六部
清朝设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任，顺治元年（公元1644年）规定尚书及侍郎满、汉各一。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分“九品十八级”，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
南书房
康熙十六年（公元1677年）康熙皇帝设立南书房，起初是康熙帝为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画而设。因在乾清宫西南角特辟房舍故名南书房。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。
军机处
雍正七年（公元1729年），清军在西北与准噶尔蒙古激战，为及时处理军报雍正皇帝始设军机房，雍正十年改称军机处。乾隆皇帝即位后服孝，安排数位“总理事务王大臣”进入军机处，故改名总理事务处。乾隆二年（公元1737年）乾隆服满亲政，总理事务王大臣等自请罢职，恢复军机处名称，自此遂成定制，军机处成为直接对皇帝负责的核心权力机构，满洲议政王大臣会议的地位更被削弱至几乎可忽略不计，政治权力全部掌握在皇帝手中，成为清代中央集权制度的顶峰。直至宣统三年（公元1911年）四月初十清廷宣布成立“责任内阁”，军机处废止。
汉军绿营
清前期清军主要分为八旗和绿营二种。八旗又分为满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗。旗设都统（固山额真），由中央八朴诩统衙门掌握，地方督抚无权征调。绿营兵，主要是清军入关后收编的明朝降军和各省改编的队伍，用绿色军旗，故称绿旗兵或绿营兵。兵种有马兵、步兵和水师。在各省者，由总督、巡抚、提督、总兵等所统辖。清朝中叶以后，又有汉族地主自募自练的团练乡勇。后因太平天国运动兴起，由于八旗长期由政府供养，游手好闲，不习武事，逐渐丧失了战斗力，在镇压太平军时屡败，于是南北各地地主团练武装迅速发展，曾国藩的湘军便应运而生了。还有象李鸿章组织的淮军，左宗棠组织的楚军等，这些地主团练武装后改编为练军与防军。光绪中叶后，因甲午战争惨败，防﹑练军均又改为次要的巡防队，由袁世凯编练新军，作为主要国防力量。
民族政策
蒙古政策
清政府对内蒙古地区实行特殊管理。一方面以联姻来笼络蒙古各部首领，以宗室女外嫁各部首领及其子侄。另一方面在政治上实行分而治之的“扎萨克制”，亦即盟旗制度。
按照这种制度，原蒙古各部称为盟，是内蒙古地区最基本的行政单位，旗设旗长，即“札萨克”，为世袭之职位。旗下设佐、什，受旗长管制。若干相邻的旗为一盟，盟有盟长，由中央直接任命，多选旗长中势力大、威望高、与中央关系亲密者任之。盟为监察区，不属行政单位。当时主要有哲里木、昭乌达、锡林郭勒等盟。各盟旗直接对中央负责，受中央理藩院的管理。另外，在内蒙古地区设热河都统、察哈尔都统和绥远副将军，率军驻防要地，以加强军事控制。但各都统、将军不干涉行政事务。
清王朝统一了蒙古各部后，对蒙古的统治策略是，既要使其不再成为朔方边患的势力，又要笼络其奴隶主们统治蒙古族人民，使蒙古成为清政府统治全国的一支重要军事力量和清帝国北部疆域不设防的屏障。包括在蒙古大力扶植推广喇嘛教，有效的收服了人心，维护了蒙古地区安定局面。
西藏政策
清朝对西藏管辖的三大有力举措是册封制度、驻藏大臣和金瓶掣签制度。
册封制度
清朝初年，五世**来京朝贺，顺治帝隆重接待并正式赐予他“**喇嘛”的封号；后来，康熙帝又册封五世**为“**额尔德尼”的封号，并赐以册印；从此，“**喇嘛”和“**额尔德尼”的称号正式固定下来，以后历世**和**都必须经过中央政府册封成为定制。
设驻藏大臣
1727年，清政府在西藏设驻藏大臣，办理西藏事务；驻藏大臣代表中央政府，与**和**共同管理西藏；驻藏大臣的设置，标志着中央政府对西藏管辖的加强。
金瓶掣签制度
加强了清朝中央政府对**、**转世的监督和任授权力。此乃清王朝改革西藏行政管理体制，确立系统治藏法规中的一项重要内容。这一制度一直延续至今。
乾隆年间。清政府陆续颁布《西藏善后章程》和《藏内善后章程二十九条》，确定了驻藏大臣与**喇嘛共同处理政务的平等地位，巩固了中央政府对西藏的统治。
清政府振兴西藏经济的措施