那天下午晚些时候，也就是鲍林原定乘坐的航班起飞后两小时，国务院的一名代表打电话告诉他，已决定拒发他的护照。此人还对他说，对这一决定，他可以向护照申诉委员会提出书面的上诉。
鲍林已无意这样做。他与自己的律师商讨了一次——律师告诉他，29日将安排有国务院官员参加的一次听证会——鲍林和爱娃又乘飞机到了华盛顿。他曾设法与希普利会面，但没有成功。于是，他在海一阿达姆斯宾馆与爱娃·海伦一起过了一个没有欢乐的圣诞节。接下来就等待即将举行的听证会。
与此同时，他请求布什和康普顿做他的担保人。这两个人都给国务卿写了信，向杜勒斯保证，鲍林是清白忠诚的，尽管“若干年以前他曾深深卷入过一些政治活动”。终于等到了举行听证会的那一天，鲍林和爱娃到了场，预期最后能与希普利作一次面谈。但是，他俩被领到了一个房间，只见希普利手下的一个人坐在一张桌子旁，桌子上堆着一大叠文件。这个人“每隔一会就翻一下这些材料，接着就问一个问题，”鲍林回忆道。他询问了鲍林参加共产党外围团体的情况；鲍林解释说，他已经从这些团体中退出。他又向鲍林打听罗森伯格一家人的情况，鲍林解释说，他只是关心这家人受审的方式，并不是支持共产党人的事业。鲍林还被问到，他曾寄过10美元钱给一个因为是共产党员而被解雇的学者，帮助他筹集出庭辩护的资金，到底有没有这回事；鲍林回答说，他也曾寄过类似数目的钱款，帮助过铁幕后面的知识界难民。他又再次被问到，他是否参加过拯救红木团；鲍林根本就不相信竟然会提出这样的问题。
第二天，针对国务院关心的每一个问题，他和律师合作起草了一份宣誓书。12月31日，他被告知说，还有许多其他方面的事可以推溯到很多年以前，他必须用书面的形式详细地将自己过去在政治上所有的情况讲清楚。
鲍林说，在这么短的时间内，他无法做到这一点；要他作如此全面的回顾，他一点思想准备都没有。他的所有档案和资料全在帕萨迪纳。此时，他已经没有办法给有关方面在印度为他作出的安排作出及时的回复。
他和爱娃·海伦撤回了申领护照的要求，接着就乘飞机回家了。
“真是活受罪，”鲍林后来回忆道。整个事件花费了他们整整两周的时间，来回折腾一共用去了两千美元。
不过，这一次，国际上并没有什么强烈的反响。鲍林对自己遭遇的麻烦，一声都未吭。他避开了新闻媒体，只是发了几封信给一些有影响的人，表示了自己的抗议。其中有前最高法院的法官欧文·罗伯茨，此时他担任了美国哲学学会的主席。“我认为，国务院的行动有可能是麦卡锡惧怕的结果，”鲍林在1月份给罗伯茨的信中这样说，“不过，可能性更大的也许只是希普利夫人本人感到很恼火，因为在1952年春天国务卿曾采取行动否定了她在我的护照问题上作出的决定。”
他打算循规蹈矩照章程办事。他将自己收到的邀请信按时间的顺序排列好，计划在1954年底左右的一段时间里到日本、希腊和泰国作学术报告，并且以此为策略，再作一次申领护照的努力。不过，这一次申请的时间得大大提前，并且要附上手头备有的全部证明和材料。他将不声不响地做这件事，尽量避免发生争议的情况。他希望让杜布里奇和其他校董们放心。
不去摇撼这条船，这是很有道理的。几乎让每个人都非常吃惊的是，洛克菲勒基金会批准了鲍林和比德尔要求资助150万美元的申请，从而为最终建成教会实验室扫清了道路。这是鲍林得到过的最大一笔资助，也是对他在加州理工学院始终享有的巨大威望的肯定。这原本是一件天大的喜事，但不知是什么原因，并没有出现欣喜若狂的场面。在新大楼里到底要干什么事，鲍林心里仍然没有底。1月和2月，他本来打算到世界上一些地方去走走，现在则忙于寻找分子手段来对付疾病的新方法，从而将令人失望的胶原蛋白问题抛到了一旁。他对新大楼所需的设备作了一些具体的安排。他还查阅了一些有关大脑化学功能的资料，这一广阔的研究领域也许比较容易出成果。他在第125届美国化学学会全国代表大会上，主持了有关血红蛋白的科学研讨会。第二天会上，前总统杜鲁门是主题发言人，他受鲍林的启发，说了这样一句语意双关的俏皮话：要是鲍林坚持研究的是白血球，而不是红血球，也许他今天的日子就会好过一些了。这一玩笑赢得听众的一片掌声，鲍林也咯咯地笑了起来。不过，这一个例子说明，远离政治并没有给鲍林带来多少好处。在两年多的时间里，他主动放弃了作为一个公民讲话的权利，但是，给他的资助仍然被取消，旅行的权利照样被剥夺；他仍然充当了被人取笑的角色。
他对沉默已感到厌倦。1954年春天，他又感到不得不再次大声疾呼了。
导火线是扔下的另一枚炸弹。3月1日，美国爆炸了一个装置，将太平洋上一个名叫比基尼·阿托尔的小岛夷成了平地，其威力几乎震惊了每一个人。
试验的当天，离美