了不少人的注意，”鲍林在给施韦策的信中这样说。“我想，大概美国的每一家报纸对此都作了报道，而且几乎都持赞许的态度。”
说他受到人们的注意，没有错；但他对性质所作的估计，无根据。许多评论者认为，像鲍林那样，刚刚还在强烈抗议总统的政策，转眼之间又在与总统祝酒交杯，实在是令人不可思议的事情。有一位专栏作者将鲍林的行为称之为“疯子的行动”。
甚至鲍林在白宫外手持标语牌一事也招来了误解。遗传学家马勒曾经表明，Ｘ射线会诱发更多的遗传变异，他也因这一成果获得了谱贝尔奖。这一研究结果，为鲍林的论点提供了十分重要的论据，也即核试验产生的放射性具有有害的影响。马勒先前也是禁止核试的支持者，但在最近加入了贝思和另外许多人的行列，不无遗憾地认为有必要恢复核试验。5月和6月，马勒在好几家杂志上公开发表自己赞成试验的意见。他对读者说，放射性虽然是危险的，但要是美国不显示自己的强硬，那么与苏联开战的危险就要大得多。马勒自喻是一个温和派，他曾批评特勒低估了放射性尘埃的危害，另一方面他又批评鲍林主张美国单方面禁止核试验。“美国非常幸运，”他写道，“肯尼迪总统既不倾向于特勒，也不倒向鲍林的一边。”
鲍林被激怒了。他写信给马勒，指出他从未主张美国要采取单方面行动，他一直推动各方签订一项国际性条约。他要求对方致歉。马勒回答说，他是根据他看到的一张传真照片来断定鲍林的立场的，在这张照片上，鲍林手持的标语牌上称，只有西方领导人才无权进行核试验。两个人在私下里又交换了一系列信件，双方又都给发表马勒文章的那家杂志编辑写了许多话。一直到最后，马勒得出结论说，“毫无疑问，我认为再这样公开地争下去，将是非常愚蠢的，”随后他就公开道了歉。
鲍林澄清了事实的真相，但他也再次付出了代价。马勒是美国最受尊重的遗传学家；他的认真踏实的工作曾向整整一代追随者表明，放射性会造成变异。在鲍林反对核试验的斗争中，遗传学家一直是最有力和最有效的支持者。鲍林与马勒这位性格温和、深思熟虑的遗传学家进行公开的辩论——尽管论题是政治而不是科学——毕竟有损于遗传学家对鲍林的支持，并且给人以更加深刻的印象，即认为鲍林是一个从来不肯让步的好斗者。
在同行中威信的下降，当然不是令人愉快的事，但是鲍林并不在乎这一点。他不但没有降低一点自己的调门，相反，他又帮助发起了另一场诉讼，同时控告苏联政府和美国政府继续进行核试验。他还开始筹建一个协调世界和平运动的组织，其中包括共产党内外两方面的活动人士。他显示了向公众舆论低头的姿态，注意到在激烈的程度上，对苏联的批评至少不亚于对美国的批评。
但是，他所作的努力似乎都没有成效。1962年底，美国再次在大气层里进行了试验；根据鲍林的计算，在一年里，放射性污染的程度会增加一倍；肯尼迪在古巴导弹危机中执行的边缘政策曾经冒过核战争的风险；鲍林最近对国防部提出的控告被法庭驳回；他还和另外一些和平运动的人士发生过龈龋；他要求赔偿的几个案子都没有结果；他为和平与结束核试验所做的工作受到某些人的排斥、忽视甚至是嘲弄。
这一切，毛病究底出在什么地方呢？
分子钟
鲍林对放射性的遗传学影响进行了研究，使他对遗传变异现象产生了浓厚的兴趣。特勒声称，产生一点额外的变异，也许对进化是有益的，这就更让他看到了这个问题的重要性。大多数变异现象当然是有害的——这是他反对核试验和放射性尘埃的出发点——但是，生命体在长时间里发生变化以适应周围的环境，变异现象的确是垫脚石。具有消极作用的变异，积累起来怎么就形成了具有积极意义的进化呢？鲍林思考着这一个问题。许多低级生命形式，如细菌，能靠简单的食物来维持生命，能用明胶那样最简单的食物源合成它们所需的一切。但是，人体却丧失了制造体内所需一切营养成分的能力，人需要有一种平衡的食谱来提供各种各样的维生素和氨基酸，这些成分是身体无法合成的。不知是什么原因，在人类进化的轨道上，发生了变异，合成有关物质所需要的酶也发生了变化。要是人类没有别的途径获得这类必需的营养，人就有死亡的危险。但只要在其他食物中能找到这些营养成分，那就没有什么关系了。
发生这一种情况也有其积极的一面。由于不再需要合成某些物质，节约下来的能量就可以用于其他新陈代谢的活动，这样，就有可能出现比较复杂的生命体。粗看起来像是一种“代谢性疾病”——失去了制造维生素的能力——但最后结果却是发生了具有积极意义的进化。
于是，进化可以看作为一种分子学过程。鲍林安排来自法国的博士后研究者埃米·祖凯康德尔对这一问题展开实际的研究。受试分子取自鲍林原先喜欢采用的血红蛋白。祖凯康德尔前往圣地亚哥，先是从大猩猩、黑猩猩和猕猴身上，后来又从马、牛、猫、猪和鱼身上，采集血标本。之所以这样做