是藉此作为自己忠君爱国、抗清复明的寄托和掩护。
清军入关建都北京之初，全国抗清之潮此伏彼起，气势颇高，傅山渴望南明王朝日益强大，早日北上驱逐清王朝匡复明室，并积极同桂王派来山西的总兵官宋谦联系，密谋策划，积蓄力量，初定于顺治十一年（1654年）三月十五日从河南武安五汲镇起义，向北发展势力。然而，机事不密，宋谦潜往武安不久，即被清军捕获，并供出了傅山。于是傅山被捕，关押太原府监狱。羁拘期间，傅山矢口否认与宋谦政治上的关系，即便是严刑逼供，也只说宋曾求他医病，遭到拒绝，遂怀恨在心。一年之后，清廷不得傅山口供，遂以“傅山的确诬报，相应释宥”的判语，将他释放。
傅山出狱后，反清之心不改。大约在顺治十四至十六年间，曾南下江淮察看了解反清形势。当确感清室日趋巩固，复明无望时，遂返回太原，隐居于城郊僻壤，自谓侨公，那些“松乔”、“侨黄”的别号就取之于此后，寓意明亡之后，自己已无国无家，只是到处做客罢了。他的“太原人作太原侨”的诗句，正是这种痛苦心情的写照。康熙二年（1663年），参加南明政权的昆山顾炎武寻访英雄豪杰，来太原找到傅山，两人抗清志趣相投，结为同志，自此过从甚密。他们商定组织票号，作为反清的经济机构。以后傅山又先后与申涵光、孙奇逢、李因笃、屈大筠以及王显祚、阎若璩等坚持反清立场的名人和学者，多有交往。尤其是曾在山东领导起义的阎尔梅也来太原与傅山会晤，并与傅山结为“岁寒之盟”。王显祚见傅山常住土窑，特为他买了一所房院，即今太原傅家巷四号院。
清初，为了笼络人心，泯除亡明遗老们的反清意识，雄才大略的康熙帝在清政府日益巩固的康熙十七年（1678）颁诏天下，令三品以上官员推荐“学行兼优、文词卓越之人”，“朕将亲试录用”。给事中李宗孔、刘沛先推荐傅山应博学宏词试。傅山称病推辞，阳曲知县戴梦熊奉命促驾，强行将傅山招往北京。至北京后，傅山继续称病，卧床不起。清廷宰相冯溥并一干满汉大员隆重礼遇，多次拜望诱劝，傅山靠坐床头淡然处之。他既以病而拒绝参加考试，又在皇帝恩准免试、授封“内阁中书”之职时仍不叩头谢恩。康熙皇帝面对傅山如此之举并不恼怒，反而表示要“优礼处士”，诏令“傅山文学素著，念其年迈，特授内阁中书，着地方官存问。”
傅山由京返并后，地方诸官闻讯都去拜望，并以内阁中书称呼。对此，傅山低头闭目不语不应，泰然处之。阳曲知县戴氏奉命在他家门首悬挂“凤阁蒲轮”的额匾，傅山凛然拒绝，毫不客气。他仍自称为民，避居乡间，同官府若水火，表现了自己“尚志高风，介然如石”的品格和气节。
在学术和学术思想上，傅山的学问文章，都追踪当时的进步思潮，尤其是前半生明朝末亡之时，他的思想带有强烈的进步倾向，不重视当时学者重理学的倾向。他赞扬具有革命新精神，被明朝统治者视作洪水猛兽的李贽学术思想和刘辰翁、杨慎、钟星等节高和寡之士的文风。对明末的政治腐败，官场龌龊，是有清醒的认识。清军入关明王朝灭亡后，傅山一反清初一般学者以经学为中心的研究范围，而是独辟研究子学的途径，冲破宋明以来重理的羁绊，开拓了新的学术研究领域，成为清之后研治诸子的开山鼻祖。至于傅山的诗赋，则是继承了屈原、杜甫以来的爱国主义传统，他主张诗文应该“生于气节”，以是否有利于国家和民族为衡量标准。傅山一生著述颇丰，可惜所著宏论，大都散失，只存书名和篇名，留存于世的仅《霜红龛集》和《两汉人名韵》两部。
在诗、文、书、画诸方面，傅山皆善学妙用，造诣颇深。其知识领域之广、成就之大，在清初诸儒中，无出其右者。傅山的书法被时人尊为“清初第一写家”。他书出颜真卿，并总结出“宁拙毋巧，宁丑毋媚，宁支离毋轻滑，于直率毋安排”的经验。他的画也达到了很高的艺术境界，所画山水、梅、兰、竹等，均精妙，被列人逸品之列。《画征录》就说：“傅青主画山水，皴擦不多，丘壑磊珂，以骨胜，墨竹也有气。”他的字画均渗透自己品格孤高和崇高的气节，流溢着爱国主义的气息，在中国古典书画艺术中，博得后人的高度赞赏。
傅山在医学上，也有着巨大的成就。他内科、妇科、儿科、外科，科科均有很高的技术，而尤以妇科为最。其医著《傅氏女科》、《青囊秘诀》，至今流传于世，造福于人。傅山极重医德，对待病人不讲贫富，一视同仁，在相同情况下，则优先贫人。对于那些前来求医的阔佬或名声不好的官吏，则婉词谢绝。对此他解释为：““好人害好病，自有好医与好药，高爽者不能治；胡人害胡病，自有胡医与胡药，正经者不能治。”
傅山作为封建社会中的知识分子，一生中处处表现了坚韧不拔的战斗精神。他那种“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”的品格和气节，毫不愧对“志士仁人”的评价。然而，由于时代的局限和正统思想的作梗，他的爱国主义思想夹杂着浓厚的封建正统思想；他的民族主义思想无不打着大汉族主