么多成果，因此实在不忍心在自己的事业快要结束的时候，再去剥夺鲍林使用实验设施的权利。“（斯威夫特）在这件事情上情绪很低落，不愿再刺激鲍林，”杜布里奇回忆道。1963年初，斯威夫特退休了，这个问题也就留给了下一任系主任。
杰克·罗伯茨是一位很有才干的有机化学家，他接任了系主任之职。相对来说，他比较年轻。无论在哪种意义上，他对鲍林的政治活动都不大关心，他向来就喜欢独立思考。新官上任，总得放几把火，向校长和董事会证明一下自己的能力。既然斯威夫特和杜布里奇都认为需要更多办公的场地，他就有责任解决这一个问题。作为系主任，罗伯茨上任后首先做的事情中，有一件就是要找到鲍林，向他解释系里的需要。他记得，当时鲍林尽管对这次谈话感到不高兴，但他还是很有礼貌地同意缩减自己办公的场所。
鲍林对此事的回忆则更为详细。他说，罗伯茨对他讲，“这些搞医学的人在这里不合适，”要他在两个月的时间里，让那些精神病研究的项目下马，并坚持要他让出实验室面积的一半。鲍林不愿在这么短的时间里解雇那些研究者，作为缓兵之计，提议让出自己办公的场地，分阶段淘汰从事麻醉剂项目的研究人员。这一争议被提到化学系系务委员会会议上讨论，最后达成了一项折衷的办法，鲍林放弃了较小数量的办公用房。
这是一件令人烦恼的事，它表明鲍林与自己所在的系科的关系已经恶化到了怎样的地步。“鲍林谈及此事时气得几乎说不出话来，”杜布里奇回忆说。“他认为，这是莫大的侮辱——竟然要他让出科学研究的场地。”
此时，加州理工学院进入了一个新时代，相继冒出了一批新星，都是物理学家，如费因曼①、默里·盖尔—曼等。相形之下，化学系则在走下坡路。鲍林时代的红人已一个个离去；其中最大的损失是，他的老朋友、也是他的宏伟计划的共同制订者比德尔在1961年到芝加哥大学当校长去了——比德尔后来说，他作出这个决定是比较容易的，因为加州理工学院对待鲍林大不公正了。由于德尔布吕克仍在职，生物系仍然与鲍林的研究工作比较接近，也比较看重，但学校其他部门的人似乎都已忘记鲍林曾经为学校做过的工作。尽管如此，鲍林对学校内部实行的方针和作出的决定仍闭口不语。他让出了亲自负责建造起来的实验室里自己所管辖的那部分场地，但在公开的场合，却从来没有说过一句不利于学校的话。
①费因曼（RichardFeynman，1918—1988），美国物理学家，因修正旧量子电动力学不准确的内容，与人共获1965年诺贝尔物理学奖。
私下里，他已经认定，是应当离开加州理工学院的时候了。这倒并不是一个全新的打算；可以追溯到五年以前杜布里奇撤去他化学系主任之职的时候。从那时开始，他就一直在谋划着此事。1960年，他曾考虑过仿照普林斯顿高等研究院创办一所私立的西海岸学院，甚至到蒙特里附近一个地方察看过校址，但在了解到所需费用之后，就放弃了这个念头。第二年初，他曾探索过有没有可能到斯坦福大学设在太平洋格罗夫的霍布金斯海岸站工作。后来，1961年秋天，他又认真考虑过到洛杉矶加州大学医学院担任药物系讲师的事。由于他整个身心都投入了和平运动，这一切就都搁置在一边了。
但在侵占他的实验室事件发生后，他开始认真起来了。他给当时已经担任斯洛恩基金会会长之职的韦弗写信，询问有无可能提供资助支付他五年工资，好让他重新作安排。（对方回答不可能。）他又与复印机发明人切斯特商量，希望他提供私人援助。此人曾经资助他召开奥斯陆会议。鲍林希望做一些准备工作，以便在1963年夏天离开加州理工学院，独立自主地从事科学研究。
想到要离开这一个自己度过了全部学术生涯的地方，考虑着向四十多年来与自己朝夕相处的同事和朋友诀别，他难过的心清也就不言而喻了。但是，他认识到，这已成了他不得不走出的一步。
此时，从禁试战线传来了令人喜出望外的好消息。美国和苏联都从古巴导弹危机事件中清醒过来，开始进行认真的对话。1963年6月10日，肯尼迪宣布，美国将停止大气层试验，作为支持正在进行的日内瓦会谈的一种表示。几个星期以后，赫鲁晓夫发出了回答的信号，宣布苏联已经同意部分禁试的建议，从而绕开了棘手的地下核试验核查问题，因为地下核试验不在禁试之列。
1963年夏天，突然间，事事都一帆风顺。由于允许进行地下核试验，苏联人提出的许多反对意见一下子全都消失了。双方都想要进一步发展核武器，但是又希望不要散发出放射性尘埃。
8月5日，经过5年的谈判，美国和苏联签订了一项禁止在大气层、外层空间和海底进行一切核试验的条约。正如肯尼迪所说，这一冷战时期第一项重要的限制武器的条约，是“一线黎明的曙光”，它标志着核试验放射性尘埃时代的结束，预示着谈判将有美好的前景。9月24日，美国参议院通过了这一条约；10月7