力一天不如一天。顺治初年，钱粮上缴和存留各半，考核官吏的条件也比较宽。后来因为急需军饷，上缴的数额多了。又制定以十分考核的办法，一分不完，就难免被户部议罪。官吏为了顾惜功名，必然有很多不循礼法之举。每当参奏、惩罚的时间临近，就将拖欠当作完成，每当赔补拖欠困难的时候，又将完成说成拖欠。百姓的膏脂已枯竭，各级官府的能力难以发挥，欠交赋税拖得时间一长，只好等待皇上施恩免征。然而，与其在穷追之后进行赦免，不如在没有加征之前酌量减少征收。恳请将苏州、松江钱粮照征收规程减少一二成，定出适中的可以完成的实际数字，再将征收项目稍加归并，使它简易明了，便于查核。”又请求免征苏州、松江等七府、州康熙十三年至十七年没完成征收的银米，淮安、扬州二府康熙十八、十九两年因灾荒而造成的欠额，以及邳州已荒废的土地。宿迁的九厘地亩款项和流失的额征了粮。皇上都下到户部讨论准行。所谓九厘地亩款项，即明朝万历以后暂时加征的三种饷额。宿迁派银四千三百两有余，到这时才得以免征。
淮安、扬州、徐州三府再次遭水灾，汤斌逐条列举免征及救灾事宜，请求动用国库银五万两，到湖广去购米。不等圣旨颁下，便行文漕运总督徐旭龄、河道总督靳辅，请他们帮助救济淮安，汤斌自己又奔赴清河、桃源、宿迁、邳州、丰县各州县视察救灾的情况。他的上疏到朝廷之后，皇上命令侍郎素赫协助他办理。汤斌先后弹劾知府赵禄星、张万寿，知县陈协、蔡司沾、卢纟延、葛之英、刘涛、刘茂位等。常州知府祖进朝因失察局员而降调，汤斌知道他很廉洁，奏请将他留任。又上疏推荐吴县知县刘滋、吴江知县郭(王秀)在廉洁及才能方面最为著名，尽管征收钱粮，没能按十分全部完成，请准予调京任职。此疏下到吏部讨论后被驳回，皇上特下谕旨，允许照此办理。
汤斌命令各州县建立社学，讲《孝经》、《小学》，修太伯祠及宋代范仲淹、明代周顺昌祠，禁止妇女到寺观游荡，官府小吏、卖唱跳舞者不得穿皮衣及丝织品，焚毁淫词小说，革除火葬。苏州城西上方山有座五通神祠，已有数百年历史，远近的人都争相前往。谚语称那座山为“肉山”，山下的石湖为“酒海”。年轻的女子有病，巫医便说这是五通神要娶她为妇，往往使女子病死。汤斌收缴五通神的偶像，凡是木头做的便烧掉，上做的便沉到湖里，并要求各州县凡有类似的祠堂全部毁掉，撤下原来的材料修学宫。于是，教化普遍推行，百姓都心说诚服。
当时，明珠正在掌权，余国柱跟随他。布政使龚其旋因贪赃罪，被御史陆陇其弹劾，由于余国柱贿赂明珠得以解脱。余国柱也想在汤斌这里为他说情，因汤斌严厉正直，没能进行。当朝廷免征江南赋税时，余国柱让人告诉汤斌，说这都是由于明珠的功劳，江南人对他应有所报答，以此索取贿赂，汤斌不予理睬。到考核天下官员时，外省官吏载金到明珠门下的络绎不绝，而唯独没有场斌属下的官吏。
二十五年，皇上为太子选择辅导大臣，朝臣中有推荐汤斌的。皇帝下诏说：“自古帝王教育太子，一定要挑选谨严、恭敬的大臣，统领僚属，以专门辅佐协助太子。汤斌在任翰林院讲官时，一向是行为谨慎，这是我深知的。选任巡抚以后，廉洁对已以率领属下，并实心办事，的确应该提拔，用来感化在位者。”于是授汤斌为礼部尚书，管詹事府事。汤斌要赴京时，苏州百姓哭泣挽留未成，停市三天，满街巷烧香为他送行。原先，靳辅与按察使于成龙争论黄河下游治理事，长时间没有解决。朝臣为迎合明珠的想法，大都推崇靳辅。皇上曾令尚书萨穆哈、穆成额会同汤斌一起调查拿出意见，汤斌主张疏通下游，与于成龙所言相同。萨穆哈等回到京城，没有将汤斌的意见报告皇上。汤斌到京城后，皇上问汤斌，汤斌将实情告诉了皇上，萨穆哈等被罢官离任。
二十六年五月，无雨，钦天监灵台郎董汉臣上疏指责这是由于时事所造成的，语言触及当权者。此疏下到延臣议论，明珠很恐慌，要自承罪责，只有大学士王熙一人表示：“市井小人胡言乱语，应立即斩首，事情可以完结。”汤斌后来也到了朝廷，余国柱将这一情况告诉了他，汤斌说：“董汉臣根据诏旨议论朝政，没有处死的理由。大臣们不讲而小臣敢讲，我们应该自省。”皇上终于免去董汉臣的罪；明珠、余国柱对汤斌更加怨恨，摘录他的一些言论上报，并找出汤斌在苏州发布文告中的话“爱民有心，救民无术”，作为对朝廷的诽谤。皇上传旨责问，汤斌自己表示“天资愚昧，过错很多”，请求严加处分。左都御史囗丹、王鸿绪等接连上疏弹劾汤斌。汤斌先前推荐候补道耿介为少詹事，一同辅导太子，恰逢耿介以年老多病请求辞官，詹事尹泰等弹劾耿介是有目的的请求辞官，并且提到汤斌胡乱推荐，建议革去汤斌的官职，只有皇上让汤斌留任。余国柱传言说，皇上要将汤斌降隶八旗户籍，正好汤斌带病入朝，精神不振，于是传言越传越广，听到的人都哭泣落泪，江甫人住在京师的，要击登闻鼓为汤斌诉冤，后来知道没有那么回事，才散去。
九月，改任工部尚书，不久，病发，皇上派太医会诊治。十