上了这部巨作，因此，能为这部书出力对他来说是一件深感荣幸的乐事。
在这段时间里，他在科学工作上有重要意义的唯一新成果是他关于铁磁性新理论所发表的文章。该文发表在接近年中一期的《国家科学院学报》上。磁性理论是他在俄勒冈上大学时就感兴趣的课题之一。当时，他曾花费一个暑假的时间，试图对一本陈旧的化学手册中介绍的几种元素的磁性作出自己的解释。从一种构思巧妙的基本原理出发，运用他的新理论，就能说明许多实际观测到的现象，因此，他认为这是一项重要的成果。
然而，这篇文章刊出后，似乎并未引起人们多大的注意。几个星期过去了，鲍林仍然不见有什么反应，困惑之中，他提笔给斯莱特写了一封信，问他有什么看法。在他收到的回信中，对方言辞显露出少有的直率。这一新的研究“极为粗糙”，斯莱特写道。“这与我对您撰写的许多论文的意见是一致的。我认为，这类犯了简单化毛病的理论是十分有害的，因为它们容易误导敏感性较差的读者，以为问题好像已经完全解决了，但在实际上，我认为我们在解决这个问题的道路上很难说已经开了一个头。”唉，鲍林心里想，斯莱特这个人向来就是一个数字迷，解答问题不精确到小数点后第十位，他是不会善罢甘休的，因此，他的麻烦就在于看不清大方向。
但是，斯莱特的看法是很有根据的。在此之前十年，鲍林发表了他的免疫学理论，有人曾想提出这样的批评，只是许多科学家还不敢这样做。
而如今，在公众的心目中，鲍林在DNA问题上所犯的错误已记录在案，他不再是不会出错的圣贤了。
在蛋白质和DNA问题上这一段令人激动的岁月里，埃德加·小胡佛一直在严密地监视鲍林，等待着他犯错误，以便将他作为共产党人揭开他披在身上的外衣。1953年夏季，鲍林像往常一样，经过一番周折和拖延，最终因国务院否定了露丝·希普利的意见而领到了护照，又一次踏上了去欧洲的行程。胡佛警告中央情报局、陆军和海军情报机关、原子能委员会和国务院安全办公室，说这位信口雌黄的化学家将会在世界舞台上无所顾忌地乱说。因此，在鲍林拜访居里夫人的女儿、本人也是诺贝尔物理学奖得主的伊伦·约里奥一居里的时候，他一直受到特工的监视。鲍林得知，伊伦由于受到过共产主义的教育，因而被剥夺了担任美国化学学会外籍会员的资格。鲍林为此感到很恼火，认为这是对一位伟大的法国科学家的轻视，同时也是一个令人心寒的信号，表明现在政治也要在一向被认为超越政治的科学社团中发挥某种作用了。鲍林开始对美国化学学会产生了厌恶之感，考虑是否要从这一组织中退出。
7月，鲍林在斯德哥尔摩出席了纯粹和应用化学国际代表大会。他的每一步行动都有人跟踪。在那里，胡佛认为自己抓到了一点把柄：有人报告说，一个名叫拉斯·西伦的瑞典化学教师，强烈主张建立世界统一政府，邀请鲍林和俄国的一些代表参加了在他家里举行的宴会，谁晓得他们在私下里传送了什么情报？胡佛迅速地通知了美国司法部刑事处，同时还附上了布登兹声言鲍林是美国共产党党员的陈述。他在信中建议道：“上述材料供你们参考，请考虑是不是对此人拒绝承认自己是共产党员一事提出起诉。”
经过一定的考虑，司法部认定，与俄国科学家交杯祝酒，构成不了共产党员身份的证据。由于缺乏其他证据，这位司法部长就把这一案子搁起来了。
9月，鲍林回到帕萨迪纳，开始为国际蛋白质研讨会作最后准备。这一领域的知名人士都答应参加。鲍林个人的魅力，加利福尼亚的阳光，他在过去三年里取得的显赫成就，这几个因素综合在一起，使这次会议成了令人振奋的一大喜事。
鲍林使大家确信，这次会议的开法将截然不同于英国皇家学会的那次会议，对大会发言和反驳的时间将不作限制。在帕萨迪纳举行的这次会议上，每天只报告两到三篇论文，每一报告之后的讨论时间也不作限制。鲍林论述了他的阿尔法螺旋在生物学上的意义，同时还介绍了可能会影响到球状蛋白研究的种种途径；沃森回顾了在DNA问题上作出的最新发现；佩鲁茨全面地阐述了一种颇有希望的方法，借助于这一方法，可以用Ｘ射线研究带有重原子漫射的蛋白质大分子。鲍林和爱娃·海伦陪同布拉格夫妇在黄金州①车进行了行程一千英里、为期四天的旅游，饱览了从约塞米特到大苏尔公路沿线的旖旎风光。每个人都有充裕的时间在海滨和山区尽情观光。鲍林还在自己家里举行了一次激动人心的盛大晚会，在他家的草坪上和游泳池边又一次宾客如云。
①黄金州，加利福尼亚州的别称。
这次研讨会讨论的课题涉及的范围很广。与会者谈论得最多的还是DNA的发现及其所开辟的广阔而又新颖的研究领域。早在几个月之前，英国生物学家弗雷德里克·桑格曾经宣布，他已成功地从球状蛋白胰岛素中分割出四条不同的链，并为每条链中的氨基酸确定了顺序——最终地证明了球状蛋白质是由多肽链组成的。鲍林在将近二十年以前就