长生，而陛下如何能够单独求到。至于仙桃、天药，怪异虚妄最成问题。从前宋真宗得天书于乾祐山，孙爽说：“天如何能说话呢？岂能有书。”桃子一定是采摘后才能得到，药一定是炮制以后才能成。现在无故获得这二个东西，是有脚而能走吗？说“天赐给的”，是上天用手拿着而交给您的吗？这是左右奸邪的人，制造荒唐离奇的事用来欺骗陛下，而陛下去误估了他，以为确实这样，太过分了。
陛下又要说标明刑罚奖赏用来督责臣下，则分别职掌治理有人，天下没有不可治，而学道修行为无害己吗？大甲说：“有人以言语违背了你的心，一定要用意义求其意。有人以言语顺从了你的心，一定要非道来考察。”用人而一定要他一句话也不违背，这是陛下谋划的错误。既面观察严嵩，他主持政务时，有一点不顺从陛下的吗？过去为同心的人，现在成为戮首了。梁材遵守正道坚守职责，陛下认为是叛逆的人，历任都成就好声望，现在在户部做官的人还在称赞他。然而诸臣宁可学习严嵩的顺从，不敢仿效梁材的抗争，难道真没有窥测陛下的细微好恶、而暗暗作为趋吉避凶的人吗？就是陛下又从这些人当中得什么好处呢？
陛下的确知道斋蘸没有好处，一旦翻然改悔，每天！临朝听政，和宰相、侍从、言官等人，讲论天下利害，雪洗数十年以来的积误，置身在唐尧、虞舜、大禹、商汤、周文王、周武王圣贤君主的行列，使诸臣也得以自己洗净数十年阿庚奉承君主的耻辱，置身于皋陶、夔龙、伊尹、傅说贤明辅臣的行列中，天下有什么忧虑不能治，万事有什么忧虑不能理。这只是在陛下一振作之间而已。放下这些不作，而急迫于轻身能飞脱离世间，枉费精神，用来追求击风捕影、茫然不可知的领域，臣见劳苦一辈子，而最终将一无所成。现在大臣为保持禄位而喜欢阿谀奉承，小臣害怕治罪而不敢说话，臣制止不住自己的愤恨。因此冒着死的危险，愿意竭尽诚挚之情，希望陛下听取。
嘉靖皇帝读了海瑞上疏，十分愤怒，把上疏扔在地上，对左右说：“快把他逮起来，不要让他跑掉。”宦官黄锦在旁边说：“这个人向来有傻名。听说他上疏时，自己知道冒犯该死，买了一个棺材，和妻子诀别，在朝廷听候治罪，奴仆们也四处奔散没有留下来的，是不会逃跑的。”皇帝听了默默无言。过了一会又读海瑞上疏，一天里反复读了多次，为上疏感到叹息，只得把上疏留在宫中数月。曾说：“这个人可和比干相比，但朕不是商纣王。”正遇上皇帝有病，心情闷郁不高兴，召来阁臣徐阶议论禅让帝位给皇太子的事，便说：“海瑞所说的都对。朕现在病了很长时间，怎能临朝听政。”又说：“朕确实不自谨，导致现在身体多病。如果朕能够在便殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”遂逮捕海瑞关进诏狱，追究主使的人。不久移交给刑部，判处死刑。狱词送上后，仍然留在宫中不发布。户部有个司务叫何以尚的，揣摩皇帝没有杀死海瑞的心意，上疏陈请将海瑞释放。皇帝大怒，命锦衣卫杖责一百，关进诏狱，昼夜用刑审问。过了两个月，嘉靖皇帝死，明穆宗继位，海瑞和何以尚都被释放出狱。
嘉靖皇帝刚死，外面一般都不知道。提牢主事听说了这个情况，认为海瑞不仅会释放而且会被任用，就办了酒菜来款待海瑞。海瑞自己怀疑应当是被押赴西市斩首，恣情吃喝，不管别的。主事因此附在他耳边悄悄说：“皇帝已经死了，先生现在即将出狱受重用了。”海瑞说：“确实吗？”随即悲痛大哭，把刚才吃的东西全部吐了出来，晕倒在地，一夜哭声不断。被释放出狱，官复原职，不久改任兵部。提拔为尚宝丞，调任大理。
隆庆元年，徐阶被御史齐康所弹劾，海瑞上言说：“徐阶侍奉先帝，不能挽救于神仙土木工程的失误，惧怕皇威保持禄位，实在也是有这样的事。然而自从主持国政以来，忧劳国事，气量宽宠能容人，有很多值得称赞的地方。齐康如此心甘情愿地充当飞鹰走狗，捕捉吞噬善类，其罪恶又超过了高拱。”人们赞成他的话。
经历南京，北京左、右通政。隆庆三年夏天，以右金都御史身份巡抚应天十府。属吏害怕他的威严，贪官污吏很多自动免去。有显赫的权贵把门漆成红色的，听说海瑞来了，改漆成黑色的。宦官在江南监织造，因海瑞来减少了舆从。海瑞一心一意兴利除害，请求整修吴淞江、白茆河，通流入海，百姓得到了兴修水利的好处。海瑞早就憎恨大户兼并土地，全力摧毁豪强势力，安抚穷困百姓。贫苦百姓的土地有被富豪兼并的，大多夺回来交还原主。徐阶罢相后在家中居住，海瑞追究徐家也不给予优待。推行政令气势猛烈，所属官吏恐惧奉行不敢有误，豪强甚至有的跑到其他地方去躲避的。而有些奸民多乘机揭发告状，世家大姓不时有被诬陷受冤枉的人。又裁减邮传冗费，土大夫路过海瑞的辖区大都得不到很好地张罗供应，因此怨言越来越多。都给事中舒化说海瑞迂腐滞缓不通晓施政的要领，应当用南京清闲的职务安置他，皇帝还是用嘉奖的语言下诏书鼓励海瑞。不久给事中戴凤翔弹劾海瑞庇护奸民，鱼肉士大夫，沽名乱政，遂被改任南京粮储。海瑞巡抚吴地才半年。平民百姓听说海瑞解职而去，呼