器和军港内各种舰船上的武器击落的，明军的各种飞机被击落103架，其中大约有20架左右也是被明军的各种炮火击落的。可以说手忙脚乱的空战里明军吃了不小的亏。而未经战事和忙中出错是吃亏的主要原因。
日军的第二波攻击机群大约220架各种飞机在一个半小时之后再一次来到基隆港上空，这时大批的明军飞机已经飞临这一带地区还没有落地。很多明军飞机虽然燃料已经不多了但还是坚持着来到战场跟日军的飞机缠斗在一起。
与日军空军相比，明军的战斗机速度和火力都不吃亏，而且明军飞机极为注重飞行员驾舱的装甲防御问题，为了这些厚厚的装甲钢板甚至牺牲了很多的装弹量和油量。而且明军空军的双机编队战术配合自身的装备特点在有准备的空战中逐渐显示出他的先进性和威力。
零战的速度和空气动力学性能在同时代的飞机品种中是极为突出的，但是不巧的是由于柳清扬地存在，这种被日军内部视为绝对机密的新型战机对柳清扬来说没有任何秘密可言。后是用来对付零战的野马，黄蜂等美军战机的特点柳清扬又是一清二楚。因此在明军有了一定准备之后日军的第二波空袭基本上没有占到什么便宜。
这一波以袭击海军舰船为主的日军飞机集群中97舰攻和97鱼雷机数量很多，因为按照作战计划此时明军可以战斗的飞机应该不多了，海峡对面的明军空军在赶来支援之前日军本来可以完成这一次的袭击。但是明军雷达的性能日军并不了解，随着台湾北部遭到日军机群袭击的情况经由雷达站转交到岭南军区和南京总参谋部之后对岸的明军机场便开始准备了。因此尽管距离很远但是从内陆赶过来的明军空军部队还是在日军第二波进攻到来的几乎同时赶到了战场上空。
这时候天已经大亮了，万里晴空没有云彩。在雷达发现日军第二波机群的时候，明军的将近三百架战斗机就在附近的空中巡视着，日军本来战斗机数量就没有优势，明军战斗机编队从各个方向纷纷冲入日军的三群飞机中。很多明军战斗机压根不管身旁身后是不是有日军的战斗机只顾追着那些装着炸弹和鱼雷的舰攻和鱼雷机一顿暴打。
在急了眼的明军空军肆无忌惮的打法下日军的阵型很快就被数量越来越多的明军战斗机打乱，尽管还是有一些日军的舰攻狡猾地贴近海面飞行企图钻进明军的海港防御圈里面。但是在朗朗乾坤众目睽睽之下，这种根本就称不上战术的小伎俩压根逃不出那些守在港口外围专门用来防止敌机低空潜入的小功率雷达的眼睛。
在经历过一阵子的混乱之后，陈阿定指挥下的基隆港原有的防御部署开始正常运转发挥作用。很多新兵在第一次看到身边的战友被子弹或者弹片削掉半个脑壳黄白相间的凝固状液体溅了自己浑身满脸的时候会忍不住低头大吐特吐，但是在越来越多的战友和飞机军舰被日军的飞机搞掉的时候便忘记了刚才的恶心和害怕。
这些很多还不到二十岁的年轻人在不断落下的炸弹爆炸声和乱飞的单片中开始奋力还击，负责抢救和灭火的士兵开始从躲藏的地方冲出来，然后在那些连长排长老兵们的带领下大声高喊着冲向他们应该出现的地方。
很多的医护兵们冒着弹雨硝烟在舰船和码头上肩扛手推连拉带拽地把伤员带到已经被炸弹炸毁了大半的军港医院的院子里。这个院子里摆下了几百张临时病床，不断有受伤的伤员被抬进来。几个岁数大的医院主管们来回跑着高喊着不停地忙碌着。
愤怒的明军战斗机飞行员们在与同样对战斗环境不是很熟悉但战斗意志同样顽强的日本飞行员的较量中开始逐渐占了上风。由于明军飞机的大功率发动机的良好性能以及明显占优的战斗机数量，原本猖狂至极的小日本慢慢开始招架不住了。
最先倒霉的是那些还来不及抛掉炸弹和鱼雷的舰攻们，就像大肚子孕妇一样行动迟缓的飞机在明军战斗机的机关炮面前就像是一群待宰的肥羊。
在成群的明军战斗机的驱赶下掉头乱撞的日军轰炸机编队迅速被打散，扔下炸弹掉头就跑的还是逃掉了不少，那些还想靠蛮干继续前行的无一漏网。因为在外围的明军战斗机数量很多，因此几乎只有零星的日军飞机得以靠近军港上空，但是这些零星冲进来的日军飞机不是被地上的防空炮火干掉就是被在后面追过来的明军战斗机们干掉。
日军第二波飞机集群编队得220架飞机最后回到航母上的只有不到50架。明军在这一轮空战中植被击落了33架战斗机，海面上的舰艇基本没有再遭到损伤。尽管大部分参加战斗的明军战斗机都或多或少受了些损伤，但都是简单修一下就没问题的小损伤。
被击落的飞机上的飞行员们大部分获救，明军的搜山部队和海面的巡逻艇甚至还抓到19名活着的日军飞行员。
山本四十六站在联合舰队旗舰飞龙号的舰桥上的指挥室里通过望远镜看着寥寥无几的日军飞机遥遥晃晃地飞落在甲板上时，心情丝毫没有感觉到偷袭成功的喜悦。他迅速给已经升空的第三波空袭机群指挥官下令迅速返航。
并且不顾周