补充了一句，“我很难指望利用批评对苏联政府会产生多大的影响。”
11月下半月，时断时续的日内瓦禁试谈判又再次开始，不过双方谁也不抱多少乐观的态度。
为了不断地向有关方面施加压力，鲍林比以往更加频繁地发表演说，甚至有人拒绝他登台演讲，他也毫不气馁。在辛辛那提，由于当地美国军团的抗议，他预定进行的关于科学教育的演讲被取消了。1962年底，加州大学里弗赛德分校学生联合会邀请鲍林讲演，谈论核武器问题，学校当局不让他发表演说，辩称这种演说“在本质上具有政治含义”，“不属于化学家的专业范围”。鲍林吁请加州大学总校校长克拉克·凯尔干预，通知他，要是不改变这一决定，他就要采取法律行动。压力起了作用：凯尔关照里弗赛德分校校长重新邀请鲍林演讲。
但是，他被安排在一些礼堂里讲话，每次听众只有数百人，而特勒的原子能委员会却可以通过大众媒介对千百万人发表演说。1962年开始时，公众舆论又开始偏向于恢复试验的主张。肯尼迪在几个月前作出宣布以来，这件事一直拖着，尚未真正付诸行动。鲍林花了七年时间争取达到的目标，看来大有落空的危险。“我们的情绪非常低落，”爱娃在2月份给和平运动中的一位朋友的信中这样写道。“每天都传来形势倒退的消息。我们绞尽脑汁试图找到新的手段，使用新的语言，然而，我们似乎已经山穷水尽，一筹莫展。种种迹象表明，事态的发展愈来愈临近最后摊牌让人绝望的局面。”
3月2日，肯尼迪总统宣布，他已下令批准美国在4月下半月恢复大气层核试验——这将是1958年以来美国第一次进行的这种试验。对鲍林来说这是一个沉重的打击，因为他曾希望肯尼迪能坚持禁试的立场。
鲍林认为，肯尼迪违背了自己在总统竞选期间所作的承诺。这件事也是一个证明，左右总统的是他那些军事顾问，是他在政治上急功近利的短视行为，而不是什么道德和良心。这是军界一实业界巨头的一次胜利，是学界富豪们的一次胜利，也是民主党内认为肯尼迪应走强硬路线的人的一次胜利。鲍林肩负着国家和平的伟大希望，他立即向白宫发去了一份言辞尖锐激烈的电报——“你是否打算发出一条命令，让你成为历史上最不讲道德的人之一，成为人类最大的敌人之一？……你是否打算和苏联领导人抢着背起这口最不讲信义道德的黑锅，仅仅是出于一种政治目的，使美国在武器制造技术方面继续增大对苏联的压倒优势？”——随后，他又去公众场合作了许多白热化的演说。“愤怒！可耻！——对我国政府感到愤怒！对我们国家感到可耻！”鲍林对着听众高声吼叫。“在此，我怀着非常羞愧的心情，第一次公开宣布，不是我们的政府，而是苏联人领导着争取和平的事业；……不是赫鲁晓夫，而是肯尼迪总统才是最最凶恶的人。”他说，美国第一个研制和爆炸了原子弹，第一个试验氢弹，第一个试验超级核武器。美国拥有地球上最大的核武库，拥有最先进的核武器运载系统。以人类的名义，到底有什么必要再试验？
但是，鲍林此时明显与公众舆论脱节了。大多数美国人认为，肯尼迪在核试验问题上的耐心是有目共睹的。尽管俄国人在大气中爆炸了大规模杀伤性核武器，总统仍坚持美国只进行地下核试验；整个冬天原子能委员会一直在叫嚷美国落后了，总统仍拒绝将核试验搬到地面上进行。在宣布4月份恢复大气层试验时，总统指出美国的试验将在高层大气中进行，这样粉尘就可以少吸收一些，从而会减轻放射性尘埃的影响。尽管做了那么多事情，苏联人却仍要拖延日内瓦谈判的进程，也许，美国恢复大气层试验可以让他们的头脑清醒些。
肯尼迪的决定在政治上受到各方面广泛的支持。甚至原子能科学家协会这个历史悠久的反对核武器组织也公开站出来支持。汉斯·贝思就是一例，他是一位德高望重的物理学家，也是政府的顾问，以前他一直是大气层试验的坚决反对者。健全核政策全国委员会此时也哑口无言了，仅仅表示了遗憾而没有抗议，这也反映了和平人士普遍持有的看法：为了迫使苏联人更加认真地对待日内瓦谈判，恢复试验虽然是令人遗憾的，但这是迫不得已的一步。
鲍林孤身一人坚持自己的立场，成了唯一的一个猛烈抨击和公开反对总统决定且具有全国性影响的人物。他在苏联停留的一个月，还有那封给肯尼迪发去的火药味很浓的电报，使他成为背景各不相同的专栏作家和读者群起攻击的目标——“我建议，你最好先充实一下你在化学方面的知识，而不要去对总统的决定指手画脚了。”“你应当跪下来，爬到莫斯科去吧。”这是寄到他办公室的信件中使用的典型的语句——当然，偶而也有一两封信支持他。
但是，鲍林挺得住。在3月和4月这一段时间里，他单枪匹马地向当局发动了愈来愈激烈的进攻。鲍林和爱娃在美国友人服务委员会的安排下，马不停蹄地出访和演说。开汽车，乘火车，搭飞机，几乎跑遍了全国，排得满满的日程使他们精疲力竭了。他们寄出了上百封信件，试图在基层发动一次运动