自同治三年，任武等部尽退甘肃，时甘肃，宁夏，青海等地回民纷纷起义，逐渐形成四股主力。甘肃南部的马占鳌，宁夏南部的马化龙，青海东部的马文义，甘肃西部的马文禄。
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除了回民起义军外，当时在陕甘两省还有两支数十万饥民武装。
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同年十一月，捻军首领张宗禹按照赖文光“前进甘陕，连结回众”，以成犄角之势的战略思想，率西捻军三万余众自河南进入陕西华阴、渭南境内。清廷害怕回民军与西捻军联合，急令湘军援陕。
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一发不可收拾，殃及百姓。时首领任武先杀张芾，再杀自家的老少妻儿，以断顾忌示血战到底。首领白彦虎杀人最凶，立志掘掉黄帝陵。穆斯林民兵3三十万人号称“陕回十八营”，一年时间关中二十六员县令被杀，数月内在关中平原杀汉人八成，全省人口已去七成，两省共计千万之多。
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临潼县志后载,此间“七年，临潼县死亡人口三十余万，渭河南北烧杀之灾无一村一人而幸免。”
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据三原县志记载，回民起义两年间“县旧隶五百余村俱残破，仅存东里、蔡王二堡”。还有其他一些记录，都是人口锐减，当然也并非全是因此，当年又逢大旱饥荒，瘟疫横行。
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也有人也论，回民起义之初，主要是回汉民之间的矛盾，经常有械斗。借清朝军队集中到南方对付太平天国和云南回民起义，关中地区防务空虚，一些回民首领屠杀汉民报私仇。
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当时七成汉民抽大烟，身心俱病，一盘散沙，无力抵抗，而回民不抽大烟，又习武，心齐。这些不在事发之地，都不敢妄谈。只谈事实在眼前。
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实际这种事情一经激化，那是愈演愈烈，难以回头。起义军又何尝不苦，拖儿带女被追着四下流窜，
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天寒地冻的，妇女浑身冰冷，冻得孩子都吸不出奶来，也是很多妇幼病残死在路上。
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据镇原县志：“四乡堡寨攻陷无遗，而县城独全，盖四乡之人逃出虎口者，生后入城避难。是月初九日，全城糜烂，死者不知其数。”
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《甘肃新通志》记，同治二年八月，回民军队“陷平凉城府官……员死节者百余，士民死者十数万。”陷宁夏府城，汉民十余万被屠殆尽.”
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华亭县，据记载，“同治二年十一月，陕回入境，焚杀极惨。初土回叛变，尚爱乡土，不甚残毒。及陕回入境，无所顾惜，焚杀惨于土回十倍。华亭从此丘墟。”
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陕回入甘经渭源、狄道至河州，屠杀甚惨。由于当时农村杀得很惨，能逃的则涌入县城，借城墙保命。然而城破之后，则被血洗。如渭源城破后，“屠毒生灵以数万计，满城官员皆死之。
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另一记载：“残杀一日，辄死人民数万，血流成渠，尸积如山，伤心惨目。”
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隆德县。据载：”同治四年县破城，从此官逃庄浪，城空无主者五年．人民杀毙饿死十有八九，老弱逃尽，全县无二三十人家。全县村村焦土，十室九空．”
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后有歌辞“同治五年三月间，杀气弥漫天。十余万人一朝尽，问谁不心酸。”
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尽罹锋镝，天降鞠凶,这才刚刚开始。