坚持要他对鲍林采取必要措施，以免报上的不利舆论进一步损害学校的名声。“当时学校里的情况是一些人对共产党的憎恨达到了几乎狂热的程度，”曾经当过校董的贝克曼这样回忆说，“莱纳斯的行为使他们感到非常不满，特别当莱纳斯的亲密朋友怀恩巴姆被指控并确认为共产党员后，这种不满情绪更加高涨。很多人认为莱纳斯是共产党员。而莱纳斯是一个具有独立品格的人，他根本不做任何事情去平息他们的不满情绪。”佩奇和杜布里奇继续劝校董们保持耐心和平和，等待进一步的证据。杜布里奇向校董会保证，如果事实证明理工学院的某个教师是共产党员，他就立即将他开除。他说，共产党员必须受到纪律制裁，因为他们不可能将真理教给学生。然而现在尚无证据证明鲍林是共产党员。这件事使校董会分裂成两派，一派主张马上开除鲍林，另一派主张再等一等。贝克曼回忆说，“就我所知，这是校董会内意见对立最为尖锐的一个问题。”
不管出现哪种情况，对杜布里奇都是一个灾难。一方面，鲍林的最新研究成果，特别是他对镰状血红蛋白的研究成果以及他关于分子病理学的整体构想，使他在科学界的地位达到了新的高峰，连带着也提高了加州理工学院的地位。开除一个资历浅的教师是一回事，而出于政治原因开除一个像鲍林这样有着崇高学术地位的科学家完全是另一回事，这在美国尚无先例；如果这样做，势必会在国际科学界激起强烈批评的浪潮。然而另一方面，如果一点措施也不采取，那么就会激怒一些地位显赫的校董，并造成杜布里奇对付共产党软弱无能的印象。他以等待怀恩巴姆案件的审讯结果以便获取鲍林是共产党的确切证据为由拖延时间，并尽力平息校董们的不满情绪。审讯持续了整个春季，结果没有发现鲍林是共产党员的任何证据。
随后于1950年6月25日，共产党北朝鲜向南方推进，怀恩巴姆案件就此退出了报纸头版。两天之后，杜鲁门宣布美国将派遣军队击退共产党的进攻，由此引发了新一轮的反共浪潮，冷战也变成了热战。这可不是对叛徒嫌疑分子讲究温情的时候。
就在杜鲁门出兵朝鲜后两天，理工学院校董会秘密决定成立一个委员会以“调查鲍林博士在学校的工作是否有损于学校以及是否需要终止对他的聘用，并向校董会提出相应报告”。杜布里奇担心，由于这个委员会全部由企业界人士组成，会被人认为具有片面性，因此又成立了一个平行的由教授组成的委员会，并独立地提出一份报告。所有这些工作均在秘密状态下限时完成。杜布里奇希望通过这种方式静悄悄地把这件悬案了结。这是加州理工学院历史上第一次进行的校内政治审查。
同一天，一个秘密小组聚集在华盛顿一间毫无特征的屋子里。他们面前坐着一个脸色苍白，神情紧张，身着一套黑色西装的白发人。他是拿联邦调查局薪俸的密探，名叫路易斯·布登兹。他是来告密的。
布登兹以前是共产党员和《工人日报》的执行编辑。他因揭发昔日的同志而早已闻名全国，并挣了不少钱。自从他在1946年向众议院非美活动调查委员会敞开心扉后，联邦调查局向他进行了三千个小时的“咨询”。接着布登兹开始了他的“我是前共产党员”巡回演讲，并开始著书揭露内部的赤色恐怖。这种生活相当不错，不过需要他不时公开一些新的内幕。布登兹和许多疯狂反共的人一样，习惯于过激的言论。他在《没有脸的人》一书中声称知道在美国社会高层的四百个“隐蔽的共产党人”。他在1950年6月到华盛顿的目的就是向秘密小组提供这四百个人的名单。在罗列了他所知道的所有货真价实的共产党员之后，他开始列举那些他觉得可能是共产党员的人。其中的一个人的名字是莱纳斯·鲍林。
布登兹的证词没有见报，而胡佛对他提到每一个人进行了调查。联邦调查局对布登兹证词中提到鲍林特别感到满意；有了这样一份宣誓过的证词，联邦调查局现在可以不受忠诚调查的限制了。胡佛下令对鲍林再次进行全面的调查。1950年夏天到初秋的三个月中，他的特工人员旁听了鲍林的演讲；盘问了他的朋友；翻阅了他在加州理工学院的个人档案；复制了他的特尼委员会档案；与众议院非美活动调查委员会进行了交流，那里的调查人员刚刚往鲍林的卷宗内添加了从《每日人民世界》上剪下来的35篇报道；又仔细查阅了坎特伯雷红色教长来访的档案；复查了他对怀恩巴姆的支持；并再次核查了鲍林参加过的每一个“共产党阵线组织”。
他们没有发现鲍林参加共产党的任何证据。胡佛仍然不能采取任何法律行动，但是，当10月17日这份27页的联邦调查局报告完成之后，他建议把鲍林的名字放到安全索引中去。这份新造的名单包括美国最上层的“共产主义同情者”，胡佛认为他们有损于国家安全。国会新近通过了《国内安全法案》，史无前例地赋予政府在和平年代控制国内政治活动的巨大权力，这份名单正是这一法案的产物。被列入联邦调查局名单的人将受到经常性的监视，他们的档案每六个月要更新一次。
联邦调查局的报告完成后的