在消灭波兰上层时是“不讲阶级”的。他们把教师、医生、公务员、教士、地主和商人统统抓起来，关进接收营，然后把这些人一个一个地处死。希特勒的目的再明了不过，消灭波兰任何的政治、军事、经济、文化、宗教的头排人物，或可能成为这些领域里领导人的人。
一次接一次地大规模屠杀，使波兰民族精英受到沉重打击。在库尔姆一佩普林主教区的六百九十名教士中，被捕者达三分之二，二百一十四名被处死，其中包括佩普林大教堂的几乎所有教士会成员。海德里希在１９３９年９月２７日曾自豪地宣称：“被占领区内留下来的波兰领导人物至多还有百分之三。”
希特勒对如此巨大的功绩很满意但不满足，他说道：
凡是经我们现已确定属于波兰领袖阶层的人，必须予以消灭。以后再发现的话，由我们注意看管，过一定时间后再加以清除。
他还不能高枕无忧，因为还有那个被他看来非常庞大的百分之三。
武装部队尽量把自己打扮成正义之师。占领区实行军事管制后，东线总司令格德·冯·伦斯德大将指示军人们负责社会治安，并向波兰居民发布了安民告示，宣言“武装部队不以居民为敌人，一切国际法条款均得到尊重。”党卫队的野蛮暴行，撕碎了这个诺言。陆军成了出尔反尔、言而无信的骗子。军人们恼怒之余开始猛烈攻击党卫队的暴行。
９月２０日，第十四军团情报处报告，部队情绪严重不安。
这是由于沃伊尔施地区的特别行动队在军区的部分违法行为（集体枪杀，尤其是集体枪杀犹大人）……而引起的。部队特别感到气愤的是，午轻人不上前线去作战，而是拿手无寸铁的人来证明他们的勇敢。
接着东总提出不能再容许沃伊尔施的特别行动队继续留在该地区。希姆莱为了暂时缓解与日益不满的陆军将士的矛盾，只好同意了这个要求。１０月１日，陆军总司令部通知驻波兰各军团司令部：
保安警察首脑１９３９年９月２１日给特别行动队的２８８／３９６号关于占领区内犹太人问题的命令。暂时仅限于采取措施做好准备。据悉，已由党卫队全国领袖向特别行动队发布一项相应的新命令。
希姆莱的命令还未发到特别提动队，或许他根本就不打算发布这样的命令，只是搪塞一下陆军而已，希特勒在１０月中旬便下令撤消了军事管制。
当东总冯·伦斯德大将得知老纳粹弗朗克出任政府总督时，立即提出辞呈，收拾铺盖撤走了。这时行政机构还未建立，希姆莱利用这个真空时机，派他的党卫队和警察乘虚而入。特别行动队摇身一变，成了地方常驻的区秘密警察局和区保安处。同时，在波兰被占领区还建立了同德国本土一样的风纪警察系统。
希姆莱在波兰建立起来的党卫队兼警察体系充当了重要的角色。他要求下属单独同波兰的残余抵抗部队和新建的游击队作战，而不同军队磋商。这种以老大自居的傲慢态度激怒了武装部队的将领。新上任的东总约翰内斯·勃拉斯科维兹大将掀起了武装部队讨伐党卫队的斗争。他命令整理有关党卫队独断专行、胡作非为的材料，直接寄给陆军总司令部。几天后，这份报告摆到了希特勒的办公桌上。报告中写道：
因法枪杀、逮捕和查抄引起巨大忧虑，担心部队目睹这些事情后难以保持纪律，就地同保安队和秘密譬察磋商毫无结果，因为他们有党卫队全国领袖撑腰；请求重整法纪，特别应规定必须经过依法判决才能执行处决。
希特勒对此报告不屑一顾，鄙夷地说：“幼稚的看法。”他说他对勃拉斯科维兹将军队来不信任，应赶快换掉他的职务。由此可见，希特勒完全支持希姆莱一伙的狂暴行为，把陆军的不同意见看作是不忠的表现。
东总勃拉斯科维兹没有理会领袖的震怒，他继续收集材料反对党卫队，各个部队送来了大量的事实材料。１９３９年１１月２３日，瓦尔特兰军区司令贝茨尔将军报告：
所述这些组织（党卫队和警察）儿乎在所有较大的村镇进行公开枪杀。杀害各种各样的人物，经常令人费解。而其做法也很不光彩，几乎总是一边杀人一抢劫。
１９４０年２月２日，南部边区总司令乌莱克斯将军写道：
最近一段时间内，警方人员的暴行层出不穷，反映出缺乏人性和道德感，实在令人费解，以致可以称之为与禽兽无异……摆脱这种不光彩、站污整个德国人民声誉的状况的唯一办法，我认为是……立即调走和解散警察部队，包括其全体高级领袖。
勃拉斯科维兹大将整理一份包括三十三起事件的材科，他在２月６日说：
部队对党卫队和警察的态度，时而厌恶，时而痛恨。每一个军人都对德国人和国家权力的代表者在波兰犯下的这些罪行感到可耻和恶心。
陆军高级将领反对党卫队和警察的暴虐行动，在血风血雨的波兰占领区形成了小气候。甚至连莱希瑙这样的以忠实于领袖著称的军人也加入到控诉党卫队一伙的行列中，在部队中产生了广泛的影响，以致