部、监军部、军情部四个单位。
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后勤部下辖军器司、军工司、预备军司、粮草司四个职能司，而作战部下面则设立了步军指挥司、水军指挥司和炮军指挥司三个军种司以及规划司、通讯司、操演司、军务司四个管理部门，算是尹峰的参谋部，主要职官有一半是外籍的葡萄牙、荷兰军官;监军部下辖军校管理司、考察司、亲卫司、军法司四个司，其中亲卫司实际就是尹峰的亲卫队，也负责其他公司高层的人身保卫工作。这监军部是名义上由尹峰亲领的部门，实际上尹峰在写好一堆规矩和定好军法条目后，就把具体操作的事一股脑交给了林晓，林晓不愿费脑子，全盘按照尹峰写的东西办，加上了他自己东西：在军队中强调对尹峰的忠诚。除此之外，别无其他。幸好，最近曾家的小儿子曾瑞加入监军部，成了副部长，主管军校和考察部，开始学着尹峰大谈保护海外华人、保护经商贸易的道理。
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尹峰虽然争取到了曾家子弟来为自己工作，但是也不敢把他们派到战场上去。最喜欢参军作战的曾瑞，曾经私自上了战船到澎湖参加对荷兰人的战斗，把尹峰下了个半死。因此曾瑞虽然也进入了护卫队，但是尹峰只把他安排在监军部管管军事教育和功勋考察，不用上战场去作战。
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最特别的是军情部，实际就是早先的中华公司军情司划归护卫队的，公司另外搞了一个商情司，也是归林晓管辖，主管明朝内地的各种情报收集。而军情部虽然分为海外司和内情司，但现阶段主要情报工作是面对海外，东西洋各地，最重要的情报收集目标就是菲律宾。
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经过三年多来多次整顿，护卫队已经形成了相对完整的军队组织架构，已经是一支体系完整，有着整套士兵征募、军官选拔、军事教育和训练体系，以及有着从上至下成套作战传令系统的军队了。
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在尹峰的设计中，军队如果再要扩大，老营总部就要设置科、曹、司、部四级机关体系，在地方上也要形成驻防辅助兵、庄丁预备队、自卫民兵等各级预备兵制度。不过，现在的中华联合公司军事力量已经过万，实际上已经是非常庞大的武装团体了，直接管辖了台湾岛上十万土著民，七万左右汉人定居者，还统治着为数几百的欧洲人。在海外和内地，中华联合公司包括联合经营的股东，在十三省各地雇佣的商馆商行的水手、伙计、书办等各种员工足足有十几万人。
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这是一股有组织有基地的武装商业团体，它的组织能力完全和明朝政府体系不一样，秉着高效和简洁直接快速的原理，管理上层次分明、分工明细，一切目标在于减少成本高效执行，其内在的力量之大，连尹峰自己也没有完全察觉到。至于那些大股东和高层管理者，也是对此朦朦胧胧的。
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对于出兵打仗，所有人的感觉就是只要尹峰领兵，他所指挥的战事全是赚钱的战争，对荷兰人的澎湖之战、搜刮土著人的控制全台湾之战、攻打澳门之战，全是赚钱的买卖，不仅得到对方赔款，还有大批战利品。因此真正反对出兵进攻马尼拉的公司内部人士已经很少了。特别是反攻马尼拉，这是主要大股东以及大多数死里逃生者的心愿。
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不过，陈第却以朋友和长者的身份，劝说尹峰不要动刀兵。
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“我大明天朝并非惧怕外夷，朝廷不愿出兵讨伐吕宋夷人，那也是天朝的风度，只是不愿兵祸蔓延，杀伤太多，有干天和。想那外夷不过虎狼之性，在海外肆孽，不会伤及国本;虽然我的亲友也有丧生吕宋的，但是国家朝廷如今国库空虚，内地盗匪四起;一旦出兵海外，所消耗的粮草不可计数，必然会弄得民不聊生……”陈第坐在尹峰的马车上，喋喋不休地对着尹峰说着。
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尹峰非常纳闷;这个老将军那根神经搭错了，怎么突然之间对我说起这些来？
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一向来对这个老将军很尊重的尹峰打断了他的话：“陈老将军，您不是第一天知道我们要攻打马尼拉吧？”
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陈第愣了一下，点点头：“自然，你们出兵马尼拉，于情于理都是说得过去的，可是……”
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尹峰再次打断陈第的说话：“没有可是，陈将军。我们两个忘年之交，您不嫌我一个捐纳功名的商人，我也没把你当做老朽。我与你实话实说：出兵马尼拉，为三万中华商民复仇，这是件大事，朝廷不做，我们沿海的商民自己来做。我们不费朝廷的弹，一粒粮草，失败了我们自己承认倒霉，成功了大涨我海外华人的志气，有何不可？”
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陈第脸色阴沉，并未为被打断说话而