弊病，就上奏说大都路总管以下的官员大多不称职，请求派人代替他们。不久又上奏说阿合马、张惠，仗着宰相的权势会经商，以此一网打尽了天下的最大利益，严重的毒害百姓，使他们走投无路而没有地方可以申诉。阿合马说：“是谁编出了这些话，臣下等要和他在朝廷上辩论。”安童进奏说：“尚书省的左司都事周祥，中木谋取暴利，罪状十分清楚。”世祖说：“像这样的人，征收完毕以后应当公开罢免他。”后来枢密院上奏请求让忽辛同企枢密院事，世祖不答应，说：“他是个胡商，一般的事情还不懂得，又哪能让他承担机要事务的责任呢？”
至元十二年，伯颜领兵攻打宋朝，渡江以后，捷报一天天传来。世祖命令阿合马和姚枢、徒单公履、张文谦、陈汉归、杨诚等人，商讨在江南推行盐法、钞法和贸易药材的事情。阿合马上奏说：“姚枢说：‘江南地区的交会如果不能通行，一定会使普通百姓失去安身之地。’徒单公履说：‘伯颜已经张帖告示明白说明不兑换交会，现在急急忙忙推行，就是在百姓中失去信用。’张文谦说：‘是不是可行，应当向伯颜询问。’陈汉归和杨诚都说：‘把中统钞交换江南的交会，有什么困难的？’”世祖说：“姚枢和徒单公履，不懂得掌握时机。朕曾经把这件事问过陈岩，陈岩也以为宋朝的交会应当尽快更换。现在商讨已经决定，就按你的话办。”阿合马又上奏说：“北方的盐和药材，姚枢和徒单公履都说可以让百姓自由贩卖。臣等认为，这件事如果让普通百姓去干，恐怕会造成混乱不统一。准备在南京、卫辉等路统一征购药材，从蔡州运盐二十万斤，禁止各种人员私下互相贸易。”世祖说：“好！就这么办。”
至元十二年，阿合马又说：“近来由于征集财物以代价军用，减免在编百姓的征税，又裁撤转运司官，让各路总管兼管按额征税，以至于国家的用度不足。臣下以为不如查验户口数字的多少，远处的归到近处，设立都转运使，估计情况增加过去的税额，选择清廉有能力的官员分别办理这件事。应该由公家和私人冶炼铸造铁器，而由官方设局专卖；仍然禁止各种人员不得私造铜器。如果这样，就能使百姓的财力不会穷尽，而国家的用度也能充足了。”于是就上奏设立各路转运使，任命亦必烈金、札马刺了、张、富珪、蔡德润、纥石烈亨、阿里和者、完颜迪、姜毅、阿老瓦丁、倒刺沙等人为转运使。有一个叫亦都马丁的人，由于亏欠公家的银钱得罪罢官，死了以后，亏欠的还有很多没有还清。中书省上奏商讨处理办法，世祖说：“这是有关钱财粮食的事，去和阿合马商讨。”
十五年正月，世祖因为西京发生饥荒，发出粮食一万石加以赈济，又告诉阿合马应当广为贮藏积蓄，以准备缺乏。阿合马上奏说：“从今以后，御史台如果没有禀告尚书省，不能随便召见管理仓库的官吏，也不能随便查究银钱谷物的数字。以及集议中书不到的，就要判罪。”他阻挠压抑监察部门就是这样。四月，中书左丞崔斌上奏说：“起先由于江南官员人数过多，担任的人也多不能称职，就命令阿里等人区别淘汰他们。现在已经明显地有了证据，却蒙蔽不向朝廷上奏，这是欺君罔上。杭州地方广大，所负的责任不轻，阿合马为私自的感情所迷惑，竟把他没有出息的儿子抹速忽充当达鲁花赤，掌握虎符，这难道是衡量才干而授以责任之道？”又说：“阿合马起先自己表示请求免去他子弟的官职，可现在身为平章政事，而他的儿子以至侄子有的担任行省参政，有的担任礼部尚书，将作院达鲁花赤，领会同馆，一门之中都处在重要地位上，自己违背过去说的话，于公道有亏。”世祖下旨全都加以罢免，但始终不把这当成阿合马的罪过。世祖曾经对淮西节度使昂吉儿说：“做宰相的人，要明白天道，察知地理，竭尽人事，兼有这三方面的人，这才是称职。阿里海牙、麦术丁等人也不能担任宰相；回回人中间，阿合马的才能足以胜任宰相。”他为皇帝所称道就是这样。
至元十六年四月，中书省上奏请求设立江西榷茶运司以及各路的转运盐运使、宣课提举司。没有多久，任命忽辛为中书右丞。第二年，中书省上奏说：“阿塔海、阿里说，现在设立宣课提举司，官吏数字达到五百人，左丞陈岩、范文虎等说他们搅扰百姓而且侵吞偷盗官府钱财。请求加以罢免。”阿合马上奏说：“过去有圣旨把江南粮食数字登记造册，屡屡发文索取，但不把实情报告上来，臣下于是就同枢密院、御史台和朝廷大臣各位元老一起商讨，认为设立运司，官员多而俸禄重，应当在各路设立提举司，都省、行省各委派一个人担任这一事务。现在行省还没有委派人，就请求裁撤，又把过错归于臣下等人。然而臣下所委派的人，有的到任才两个月，如果计算他们侵吞了共有一千一百锭，以他们管理的四年时间比较起来，又应该是多少呢？现在设立提举司，不到三月又加以裁撤，难道不是害怕他们非法的弊病败露，所以抢先自己奏请以消灭痕迹吗？应当下令让御史合派遣能干的人一起去，凡是有违法的行为，一条条据实奏报。”世祖说：“阿合马所说是对的，命令御史台选择人员前去查办。如果自己能够证明自己是清白的，这样才能责备别人。