7个月的总统任期中，曾与法里亚斯通话479次。两个人最后一次通话是在1992年9月29日众议院通过弹劾案以后。科洛尔的谎言再一次被揭穿。科洛尔和法里亚斯的丑行不仅为世人所不齿，就连他们的亲兄弟也不愿再为他们隐瞒。科洛尔的弟弟佩德罗愤然说：“说他（科洛尔）不知道法里亚斯的事，纯粹是谎言。就这件事，我提醒过他不止一次，而是上干次！”法里亚斯的弟弟、众议员奥古斯托·法里亚斯则公开披露说，科洛尔完全知道自己的那些钱是非法所得。
11月12日，巴西总检察长在最高法院对科洛尔提出刑事诉讼，指控科洛尔犯有与滥用其影响的犯罪团伙勾结、腐败、非法致富等20余条罪行。事情到了如此地步，不见棺材不掉泪的科洛尔仍“绝不辞职”，他宣称，对于他来说，“辞职”是一个不存在的词，因为它等同于“投降”，而科洛尔是不会“投降”的。这样，科洛尔被弹劾的命运在劫难逃了。
1992年12月29日上午，参议院开始对科洛尔一案进行最后裁决。开庭半小时后，大梦初醒的科洛尔终于认清了形势。他为了逃脱审判，急忙打电话给辩护律师，抢先宣布他辞去共和国总统的职务。但参议院并没有中止弹劾程序，放科洛尔一马。经过长达20小时的会议，参议院以26票赞成、3票反对通过了最后的裁决：费尔南多·科洛尔因玩忽职守、贪污受贿，剥夺其在2000年前担任公职的权利。
1993年1月，巴西联邦最高法院院长正式通知科洛尔，他将受到法庭的审判。
1994年12月7日。拖了将近两年的科洛尔受贿案在首都巴西利亚联邦最高法院开庭审判。此案的审理引起了世界的关注。
但在12月7日的审理中，作为被告的科洛尔并未露面，仅由其辩护律师进行了辩护。科洛尔被指控在任总统期间接受来路不明的现金数额高达470万美元。12月7日的审理无果而终。12月8日，经过数小时的舌战，大法官作出裁决，认定原告一方所提供的有关法里亚斯罪证的电话录音和电脑硬盘，是通过非法手段获得的，侵犯了公民（法里亚斯）的基本权利，因而不能作为判决的依据。这实际上已表明科洛尔很有可能被判无罪。果然，在1994年12月12日，8名大法官以5比3的比例判定科洛尔无罪。同案被起诉的法里亚斯，也被宣判无罪，侥幸逃脱了牢狱之灾。但对于科洛尔来说，参议院原来作出的剥夺其8年担任公职权利的决定依然有效。