有地势回互索绕如同襟带相连那样的牢固，而且径州是孤散之地，不值得去守。元载曾担任过西州刺史，知道河西、陇右的要害，在代宗面前谋划说：“现在国家边境的西边在潘源，吐蕃的防守在摧沙堡，而原州介乎其间。原州地当西部要塞的入口，连接着险要坚固的陇山，草肥水美，旧时的堡垒仍然存在。吐蕃最近毁坏了那些垣墙，舍弃旧垒不居住。原州西边是过去设置监牧的旧地，都挖有长长的壕沟、宽宽的护城河，层层重复既深且因。原州虽然下霜早，不能种黍稷，但平凉县在它的东面，只要在这一个县耕种，就可以足食了。请将京西军队移到原州屯戍，乘间隙筑城堡，贮存一年的粟。吐蕃夏天多在青海放牧，征调军队的文书即使急速传递，来回已超过一个月。现在运粮与筑城同时进行，用不了二十天就可完毕。调移郭子仪的大军驻径州，作为根本大计，再分兵把守石门、木峡、陇山三关、北到黄河，全是群山峻岭相连，敌寇不可逾越。又设置鸣沙县丰安军作为辅佐，北边与灵武五城连带形成阵势，然后收复陇右直至安西的失地，这就是所谓切断吐蕃的小腿，朝廷可以高枕无忧了。”并且同时献上地形图。元载秘密派人越过陇山进入原州，测量井泉水源、计算用工多少。车辆、畚箕、锹锸都已备好。检校左仆射田神功阻止说：“这兴师打仗揣度敌情的事，老将都觉得困难。陛下相信一个书生的话，让全国上下都按照去做，恐怕是错了。”代宗听后迟疑不决，适逢元载有罪被诛，此事才停罢。
当初大历六年，元载列条上奏：应该用别敕授官的文武六品以下官，敕书颁下以后，希望命令吏部、兵部随即分甲造好名册奏上，不得进行检查勘合。代宗同意了。一这是因为当时奏上的选人功状，拟写官衔多有错误，元载想将任官大权归于自己，担心有关部门批驳修正的缘故。适逢有上封章言事者李少良秘密将元载的丑恶行迹奏上朝廷，元载知道后，面奏代宗，将李少良等数人全都在朝廷打死。于是道路行人以目示意，无人敢议论元载的劣迹。元载家门之内，不是他的党羽概不结交。平素交友，凡涉及到有道义的人都疏远或抛弃。
代宗宽恕仁慈，明察元载的所作所为，已经数年，但元载恶行长远不加悔改，致使众人的愤怒日有所闻。大历十二年三月庚辰（28日），朝仗退下后，代宗坐延英殿，命左金吾大将军吴凑在政事堂收押元载、王缙，各自囚禁在本地，同时收押了中书主书卓英倩、李待荣，以及元载的儿子元仲武、元季能，命吏部尚书刘晏来审讯。刘晏因为元载受任后树立的党羽遍布天下，因此不敢专断，请与其他官员一起审讯。于是敕书命令御史大夫李涵、右散骑常侍萧听、兵部侍郎袁惨、礼部侍郎常衮、谏议大夫杜亚共同推究元载罪状。辨明罪行追问事端的条目都出自宫内，于是派遣中使宦官查问阴私，元载、王缙都伏罪。当天，宦官左卫将军、知内侍省事董秀因与元载同罪，先于元载在宫中被杖杀。敕书说：“任用正直，除却邪佞，明明白白地记录在帝王的法令中；奖励善德，惩办罪恶，是现时政治的急务。宰相的职位，得人不易。中书侍郎、同中书门下平幸事元载，性情颇为奸恶邪僻、行迹十分不正直。恩宠超越本分，早登执政职位。所谓辅佐之功，却未能治好国家；而怀有奸邪之志，常常欺诳君上。阴谋结托妖人巫师，夜间妄行解卦祷告，用以图谋非分之望，希翼逃避法典宪章。收纳赃物、买卖官品。凶狠的妻子残忍害人、暴虐的儿子扰民牟利，他从不劝阻，任其放纵欺凌。行为邪僻文辞矫饰，心地狠毒貌似恭敬，使受压抑有沉冤之辈，无路伸诉。赏罚失误，无不由此。最近因为君臣之间，不轻易废人不用，因此希望他悔过向善，掩盖他的罪过没有公布。谁知他并不悔改，更加凶狠暴戾，岁月已久，恶贯满盈。现在要在朝廷中肃清政治，使法令严明，应该赐元载自尽。我学习道义还很显浅、知人用人十分不明，政绩不显、失误甚多，以致用此刑罚，心中深感惭愧。勉力实行，务必申明劝阻。凡中外官民，望体谅我的心情。”
又颁下制书说：“门下侍郎、同中书门下平章事王缙，附会奸邪，阿谀佞人。根据他的罪状，罪行难容，但怜悯他将老，不忍加刑。用那种让法律委屈的恩泽，换给他地方长官的职位。可以让王缙任持节括州诸军事、守括州刺史，应该立即赴任。呜呼！我在位饬身克己，对臣下推诚相待，广求贤哲，助我治理。任人有误，错在我身，不要荒废你们的官职，各自慎行自己的职务。”当初，刘晏等人秉承圣旨，王缙也应处以极刑。刘晏对李涵说：“重刑要再三覆核上奏，是国家常行的法典，何况诛杀大臣，怎能不反复申奏呢？另外法律规定犯罪有首犯有从犯，二人被判同样刑罚，也应重新听取圣上的旨意。”李涵等人全都听从刘晏的意见。等到刘晏等人再次上奏，代宗使减轻王缙的罪过，从轻处罚。
元载的长子元伯和，先前就被贬在杨州任扬州兵曹参军。等到元载有罪，命令中使乘驿马驰赴扬州赐元伯和死、次子元仲武，是祠部员外郎，三子元季能，是秘书省校书郎，二人与元载妻子王氏一起被赐死。元载女儿资敬寺尼姑真一，被收入宫中嫔妃所居掖庭。王氏，是开元年间河西节度