与流沙简书相证发，特南渡名家，韵度自异耳。”指出南北书法有相同之处，惟六朝江南名土尚韵风气更甚些，此说颇合史实。又如在《松江急就章跋》中认为“松江《急就》决为唐临不疑，有讹略之迹，而无讹略之情也。推迹以知情，是在善学者。”此说体现了他的疑古精神，“推迹以知情”即是他的持论方法。又如他在《多宝塔碑跋为谢复园题》中认为“鲁公书源本出殷氏父子，后得笔诀，困法河南，所调厌家鸡欣野资者耶?然如此砷结体，固不能与《裴镜民碑》绝无瓜总也。此拓梢绝，于用笔劲媚处，点画紫拂，绰绰可寻，绝非剜后秃木者可比。”此跋极精到，非有书法家之义本事、真眼光者，不能悟解。所谓真本事、真眼光者，即是能想象到古人的书写状况，处于同一境界，神与之游，发而为论则无隔阂。沈曾植在这方面要比康有为高明许多，宋代苏东坡成自豪地说：“吾虽不善书，晓书莫如我”，此话若移作沈曾植的话，也是非常贴切的。
沈曾植对书法形质与情理的体会了解主要集中在以下三个方面：一是重势，如在《蔡氏分法即钟氏隶法》中提到：““固非修短纤浓，波点相资，无以呈其意势。”又如在《论行楷隶篆通变》中认为：“篆参隶势而姿生，隶参楷势而姿生，此通乎今以为变也。篆参籀势而质古，隶参篆势而质古，此通乎古以为变也。”这就是他独到“异体同势、古今杂形”观，在清季碑学运动中属于新理妙发。二是重形，如他认为“逸少学钟书，最胜处可证得于势巧形密。”又如他认为“《入山帖》瘦质处可证《化度》，可通草书《千文》。”又如他对卫恒《书势》中“修短相副，异体同势，……纤波浓点，错落其间”这十六字相当推崇，其晚年书法风格正是如此。三是重笔，他对卫恒《书势》中的“奋笔轻举，离而不绝”一语非常认同，于用笔的提按起伏、藏锋油颖体悟甚多。他多次提到李斯亡篆以简直、蔡邕亡隶以波发，观照他晚年作品中翻腾的用笔，约略可以推想。他还认为钟繇用笔最曲，王献之最直，王羲之曲直相宜。钟繇的曲对他晚年书风的形成是至关重要的，这与他为学雅尚险奥，清言见骨相一致的。
1980年，沙孟海先生在《书谱》杂志上提出“碑跋的写手与刻手问题”，引起书学界的广泛讨论。关于这个问题，清季书家大多未注意及之。梁评唐《兖公颂》时，曾提出“字画失度处缘刻手不精耳”。之后的包世臣、赵之谦、康有为都未看透北碑背后的刻手因素，但沈曾植法眼独具，较早地注意到了碑版的刻手问题。如他在《王基碑跋》中提到“刻手精工，遂令使转笔势，突然毕露”：在北魏《燕州刺史元踢墓志跋》中提到：“逆锋行笔颇可玩，惜刻工之拙也”；在北齐《使持节都督元贤墓志跋》中认为“刻手太粗”；在北魏《乐安王元绪墓志跋》中认为“刻工草草”；在《临淮王元彧墓志跋》中认为“此书甚工，刻乃不称”：在隋《杨厉墓志跋》中认为“书道至此，南北一家矣，惜刻工拙耳”。不仪如此，他对拓本的精确与否也十分关注，如他认为《国学本定武兰亭》“极圆润，而未免轻弱。然刻手极精，纤锋华见”：认为《旧拓定本兰亭》“刻工亦颇能传之，殆非天水时代良工不办山”：认为《式古堂法帖》“模刻不精，逐致略无神采”；认为《墨池玉屑本》“宛如手书，其墨色拓工俱绝。……锋颖丰利，真能以刀代笔”；认为《丰存礼小楷普门晶》“书法谨严，刻尤精绝”等等。沈曾植晚年之所以碑帖于一炉，与他能敏锐地感觉到砷帖背后刻手问题有着大的关系。
晚清整个社会都在求变求新以自强。沈曾植书法以占为变．以古为新，翻覆盘转，新意十足。历史上，米芾、赵左頫是以古为新的成功实践者。沈曾植在给门生谢凤孙的信中曾指出：“吾尝以阁下善学古人为不可及：今忽曰：以临古为大病，此涣何耶?来屏有使转而无点画，即使转办单薄寡昧，如此便是自寻贱落矣，如何?米元章终身不离临摹，褚公亦然，上至庚亮、谢安石，办有拟法。鄙人临纸，一字无来历，便觉杌不安也。”但沈曾植的复古意识与米芾、赵孟頫、董其昌等人比较起来，还是很有特点。米、赵、董复古以正统自勉，非二王不学，以取晋药为主，非“相杂文生”。所以，他们的书学思想中很难见到诸如沈曾植所主张的“异体同势”、“古今条形”、“中画圆满”、“分画中虚”这些内容。孙过庭所谓“古质而今研”，沈即是研了，更注重书法形式上的变化，注重参势而姿生的结果。
沈曾植之所以能独树一帜，除了上述的种种鲜明的见解外，还具有一颈勇猛精进的心。他在书学上没有像包世臣那样钻牛角尖，而是主张古今融合，南北相济，以期相生相发的境界。在实践上，他非常大胆地运用“抽锋”、“卧笔”之类的手段，如果用正统的眼光来看，觉得有些偏胜；如果用新理异态的效果来看，恰到好处。成就与吴昌硕相伯仲。融汇碑帖之学，博取厚积，开拓了行草书的发展道路，丰富了碑学的表现力，代表着碑学的发展高度。
学识淹博，精研西北史地。书法融合汉隶、北碑、章草为一炉，自成面目。谈中国五十年来书法者，巍然为一代宗师