传教会的教士，其余的，很不幸在战场上去见了上帝。”尹峰看着大厅中老老少少的几十名传教士，一边冷笑一边用汉语说着，李丽华把他的话毫不带感情地翻译成西班牙语。
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“所有反抗我们公司统治的传教士，除了在马尼拉地牢中的15人外，其余的人在我们中华公司军队的追捕下已经躲入深山沼泽，我们迟早会抓住他们的。诸位先生很不明智，在我的军队到达时组织反抗，导致许多无辜的土著人**，这个责任必须由你们承担。这其中，我们没有发现耶稣会的教士，耶稣会很好地与我们中华公司保持了合作……因此，我现在宣布，整个吕宋岛和棉兰老岛以北的地区，所有天主教传教事业全部划给耶稣会！”
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尹峰这话一说完，下面一群教士就喊起来：“不！不！你没有这个权力！菲律宾传教区的划分是西班牙国王的权力！”
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尹峰冷冷地说：“西班牙国王对菲律宾的统治权已经结束了。历代以来，吕宋诸岛的土著都是向我中华天朝上贡的夷人，我现在只是在恢复中国自古以来的权利。我现在再次宣布，整个中华公司控制的菲律宾地区，传教权归于耶稣会，他们的传教费用问题我不管，西班牙国王如果还想继续给他们发放薪水，我没有意见。”
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尹峰带着军队打回吕宋时，吕宋总计有西班牙殖民者不到千余人，而传教士就有180人之多。实际上到1591年整个群岛已经有140名传教士，马尼拉主教区亦升格为大主教区。1594年，西班牙国王菲力普二世给各修会划定了传教区域，奥古斯丁会得到了吕宋岛的中南部，包括伊洛戈、邦板牙和彭嘉施兰的一部分地区;方济各会主要在内湖周围和比科尔半岛区域活动，多明我会被安排在吕宋岛北部卡加延山谷和彭加施兰另一部分地区传教;耶稣会则获准在比萨扬群岛的萨马、莱特和宿务等岛屿及棉兰老北部建立教区。
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虽然各家修会存在着竞争关系，但菲律宾各个修会的传教士，几乎全都来自西班牙和墨西哥。他们长达2年的旅程费用(约7950比索)是由西班牙王室承担的。传教士到菲后被分配到指定的教区，马尼拉殖民政府发给薪水或津贴，大主教年薪4125比索，主教年薪1838比索，而教士每年得比索或法内格法内格约等于90石大米)的补助，传教士们实际上是受薪的殖民地西班牙公务人员。
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尹峰把他们当作西班牙官吏同等看待，当场宣布驱逐除耶稣会以外的所有传教士，而且还要先在比农多集中营接受甄别。
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耶稣会的人实际上也很苦恼，平白扩大了传教区是好事，但是传教的费用从何而出？中国人