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对于公司和本岛土著的关系问题，尹峰一贯主张和平共处。他不是什么种族主义者，也没有极端的民族主义主张，而且他知道：西拉雅人为代表的这些平埔族原住民，历史上在200年时间内就几乎全被汉人同化了。他们不是倭人，西班牙人、荷兰人那样是你死我活的敌人，而是中华联合公司的合作伙伴，不可能稍有问题就动刀枪，搞种族大屠杀，一股脑儿杀个干净这种事，尹峰也干不出来。
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尹峰一扭头，看见大家都在望着他，咳嗽一声道：“大家知道我的一贯主张，不过我公司职员和受保护者被杀，这也是不能容忍的。只是，我觉得台南各地土人突然一起反对我们，而且同时期大批倭人到了台湾北部，这其中可能有着相关联系，”
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几个人都有恍然大悟的表情，只有曾景山继续质疑：“难道，这一切都是倭人所为？为什么？”
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“这个不奇怪，倭人早就对台湾岛有据为己有的野心，早在几年前，倭人的国王就派人来台湾侦查。”
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尹峰把一张台湾全岛地图摊开——这是传教士巴拉达斯和尤文辉的功绩，他俩坐船沿着海岸线进行了一次环岛旅行，再根据猎人、渔民的叙述，画出了历史上第一张台湾地图。不过这是一张草图，除了南部一些地区标上了海港、屯田庄园、土著村社的地名，其余地方——大片的西部平原、山区、屏东等地都是空白。
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尹峰指指地图说：“此次土著人发生反公司的骚乱，半个月内遍及南部各地，中部平原虎尾陇社也同时发生冲突。要知道土著人群中部族村社众多，相互之间的关系犹如一盘散沙，语言风俗各异，各自为阵，并没有形成统一的族群认同，没有统一的文字和头目。那么，如此分散的土人村社却几乎同时发生反对公司的骚乱，不是很奇怪吗？”
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尹峰说道：“我们无论如何，都得把倭人视作大敌，光泽！”
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林晓腰板一挺：“船主！”
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“你这里刚刚成立的军情司如何了？”
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林晓苦着脸说：“船主，这才几天啊，人手都没凑齐呢！”
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尹峰摇摇头：“加快速度，三教九流，什么人都召集一点，我们做不到知己知彼，如何能够战胜敌人？”
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陈衷纪忽然敲门而入，在尹峰面前笔直立正，左手横举击胸敬礼——因为私自带曾瑞上战舰，他连带着被打了5下**，然后在军营操练阵列一个多月，现在已经很有军人气势了。
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陈衷纪说：“禀告船主，罗阿泉他们回来了！”
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众人的目光都看着尹峰。大家都知道罗阿泉等十余人的小队是尹峰亲自指挥的特殊部队，平时神秘的很，几乎无人知道它的存在。尹峰这次派他们出去干什么，什么时候派出的，大家都不知道。
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尹峰起身出去了，半天才返回，在门口对陈衷纪、颜思齐两名亲卫说：“守住门口，任何人不许接近。”
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他阴沉着脸进屋，一进来就说：“我的估计没错，麻豆社、目加留社等地，最近都有倭人进入。现在，我们必须立刻动手了;土人不是主要对手，他们各自为政，相互之间的关系犹如一盘散沙，很容易被各个击破。如此，明日起我亲自带队，联合新港社的土著，先平定我们台湾港城周围的西拉雅人村社。”
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他开始点名：“林晓，迅速派人去各地，联系那些久居土人村社的汉人通事，打听情况安抚土著。注意，要收集一切倭人的情况。”
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“麦德兄弟，你本哨人马，带上猎人向导，北进虎尾陇社，扫平虎尾陇社后一直向北，越过大肚番国去淡水。注意，少杀人，多安抚，尽量不要和土人冲突。我们的主要敌人是倭人，遇到倭人，一律抓起来，抵抗者一律处死。”
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“李跃兄弟，你组织一支筑路队，木工、瓦工、灰工、石工等各种技术工都要有，就按照屯田庄园标准砂石路的规格，把大路从港口一直修到虎尾陇社去。”
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“纪仔！”
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陈衷纪立刻进屋，立正行礼。尹峰笑着说：“不错，现在有军人的样子了！你去魍港传令给大海和叶华，战船队准备北上淡水。扫荡倭人的船只，新兴号就够了，飞龙号