期不让士兵知道特别行动队屠杀波兰贵族、教士和知识分子的行为。后来，渴求功名的党卫队领袖们陷入了左右为难的尴尬处境：要么他们只好泄露这位独裁者的诡秘企图，要么他们就得忍气吞声，被士兵们看成是一群无纪律的杀人匪帮。
如此几个月以后，希姆莱和海德里希变得郁郁不乐，因为他们被领袖弄得如此狼狈不堪。希姆莱以其不可谓不聪明的手法企图把罪责推诿给这位独裁者，他几乎是苦苦哀求地向将军们发誓说：“我不会做任何领袖所不知道的事情。”而海德里希后来在一份存档的笔记中透露，在波兰占领区发生的同陆军的冲突，是因为“警方采取行动所依据的命令特别偏激（例如命令大量消灭数以千计的波兰领导人）”，而领袖命令“不能告知陆军将领，当然也包括他们的参谋部人员，以致表面上看来这一切似乎是警察和党卫队擅目采取的独断独行的残暴行动”。
军人们很快就看出了派遣特别行动队去波兰的真相。９月８日，谍报局卡纳里斯海军上将即报告陆军总司令部第一处处长冯·施图尔纳倍尔将军说，党卫队领袖们以每天枪毙两百名波兰人而炫耀自己；处决大多未经司法程序，受害者主要为犹太人、贵族和教士。三天后，卡纳里斯登上伊尔瑙的领袖专列，向最高统帅部长官凯特尔汇报。卡纳里斯警告说：“对这样的做法，终有一天，世界舆论也会向武装部队追究发生在它眼皮底下的这些事情的责任的。”凯特尔大将看来没有怎么听进去。他用希特勒的强盗逻辑作为搪塞：既然武装部队不愿于“这些事情”，那它就不要干涉保安警察和党卫队去担负消灭工作。
尽管卡纳里斯及其代表们在继续收集特别行动队所作所为的材料科，这台碾轧不幸的波兰人的恐饰压路机，还照样在军人们的眼前隆隆滚动。它压出的可怕轮辙，使人想起纳粹在德国上台后举国恐怖的日日夜夜。特遣队的猎手们四处活动，掳人杀人，实现希特勒所讲的话：“凡是经我们现已确定属于波兰领袖阶层的人，必须予以消灭。以后再发现的话，由我们注意看管，过一定时间后再加以清除。”
海德里希的追捕者按淮备好的名单，把波兰教师、医生、公务人员、教士、地主和商人驱赶在一起，被捕者被送进接收营。事实证明，这些接收营中有不少是灭绝工厂。布龙贝格附近米尔塔尔的托尔恩油脂厂、施图特霍夫的京尔道接收营、波森省第七要塞都已成为数以千计的波兰人的恐怖和死亡信号。“消灭过激分子是既定计划，”布龙贝格特遣队队长、党卫队二级突击队大队长勒德尔博士声称道。任何一个波兰民族主义者都属于“过激分子”，连波兰沙文主义者团体“西部边境地区协会”——他们提出要吞并大片德国领土，因而有助于希特勒推行波兰政策——会员的身份也足够刽子手们有理由把他们判处死刑，公诸于众。
一次又一次的打击使波兰民族精华受到沉重损失。库尔姆一佩普林主教区的六百九十名教士中，被捕者达三分之二，二百一十四名被处死，其中包括佩普林大教堂的几乎所有教士会成员。勒德尔向柏林报告说：“一大批天主教教士，由于持有众所周知的波兰激进立场而被消灭”。一位历史学家统计，在德国人统治的最初几个月中，杀害的人数为几万人。海德里希在１９３９年９月２７日宣称：“被占领地区内留下来的波兰领导人物至多还有百分之三。”
除了冷酷无情的特别行动队的灭绝部队外，还有另一种党卫队的力量在活动。它不是根据领袖密令行动，而是受仇恨和复仇欲所驱使。特别是在但泽和西普鲁士，成千上万狂热的德意志族人跳了出来，他们没有忘记他们一度也曾是波兰沙文主义者任意措获的对象。
波兰行政机关和团体为希特勒回到德国来的宣传所刺激，也由于疯狂的间谍恐怖而感到惊慌失措，于是在战争爆发时对德意志族人展开了进攻。德意志族人眼见死路一条：在波兰的德意志人中间，一时拘捕令满天飞，分红色（逮捕入地方监狱）、玫瑰红色（逮捕入隔离营）和黄色（流放到中部和东部波兰）三种。手中捏着黑名单的民族主义团体，对“德国人”、“希特勒分子”和施瓦本人采取了特别行动。
五万名德意志族人被从他们所在的西部波兰驱鼓到了东部，数以干计的人身陷图围。波兰行动队洗劫德意志人的住宅和农舍，杀害他们的家小，数以千计的德意志又丧命。还有数以千计的德意志人被拉去游乡，让人群诅咒、吐口水，经不住百般折磨而惨死。第三帝国当局后来宣称，截至１９４０年２月１日止，共发现一万三千具被害的德意志族人尸体。这个数字看来过于夸大，最接近实际的数字是，被害的德意志族人为四千至五千名，另外约有两千名死于战争。
不过，波兰人杀人跟德国人的暴行有根本不同的地方：他们没有统一的计划，国家不是这些杀人凶手的主使者。一些波兰人在被煽动起来的群众的盛怒面前，将德意志族人藏匿起来，不少波兰军官保护受到迫害的德意志人。但尽管如此，德意志族人还是对迫害他们的人进行武装报复。战争刚打到一个地方，波兰的德意志人就联合起来，成立自卫团